Determinanti epigenomici del fenotipo neuroendocrino come biomarcatori per neoplasie neuroendocrine
Determinanti epigenomici del fenotipo neuroendocrino come biomarcatori per la diagnosi non invasiva delle neoplasie neuroendocrine
Panoramica dello studio
Stato
Descrizione dettagliata
Le GEP-NEN sono un gruppo eterogeneo di malattie che comprende tumori relativamente indolenti e più aggressivi, talvolta con componenti misti esocrine/endocrine (MINEN). A causa delle persistenti incertezze nella diagnosi e nel trattamento, la prognosi delle forme miste e più aggressive rimane infausta. I test non invasivi consentirebbero l’identificazione tempestiva e il monitoraggio nel tempo. Una migliore comprensione della loro biologia e del processo di differenziazione fenotipica potrebbe aprire la strada a nuove terapie. La differenziazione segue, e può essere dedotta da, cambiamenti nel panorama epigenetico che modellano i programmi trascrizionali. Tra i marcatori epigenetici, la metilazione del DNA è particolarmente adatta per il rilevamento non invasivo poiché può essere misurata nel DNA tumorale circolante (ctDNA). Nuove tecnologie come Oxford Nanopore Technologies (ONT) consentono l’analisi simultanea della sequenza del DNA e della metilazione, come abbiamo recentemente dimostrato da Magi et al Nat Comms Biol 2022. Precedenti studi hanno identificato paesaggi epi-trascrittomici neuroendocrini distinti ma sono stati condotti su campioni di tumore (Yachida et al Cancer Discov 2022), impedendo la discriminazione dei segnali specificamente generati all'interno delle cellule tumorali neuroendocrine dal rumore dovuto alle cellule tumorali non tumorali o esocrine circostanti. Questo problema è ora potenzialmente risolto con metodi che consentono il sequenziamento di singole cellule direttamente da campioni di pazienti congelati o inclusi in paraffina.
Il principale risultato atteso è lo sviluppo di un nuovo test di biopsia liquida per il rilevamento e il monitoraggio di GEP-NEN e MiNEN. A tal fine, sfrutteremo la capacità del sequenziamento della Oxford Nanopore Technologies (ONT) di produrre simultaneamente sequenziamenti e profili di DNA metilato. È importante sottolineare che la valutazione della cellula di origine dal ctDNA richiede il confronto dei segnali di metilazione e frammentazione con mappe precedentemente generate di cellule e tessuti di riferimento (Katsman et al 2022 Genome Biology). Per i tumori rari come i NEN, queste mappe non sono disponibili in letteratura; i pochi studi che hanno caratterizzato le caratteristiche epigenomiche delle NEN sono probabilmente contaminati dallo stroma circostante, quindi i segnali epigenetici (inclusi sia la metilazione del DNA che i siti di legame del fattore di trascrizione specifico del tumore, essenziali per la frammentazione) potrebbero non essere informativi per il rilevamento nel sangue.
Tipo di studio
Iscrizione (Stimato)
Contatti e Sedi
Contatto studio
- Nome: Nicola Fazio, MD
- Numero di telefono: 0257489258
- Email: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Backup dei contatti dello studio
- Nome: Francesca Spada, MD
- Numero di telefono: 0257489258
- Email: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Luoghi di studio
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Milan, Italia, 20141
- Reclutamento
- European Institute of Oncology
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Contatto:
- Giuseppe Badalamenti, MD
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Contatto:
- Chiara Maria Grana, MD
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Contatto:
- Lorenzo Gervaso, MD
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Contatto:
- Chiara Alessandra Cella, MD
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Contatto:
- Nicola Fazio, MD,PhD
- Numero di telefono: 0257489258
- Email: divisione.gastrointestinale@ieo.it
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Contatto:
- Nicola Fazio, MD,PhD
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Contatto:
- Francesca Spada, MD
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Contatto:
- Luca Mazzarella, MD
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Contatto:
- Elenora Pisa, MD
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Contatto:
- Emilio Bertani, MD
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Contatto:
- Laura Algeri, MD
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Criteri di partecipazione
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
- Adulto
- Adulto più anziano
Accetta volontari sani
Metodo di campionamento
Popolazione di studio
Pazienti con GEP-NEN, con l'obiettivo di raccogliere materiale adeguato e di avviare una clinica formale per stabilire la sensibilità e la specificità del test in uno scenario clinicamente significativo.
A causa della relativa rarità della malattia rispetto alle persone non-NEN non arruoleremo una popolazione consecutiva, ma allestiremo uno studio caso-controllo:
- Casi: pazienti con NEN resecabili e confermate istologicamente
- Controlli: pazienti con tumori gastrointestinali non neuroendocrini resecabili e confermati istologicamente (inclusi gastrici, pancreatici, del colon-retto e dell'intestino tenue).
I pazienti verranno arruolati come casi o controlli in base alla biopsia diagnostica pre-operatoria, ma verranno assegnati definitivamente al gruppo caso o controllo sulla base dell'esame istologico completo post-operatorio.
Descrizione
Criteri di inclusione:
- Paziente con diagnosi istologicamente confermata di NEC/MINEN suscettibile di intervento chirurgico con intento radicale
- Paziente con diagnosi istologicamente confermata di NET suscettibile di intervento chirurgico con intento radicale
- Paziente con NET/NEC metastatico, suscettibile di biopsia o intervento chirurgico, compreso intento palliativo
Istotipo non-NEN confermato istologicamente dal paziente:
- Carcinoma colorettale
- Carcinoma dell'intestino tenue
- Carcinoma gastrico o esofageo
- Adenocarcinoma duttale pancreatico
- Metastasectomia da qualsiasi carcinoma GI non NEN
Criteri di esclusione:
- Classificazione G1 e G2 <=10% Ki67
- Presenza di neoplasia concomitante (entro 3 anni)
- Concomitante alterazione ematologica maggiore
- Disfunzione d’organo maggiore concomitante (ad es. Insufficienza epatica o renale G3/4)
- Chemioterapia in corso
Piano di studio
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
Coorti e interventi
Gruppo / Coorte |
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Caso di neoplasia neuroendocrina
paziente con neoplasia neuroendocrina confermata istologicamente e neoplasia mista neuroendocrina-non neuroendocrina confermata con ciascun componente > 30%) e carcinomi neuroendocrini di alto grado
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Controllo delle neoplasie non neuroendocrine
paziente con tumori gastrointestinali non neuroendocrini confermati istologicamente (compresi gastrici, pancreatici, colorettali e dell'intestino tenue).
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Sviluppare un test diagnostico circolante con metDNA/fragmentomica
Lasso di tempo: 2 anni
|
Le differenze epigenetiche che caratterizzano i tumori neuroendocrini saranno sfruttate per costruire un test di biopsia liquida basato sulla metilazione del DNA in grado di rilevare il DNA tumorale circolante di derivazione neuroendocrina, per consentire la diagnosi e il monitoraggio non invasivo dei GEP-MiNEN.
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2 anni
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Collaboratori e investigatori
Sponsor
Investigatori
- Investigatore principale: Nicola Fazio, MD, European Institute of Oncology
Studiare le date dei record
Studia le date principali
Inizio studio (Effettivo)
Completamento primario (Stimato)
Completamento dello studio (Stimato)
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
Primo Inserito (Effettivo)
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
Ultimo verificato
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Parole chiave
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- L2-154
Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio
Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
prodotto fabbricato ed esportato dagli Stati Uniti
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