Opsætning af en platform for personlig diagnosticering af sjældne nyresygdomme (NIKE)

Eksperimentel: Patogene varianter

Varianter, der passer til bioinformatiske prioriteringskriterier for patogenicitet i henhold til ACMG-retningslinjer og den kliniske fænotype, og varianter, der allerede er rapporteret i litteraturen, vil blive defineret som patogene varianter

Diagnostisk test: Afsluttende genetisk test

Patienter vil blive henvist til genetisk rådgivning på det studiekoordinerende center. Dette vil føre til en afgørende genetisk diagnose.

Eksperimentel: Potentielt patogene varianter

Varianter, der passer til bioinformatiske prioriteringskriterier, men tilsyneladende ikke korrelerer med den kliniske fænotype og ikke tidligere er blevet rapporteret i litteraturen, vil blive defineret som potentielt patogene varianter

Diagnostisk test: Genotype-fænotype korrelation til personlig diagnose

Patienter og deres familiemedlemmer vil gennemgå en grundig klinisk revurdering på studiekoordineringscentret for at identificere diagnostiske greb om den formodede sygdom baseret på det genetiske testresultat (omvendt fænotyping). Den kliniske revurdering kan omfatte udførelse af yderligere kliniske og instrumentelle tests samt andre specialiserede konsultationer. Dette vil føre til en afgørende genetisk diagnose i en væsentlig del af tilfældene, sager, som så vil få genetisk rådgivning.

Eksperimentel: Varianter af ukendt betydning (VUS)

Varianter, der passer til fænotypen, men ikke passer til bioinformatiske prioriteringskriterier, vil blive defineret som varianter af usikker klinisk betydning (VUS)

Diagnostisk test: Personlig undersøgelse af varianter af usikker klinisk betydning (VUS) gennem funktionelle undersøgelser af 3D organ-på-en-chip

Efterforskerne vil udføre funktionel vurdering gennem urinafledte nyre-progenitorceller (u-RPC) for at fastslå, hvilken rolle varianter spiller i bestemmelse af den kliniske fænotype.

Validering af genetisk diagnose

Efterforskerne vil vurdere rollen af ​​potentielt patogene varianter og varianter af usikker klinisk betydning (VUS) i fastlæggelsen af ​​en afgørende genetisk diagnose ved patientrevurdering (omvendt fænotyping) eller in vitro funktionelle undersøgelser.

I detaljer, efter resultaterne af ES, vil et tværfagligt team evaluere resultaterne af sekventering og vil i sidste ende anmode om yderligere undersøgelser (f.eks. laboratorie- eller billeddiagnostiske tests, specifikke konsultationer osv.) til patienten og/eller familiemedlem for at lede efter tidligere uopdagede/oversete tegn på de genetiske sygdomme foreslået af ES (omvendt fænotyping).

In vitro funktionelle undersøgelser af u-RPC vil blive anmodet om i en undergruppe af patienter. Antallet af patienter med en afgørende diagnose opnået gennem disse strategier vil bidrage til den overordnede diagnostiske hastighed af arbejdsgangen (antal endelige genetiske diagnoser/antal patienter indskrevet i undersøgelsen).

Identifikation af molekylære veje

Efterforskerne sigter mod at identificere molekylære veje, der kunne repræsentere potentielle terapeutiske mål i et udvalg af patienter, der bærer potentielt patogene varianter.

Til dette mål vil efterforskerne udføre enkeltcellet RNA-sekventering på nyrebiopsifragmenter fra patienter, der har gennemgået en diagnostisk nyrebiopsi. Efter opnåelse af intracellulært transkriptom af individuelle celler, der bærer de potentielt patogene varianter, vil efterforskerne sammenligne deres RNA-ekspressionsprofil med den samme type celler opnået fra ikke-muterede patienter.

Udforsk anvendeligheden af ​​genredigering i sjældne nyresygdomme

Efterforskerne vil undersøge anvendeligheden af ​​CRISPR/Cas9-genredigering i sjældne nyresygdomme gennem u-RPC'er opnået fra patienter, der bærer patogene mutationer.

For at opnå redningen af ​​sygdomsfremkaldende varianter, vil efterforskerne udføre en stabil korrektion af genetiske varianter identificeret gennem CRISPR/Cas9 genredigeringstilgang, i u-RPC isoleret fra patienter med patogene varianter.