Neuroendokriinisen fenotyypin epigenOMiset tekijät neuroendokriinisten kasvainten biomarkkereina
Neuroendokriinisen fenotyypin epigenOMiset tekijät biomarkkereina neuroendokriinisten kasvainten ei-invasiiviseen diagnoosiin
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Yksityiskohtainen kuvaus
GEP-NEN:t ovat heterogeeninen ryhmä sairauksia, joihin kuuluvat suhteellisen laittomat ja aggressiivisemmat kasvaimet, joissa on joskus sekalaisia eksokriinisia/endokriinisia komponentteja (MINEN). Diagnoosin ja hoidon jatkuvista epävarmuuksista johtuen sekamuotoisten ja aggressiivisempien muotojen ennuste on edelleen huono. Ei-invasiiviset testit mahdollistaisivat oikea-aikaisen tunnistamisen ja seurannan ajan mittaan. Niiden biologian ja fenotyyppisen erilaistumisprosessin parempi ymmärtäminen voi tasoittaa tietä uusille hoitomuodoille. Erilaistuminen seuraa ja voidaan päätellä epigeneettisen maiseman muutoksista, jotka muokkaavat transkriptioohjelmia. Epigeneettisistä markkereista DNA-metylaatio sopii erityisen hyvin ei-invasiiviseen havaitsemiseen, koska se voidaan mitata kiertävästä kasvain-DNA:sta (ctDNA). Uudet tekniikat, kuten Oxford Nanopore Technologies (ONT), mahdollistavat DNA-sekvenssin ja metylaation samanaikaisen analyysin, kuten Magi et al Nat Comms Biol 2022 osoittivat äskettäin. Aiemmat tutkimukset tunnistivat erilliset neuroendokriiniset epitranskriptomiset maisemat, mutta ne suoritettiin kasvainnäytteillä (Yachida et al. Cancer Discov 2022), mikä esti neuroendokriinisissa kasvainsoluissa syntyneiden signaalien erottamisen ympäröivien ei-kasvain- tai eksokriinisten kasvainsolujen melusta. Tämä on nyt mahdollisesti ratkaistu menetelmillä, jotka mahdollistavat yksisoluisen sekvensoinnin suoraan jäädytetyistä tai parafiiniin upotetuista potilasnäytteistä.
Tärkein odotettu tulos on uuden nestebiopsian kehittäminen GEP-NEN- ja MiNEN-solujen havaitsemiseen ja seurantaan. Tätä varten hyödynnämme Oxford Nanopore Technologiesin (ONT) sekvensoinnin kykyä tuottaa sekvensointia ja metyloitua DNA-profiilia samanaikaisesti. Tärkeää on, että solun alkuperän määrittäminen ctDNA:sta edellyttää metylaatio- ja fragmentomiikan signaalien vertailua aiemmin luotuihin vertailusolujen ja -kudosten karttoihin (Katsman et al 2022 Genome Biology). Harvinaisille kasvaimille, kuten NEN:ille, näitä karttoja ei ole saatavilla kirjallisuudessa; Ne harvat tutkimukset, jotka ovat karakterisoineet NEN:ien epigenomisia piirteitä, ovat todennäköisesti ympäröivän strooman saastuttamia, joten epigeneettiset signaalit (mukaan lukien sekä DNA:n metylaatio että kasvainspesifiset transkriptiotekijän sitoutumiskohdat, jotka ovat välttämättömiä fragmentomiikalle) voivat olla epätietoisia havaitsemiseksi verestä.
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
Yhteystiedot ja paikat
Opiskeluyhteys
- Nimi: Nicola Fazio, MD
- Puhelinnumero: 0257489258
- Sähköposti: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Tutki yhteystietojen varmuuskopiointi
- Nimi: Francesca Spada, MD
- Puhelinnumero: 0257489258
- Sähköposti: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Opiskelupaikat
-
-
-
Milan, Italia, 20141
- Rekrytointi
- European Institute of Oncology
-
Ottaa yhteyttä:
- Giuseppe Badalamenti, MD
-
Ottaa yhteyttä:
- Chiara Maria Grana, MD
-
Ottaa yhteyttä:
- Lorenzo Gervaso, MD
-
Ottaa yhteyttä:
- Chiara Alessandra Cella, MD
-
Ottaa yhteyttä:
- Nicola Fazio, MD,PhD
- Puhelinnumero: 0257489258
- Sähköposti: divisione.gastrointestinale@ieo.it
-
Ottaa yhteyttä:
- Nicola Fazio, MD,PhD
-
Ottaa yhteyttä:
- Francesca Spada, MD
-
Ottaa yhteyttä:
- Luca Mazzarella, MD
-
Ottaa yhteyttä:
- Elenora Pisa, MD
-
Ottaa yhteyttä:
- Emilio Bertani, MD
-
Ottaa yhteyttä:
- Laura Algeri, MD
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
- Aikuinen
- Vanhempi Aikuinen
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Näytteenottomenetelmä
Tutkimusväestö
GEP-NEN-potilaat, joiden tavoitteena on kerätä riittävää materiaalia ja muodollista kliinistä tutkimusta määrittääkseen määrityksen herkkyyden ja spesifisyyden kliinisesti merkityksellisessä skenaariossa.
Sairauden suhteellisen harvinaisuuden vuoksi ei-NEN-potilaisiin verrattuna emme rekisteröi peräkkäistä populaatiota, vaan teemme tapauskontrollitutkimuksen:
- Tapaukset: potilaat, joilla on resekoitavissa olevat, histologisesti varmistetut NEN:t
- Kontrollit: potilaat, joilla on resekoitavia, histologisesti vahvistettuja ei-neuroendokriinisia maha-suolikanavan kasvaimia (mukaan lukien mahalaukun, haiman, paksusuolen ja ohutsuolen kasvaimet).
Potilaat rekisteröidään tapauksiksi tai kontrolleiksi leikkausta edeltävän diagnostisen biopsian perusteella, mutta heidät jaetaan lopullisesti tapaukseen tai kontrolliryhmään leikkauksen jälkeisen täydellisen histologisen tutkimuksen perusteella.
Kuvaus
Sisällön kriteerit:
- Potilas, jolla on histologisesti vahvistettu NEC/MINEN-diagnoosi, joka soveltuu leikkaukseen radikaalisti
- Potilas, jolla on histologisesti vahvistettu NET-diagnoosi, joka on soveltuva leikkaukseen radikaalilla tarkoituksella
- Potilas, jolla on metastaattinen NET/NEC, joka voidaan tehdä biopsialla tai leikkauksella, mukaan lukien palliatiivinen tarkoitus
Potilaan histologisesti vahvistettu ei-NEN-histotyyppi:
- Kolorektaalinen karsinooma
- Ohutsuolen karsinooma
- Mahalaukun tai ruokatorven syöpä
- Haiman duktaalinen adenokarsinooma
- Metastasektomia mistä tahansa muusta kuin NEN GI -syövästä
Poissulkemiskriteerit:
- Arvosana G1 ja G2 <=10 % Ki67
- Samanaikainen kasvain (3 vuoden sisällä)
- Samanaikainen suuri hematologinen muutos
- Samanaikainen suuri elimen toimintahäiriö (esim. G3/4 maksan tai munuaisten vajaatoiminta)
- Jatkuva kemoterapia
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Kohortit ja interventiot
Ryhmä/Kohortti |
|---|
|
Neuroendokriininen kasvain tapaus
potilas, jolla on histologisesti vahvistettu neuroendokriininen kasvain ja vahvistettu sekalainen neuroendokriininen ja ei-neuroendokriininen kasvain, jossa jokainen komponentti > 30 %) ja korkea-asteinen neuroendokriininen karsinooma
|
|
Ei-neuroendokriininen kasvainhallinta
potilas, jolla on histologisesti varmistetut ei-neuroendokriiniset maha-suolikanavan kasvaimet (mukaan lukien mahalaukun, haiman, paksusuolen ja ohutsuolen kasvaimet).
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Kehitä kiertävä methDNA/fragmentomics diagnostinen määritys
Aikaikkuna: 2 vuotta
|
Neuroendokriinisille kasvaimille luonnehtivia epigeneettisiä eroja hyödynnetään DNA-metylaatioon perustuvan nestebiopsian rakentamiseksi, joka pystyy havaitsemaan neuroendokriinisen johdannaisen kiertävän kasvain-DNA:n, jotta GEP-MiNEN:ien ei-invasiivinen diagnoosi ja seuranta voidaan tehdä.
|
2 vuotta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Nicola Fazio, MD, European Institute of Oncology
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Arvioitu)
Opintojen valmistuminen (Arvioitu)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- L2-154
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Yhdysvalloissa valmistettu ja sieltä viety tuote
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .