Oppsett av en plattform for personlig diagnostisering av sjeldne nyresykdommer (NIKE)

Eksperimentell: Patogene varianter

Varianter som passer bioinformatiske prioriteringskriterier for patogenisitet i henhold til ACMG-retningslinjene og den kliniske fenotypen, og varianter som allerede er rapportert i litteraturen vil bli definert som patogene varianter

Diagnostisk test: Avsluttende genetisk testing

Pasienter vil bli henvist til genetisk veiledning ved studiekoordineringssenteret. Dette vil føre til en avgjørende genetisk diagnose.

Eksperimentell: Potensielt patogene varianter

Varianter som passer til bioinformatiske prioriteringskriterier, men tilsynelatende ikke korrelerer med den kliniske fenotypen og har ikke tidligere blitt rapportert i litteraturen, vil bli definert som potensielt patogene varianter

Diagnostisk test: Genotype-fenotype korrelasjon for personlig diagnose

Pasienter og deres familiemedlemmer vil gjennomgå en grundig klinisk revurdering ved studiekoordineringssenteret for å identifisere diagnostiske håndtak for den mistenkte sykdommen basert på det genetiske testresultatet (omvendt fenotyping). Den kliniske revurderingen kan omfatte utførelse av ytterligere kliniske og instrumentelle tester, samt andre spesialiserte konsultasjoner. Dette vil føre til en avgjørende genetisk diagnose i en betydelig andel av tilfellene, som da vil få genetisk veiledning.

Eksperimentell: Varianter av ukjent betydning (VUS)

Varianter som passer til fenotypen, men som ikke passer til bioinformatiske prioriteringskriterier, vil bli definert som varianter av usikker klinisk betydning (VUS)

Diagnostisk test: Personlig studie av varianter av usikker klinisk betydning (VUS) gjennom funksjonelle studier på 3D organ-på-en-brikke

Etterforskerne vil utføre funksjonell vurdering gjennom urinavledede nyreprogenitorceller (u-RPC) for å fastslå rollen til varianter i å bestemme den kliniske fenotypen.

Validering av genetisk diagnose

Etterforskerne vil vurdere rollen til potensielt patogene varianter og varianter av usikker klinisk betydning (VUS) for å bestemme en avgjørende genetisk diagnose ved pasientrevurdering (omvendt fenotyping) eller in vitro funksjonelle studier.

I detalj, etter resultatene av ES, vil et tverrfaglig team evaluere resultatene av sekvensering og vil til slutt be om ytterligere undersøkelser (f.eks. laboratorie- eller bildediagnostikk, spesifikke konsultasjoner osv.) til pasienten og/eller familiemedlemmet for å se etter tidligere uoppdagede/oversett tegn på de genetiske sykdommene foreslått av ES (omvendt fenotyping).

In vitro funksjonelle studier på u-RPC vil bli forespurt i en undergruppe av pasienter. Antallet pasienter med en avgjørende diagnose oppnådd gjennom disse strategiene vil bidra til den totale diagnostiske frekvensen av arbeidsflyten (antall avgjørende genetiske diagnoser/antall pasienter som er registrert i studien).

Identifikasjon av molekylære veier

Etterforskerne tar sikte på å identifisere molekylære veier som kan representere potensielle terapeutiske mål i et utvalg pasienter som bærer potensielt patogene varianter.

For dette målet vil etterforskerne utføre encellet RNA-sekvensering på nyrebiopsifragmenter av pasienter som har gjennomgått en diagnostisk nyrebiopsi. Etter å ha oppnådd intracellulært transkriptom av individuelle celler som bærer de potensielt patogene variantene, vil etterforskerne sammenligne deres RNA-ekspresjonsprofil med samme type celler fra ikke-muterte pasienter.

Utforsk anvendeligheten av genredigering i sjeldne nyresykdommer

Etterforskerne vil utforske anvendeligheten av CRISPR/Cas9-genredigering i sjeldne nyresykdommer gjennom u-RPC-er hentet fra pasienter som bærer patogene mutasjoner.

For å oppnå redning av sykdomsårsaksvarianter, vil etterforskerne utføre en stabil korreksjon av genetiske varianter identifisert gjennom CRISPR/Cas9-genredigeringstilnærming, i u-RPC isolert fra pasienter som bærer patogene varianter.