EpigenOMiska determinanter för den neuroendokrina fenotypen som biomarkörer för neuroendokrina neoplasmer
EpigenOMiska determinanter för den neuroendokrina fenotypen som biomarkörer för icke-invasiv diagnos av neuroendokrina neoplasmer
Studieöversikt
Status
Detaljerad beskrivning
GEP-NEN är en heterogen grupp av sjukdomar som omfattar relativt indolenta och mer aggressiva tumörer, ibland med blandade exokrina/endokrina komponenter (MINEN). På grund av ihållande osäkerheter i diagnos och behandling är prognosen för de blandade och mer aggressiva formerna fortfarande dålig. Icke-invasiva tester skulle möjliggöra snabb identifiering och övervakning över tid. En bättre förståelse för deras biologi och av den fenotypiska differentieringsprocessen kan bana väg för nya terapier. Differentiering följer, och kan härledas från, förändringar i det epigenetiska landskapet som formar transkriptionsprogram. Bland epigenetiska markörer är DNA-metylering särskilt väl lämpad för icke-invasiv detektion eftersom den kan mätas i cirkulerande tumör-DNA (ctDNA). Nya teknologier som Oxford Nanopore Technologies (ONT) möjliggör simultan analys av DNA-sekvens och metylering, som vi nyligen visade av Magi et al Nat Comms Biol 2022. Tidigare studier identifierade distinkta neuroendokrina epi-transkriptomiska landskap men utfördes på tumörprover (Yachida et al Cancer Discov 2022), vilket hindrade diskrimineringen av signaler specifikt genererade inom neuroendokrina tumörceller från bruset på grund av omgivande icke-tumorala eller exokrina tumörceller. Detta är nu potentiellt löst med metoder som tillåter encellssekvensering direkt från frysta eller paraffininbäddade patientprover.
Det huvudsakliga förväntade resultatet är utvecklingen av en ny flytande biopsianalys för detektion och övervakning av GEP-NEN och MiNEN. För detta ändamål kommer vi att utnyttja förmågan hos Oxford Nanopore Technologies (ONT) sekvensering för att samtidigt ge sekvensering och metylerade DNA-profiler. Viktigt är att bedömning av ursprungsceller från ctDNA kräver jämförelse av metylerings- och fragmentomiksignaler med tidigare genererade kartor över referensceller och vävnader (Katsman et al 2022 Genome Biology). För sällsynta tumörer som NEN finns dessa kartor inte tillgängliga i litteraturen; de få studier som har karakteriserat de epigenomiska egenskaperna hos NEN är sannolikt kontaminerade av det omgivande stroma, så epigenetiska signaler (inklusive både DNA-metylering och tumörspecifika transkriptionsfaktorbindningsställen, väsentliga för fragmentomics) kan vara oinformativa för upptäckt i blodet.
Studietyp
Inskrivning (Beräknad)
Kontakter och platser
Studiekontakt
- Namn: Nicola Fazio, MD
- Telefonnummer: 0257489258
- E-post: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Studera Kontakt Backup
- Namn: Francesca Spada, MD
- Telefonnummer: 0257489258
- E-post: divisione.gastrointestinale@ieo.it
Studieorter
-
-
-
Milan, Italien, 20141
- Rekrytering
- European Institute of Oncology
-
Kontakt:
- Giuseppe Badalamenti, MD
-
Kontakt:
- Chiara Maria Grana, MD
-
Kontakt:
- Lorenzo Gervaso, MD
-
Kontakt:
- Chiara Alessandra Cella, MD
-
Kontakt:
- Nicola Fazio, MD,PhD
- Telefonnummer: 0257489258
- E-post: divisione.gastrointestinale@ieo.it
-
Kontakt:
- Nicola Fazio, MD,PhD
-
Kontakt:
- Francesca Spada, MD
-
Kontakt:
- Luca Mazzarella, MD
-
Kontakt:
- Elenora Pisa, MD
-
Kontakt:
- Emilio Bertani, MD
-
Kontakt:
- Laura Algeri, MD
-
-
Deltagandekriterier
Urvalskriterier
Åldrar som är berättigade till studier
- Vuxen
- Äldre vuxen
Tar emot friska volontärer
Testmetod
Studera befolkning
Patienter med GEP-NEN, som syftar till att samla in adekvat material och för en formell klinik för att fastställa analysens känslighet och specificitet i ett kliniskt meningsfullt scenario.
På grund av sjukdomens relativa sällsynthet jämfört med icke-NEN kommer vi inte att registrera en på varandra följande population, men vi kommer att upprätta en fallkontrollstudie:
- Fall: patienter med resekterbara, histologiskt bekräftade NEN
- Kontroller: patienter med resekterbara, histologiskt bekräftade icke-neuroendokrina gastrointestinala tumörer (inklusive mag-, pankreas-, kolorektal, tunntarm).
Patienter kommer att registreras som fall eller kontroller baserat på deras prekirurgiska diagnostiska biopsi men kommer definitivt att tilldelas fall eller kontrollgrupp baserat på deras fullständiga histologiska undersökning efter operationen.
Beskrivning
Inklusionskriterier:
- Patient med histologiskt bekräftad diagnos av NEC/MINEN mottaglig för operation med radikal avsikt
- Patient med histologiskt bekräftad diagnos av NET mottaglig för operation med radikala avsikter
- Patient med metastaserande NET/NEC, mottaglig för biopsi eller kirurgi, inklusive palliativ avsikt
Patient histologiskt bekräftad icke-NEN-histotyp:
- Kolorektal karcinom
- Tunntarmscancer
- Mag- eller matstrupscancer
- Pankreatisk duktal adenokarcinom
- Metastasektomi från valfritt icke-NEN GI-karcinom
Uteslutningskriterier:
- Betyg G1 och G2 <=10% Ki67
- Förekomst av samtidig neoplasm (inom 3 år)
- Samtidig större hematologisk förändring
- Samtidig större organdysfunktion (t. G3/4 lever- eller njursvikt)
- Pågående kemoterapi
Studieplan
Hur är studien utformad?
Designdetaljer
Kohorter och interventioner
Grupp / Kohort |
|---|
|
Neuroendokrin neoplasmfall
patient med histologiskt bekräftad neuroendokrina neoplasmer och obekräftade blandade neuroendokrina-icke neuroendokrina neoplasmer med varje komponent > 30 %) och höggradiga neuroendokrina karcinom
|
|
Icke-neuroendokrin neoplasmkontroll
patient med histologiskt bekräftade icke-neuroendokrina gastrointestinala tumörer (inklusive mag-, pankreas-, kolorektal, tunntarm).
|
Vad mäter studien?
Primära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Utveckla en diagnostisk analys av methDNA/fragmentomics i cirkulation
Tidsram: 2 år
|
Epigenetiska skillnader som karakteriserar neuroendokrina tumörer kommer att utnyttjas för att bygga en DNA-metyleringsbaserad flytande biopsianalys som kan detektera cirkulerande tumör-DNA av neuroendokrina härledning, för att möjliggöra icke-invasiv diagnos och övervakning av GEP-MiNEN.
|
2 år
|
Samarbetspartners och utredare
Sponsor
Samarbetspartners
Utredare
- Huvudutredare: Nicola Fazio, MD, European Institute of Oncology
Studieavstämningsdatum
Studera stora datum
Studiestart (Faktisk)
Primärt slutförande (Beräknad)
Avslutad studie (Beräknad)
Studieregistreringsdatum
Först inskickad
Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna
Första postat (Faktisk)
Uppdateringar av studier
Senaste uppdatering publicerad (Faktisk)
Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna
Senast verifierad
Mer information
Termer relaterade till denna studie
Ytterligare relevanta MeSH-villkor
Andra studie-ID-nummer
- L2-154
Läkemedels- och apparatinformation, studiedokument
Studerar en amerikansk FDA-reglerad läkemedelsprodukt
Studerar en amerikansk FDA-reglerad produktprodukt
produkt tillverkad i och exporterad från U.S.A.
Denna information hämtades direkt från webbplatsen clinicaltrials.gov utan några ändringar. Om du har några önskemål om att ändra, ta bort eller uppdatera dina studieuppgifter, vänligen kontakta register@clinicaltrials.gov. Så snart en ändring har implementerats på clinicaltrials.gov, kommer denna att uppdateras automatiskt även på vår webbplats .