EpigenOMiczne determinanty fenotypu neuroendokrynnego jako biomarkery nowotworów neuroendokrynnych
EpigenOMiczne determinanty fenotypu neuroendokrynnego jako biomarkery w nieinwazyjnej diagnostyce nowotworów neuroendokrynnych
Przegląd badań
Status
Szczegółowy opis
GEP-NEN to heterogenna grupa chorób obejmująca stosunkowo łagodne i bardziej agresywne nowotwory, czasami z mieszanymi składnikami zewnątrzwydzielniczymi i hormonalnymi (MINEN). Ze względu na utrzymujące się niepewności w diagnostyce i leczeniu rokowanie w przypadku postaci mieszanych i bardziej agresywnych pozostaje złe. Badania nieinwazyjne umożliwiłyby terminową identyfikację i monitorowanie w czasie. Lepsze zrozumienie ich biologii i procesu różnicowania fenotypowego może utorować drogę nowym terapiom. Różnicowanie następuje i można je wywnioskować ze zmian w krajobrazie epigenetycznym, które kształtują programy transkrypcyjne. Spośród markerów epigenetycznych metylacja DNA szczególnie dobrze nadaje się do nieinwazyjnego wykrywania, ponieważ można ją zmierzyć w krążącym DNA nowotworu (ctDNA). Nowe technologie, takie jak Oxford Nanopore Technologies (ONT), umożliwiają jednoczesną analizę sekwencji DNA i metylacji, co niedawno wykazali Magi i in. Nat Comms Biol 2022. Poprzednie badania pozwoliły zidentyfikować odrębne neuroendokrynne krajobrazy epitranskryptomiczne, ale przeprowadzono je na próbkach nowotworów (Yachida i in. Cancer Discov 2022), utrudniając rozróżnienie sygnałów specyficznie generowanych w komórkach nowotworu neuroendokrynnego od szumu powodowanego przez otaczające je nienowotworowe lub zewnątrzwydzielnicze komórki nowotworowe. Problem ten można obecnie rozwiązać za pomocą metod umożliwiających sekwencjonowanie pojedynczych komórek bezpośrednio z próbek pacjentów zamrożonych lub zatopionych w parafinie.
Głównym oczekiwanym rezultatem jest opracowanie nowatorskiego testu biopsji płynnej do wykrywania i monitorowania GEP-NEN i MiNEN. W tym celu wykorzystamy zdolność sekwencjonowania Oxford Nanopore Technologies (ONT) do jednoczesnego uzyskania profili sekwencjonowania i metylowanego DNA. Co ważne, ocena pochodzenia komórek z ctDNA wymaga porównania sygnałów metylacji i fragmentomiki z wcześniej wygenerowanymi mapami komórek i tkanek referencyjnych (Katsman i in. 2022 Genome Biology). W przypadku rzadkich nowotworów, takich jak NEN, mapy te nie są dostępne w literaturze; nieliczne badania, które scharakteryzowały cechy epigenomiczne NEN, są prawdopodobnie zanieczyszczone otaczającym zrębem, więc sygnały epigenetyczne (w tym zarówno metylacja DNA, jak i miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych specyficznych dla nowotworu, niezbędne w fragmentomice) mogą nie dostarczać informacji do wykrycia we krwi.
Typ studiów
Zapisy (Szacowany)
Kontakty i lokalizacje
Kontakt w sprawie studiów
- Nazwa: Nicola Fazio, MD
- Numer telefonu: 0257489258
- E-mail: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Kopia zapasowa kontaktu do badania
- Nazwa: Francesca Spada, MD
- Numer telefonu: 0257489258
- E-mail: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Lokalizacje studiów
-
-
-
Milan, Włochy, 20141
- Rekrutacyjny
- European Institute of Oncology
-
Kontakt:
- Giuseppe Badalamenti, MD
-
Kontakt:
- Chiara Maria Grana, MD
-
Kontakt:
- Lorenzo Gervaso, MD
-
Kontakt:
- Chiara Alessandra Cella, MD
-
Kontakt:
- Nicola Fazio, MD,PhD
- Numer telefonu: 0257489258
- E-mail: divisione.gastrointestinale@ieo.it
-
Kontakt:
- Nicola Fazio, MD,PhD
-
Kontakt:
- Francesca Spada, MD
-
Kontakt:
- Luca Mazzarella, MD
-
Kontakt:
- Elenora Pisa, MD
-
Kontakt:
- Emilio Bertani, MD
-
Kontakt:
- Laura Algeri, MD
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Metoda próbkowania
Badana populacja
Pacjenci z GEP-NEN, których celem jest zebranie odpowiedniego materiału i formalne badanie kliniczne w celu ustalenia czułości i swoistości testu w klinicznie znaczącym scenariuszu.
Ze względu na względną rzadkość choroby w porównaniu z NEN nie będziemy włączać kolejnej populacji, ale przeprowadzimy badanie kliniczno-kontrolne:
- Przypadki: pacjenci z resekcyjnymi, potwierdzonymi histologicznie NEN
- Grupa kontrolna: pacjenci z resekcyjnymi, potwierdzonymi histologicznie nieneuroendokrynnymi guzami przewodu pokarmowego (m.in. żołądka, trzustki, jelita grubego, jelita cienkiego).
Pacjenci zostaną zapisani jako przypadki lub grupa kontrolna na podstawie przedoperacyjnej biopsji diagnostycznej, ale zostaną ostatecznie przydzieleni do grupy pacjentów lub grupy kontrolnej na podstawie pełnego badania histologicznego pooperacyjnego.
Opis
Kryteria włączenia:
- Pacjent z histologicznie potwierdzonym rozpoznaniem NEC/MINEN kwalifikujący się do operacji z zamiarem radykalnym
- Pacjent z histologicznie potwierdzonym rozpoznaniem NET kwalifikujący się do operacji z zamiarem radykalnym
- Pacjent z przerzutowym NET/NEC, kwalifikujący się do biopsji lub operacji, w tym z zamiarem paliatywnym
Histotyp pacjenta potwierdzony histotypowo inny niż NEN:
- Rak jelita grubego
- Rak jelita cienkiego
- Rak żołądka lub przełyku
- Gruczolakorak przewodowy trzustki
- Metastazektomia z dowolnego raka przewodu pokarmowego innego niż NEN
Kryteria wykluczenia:
- Klasyfikacja G1 i G2 <=10% Ki67
- Obecność współistniejącego nowotworu (w ciągu 3 lat)
- Współistniejące poważne zmiany hematologiczne
- Współistniejąca poważna dysfunkcja narządów (np. G3/4 niewydolność wątroby lub nerek)
- Trwająca chemioterapia
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
Kohorty i interwencje
Grupa / Kohorta |
|---|
|
Przypadek nowotworu neuroendokrynnego
pacjent z histologicznie potwierdzonym nowotworem neuroendokrynnym i stwierdzonym nowotworem mieszanym neuroendokrynnym i nieneuroendokrynnym, w którym każda składowa > 30%) oraz rakiem neuroendokrynnym o wysokim stopniu złośliwości
|
|
Kontrola nowotworów nieneuroendokrynnych
pacjent z histologicznie potwierdzonymi nowotworami nieneuroendokrynnymi przewodu pokarmowego (m.in. żołądka, trzustki, jelita grubego, jelita cienkiego).
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Opracuj test diagnostyczny krążącej metDNA/fragmentomiki
Ramy czasowe: 2 lata
|
Różnice epigenetyczne charakteryzujące guzy neuroendokrynne zostaną wykorzystane do zbudowania testu biopsji płynnej opartego na metylacji DNA, zdolnego do wykrywania krążącego DNA nowotworu pochodzenia neuroendokrynnego, aby umożliwić nieinwazyjną diagnostykę i monitorowanie GEP-MiNEN.
|
2 lata
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Śledczy
- Główny śledczy: Nicola Fazio, MD, European Institute of Oncology
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Szacowany)
Ukończenie studiów (Szacowany)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- L2-154
Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze
Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA
Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA
produkt wyprodukowany i wyeksportowany z USA
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .
Badania kliniczne na Nowotwór neuroendokrynny
-
ExelixisRekrutacyjnyNowotwory neuroendokrynne trzustki (PNET) | Exprepancreatic Neuroendocrine Guz (EPNET)Stany Zjednoczone, Portoryko, Zjednoczone Królestwo, Polska, Korea Południowa, Australia, Austria, Kanada, Niemcy, Hiszpania, Chiny, Hongkong, Włochy