Puesta en marcha de una Plataforma de Diagnóstico Personalizado de Enfermedades Renales Raras (NIKE)

Experimental: Variantes patogénicas

Las variantes que cumplan con los criterios de priorización bioinformática de patogenicidad de acuerdo con las pautas del ACMG y el fenotipo clínico, y las variantes ya informadas en la literatura se definirán como variantes patogénicas.

Prueba de diagnóstico: Pruebas genéticas concluyentes

Los pacientes serán remitidos para asesoramiento genético en el centro coordinador del estudio. Esto conducirá a un diagnóstico genético concluyente.

Experimental: Variantes potencialmente patógenas

Las variantes que cumplan con los criterios de priorización bioinformática pero que aparentemente no se correlacionen con el fenotipo clínico y no hayan sido reportadas previamente en la literatura se definirán como variantes potencialmente patógenas.

Prueba de diagnóstico: Correlación genotipo-fenotipo para un diagnóstico personalizado.

Los pacientes y sus familiares se someterán a una reevaluación clínica exhaustiva en el centro coordinador del estudio para identificar los identificadores de diagnóstico de la enfermedad sospechada según el resultado de la prueba genética (fenotipado inverso). La reevaluación clínica podría incluir la realización de pruebas clínicas e instrumentales adicionales, así como otras consultas especializadas. Esto conducirá a un diagnóstico genético concluyente en una proporción sustancial de casos, a los que luego se les proporcionará asesoramiento genético.

Experimental: Variantes de significado desconocido (VUS)

Las variantes que se ajusten al fenotipo pero que no se ajusten a los criterios de priorización bioinformática se definirán como variantes de importancia clínica incierta (VUS)

Prueba de diagnóstico: Estudio personalizado de variantes de significado clínico incierto (VUS) mediante estudios funcionales en órgano en chip 3D

Los investigadores realizarán una evaluación funcional a través de células progenitoras renales derivadas de la orina (u-RPC) para establecer el papel de las variantes en la determinación del fenotipo clínico.

Validación del diagnóstico genético.

Los investigadores evaluarán el papel de variantes potencialmente patógenas y variantes de importancia clínica incierta (VUS) para determinar un diagnóstico genético concluyente mediante reevaluación del paciente (fenotipado inverso) o estudios funcionales in vitro.

En detalle, luego de los resultados de la ES, un equipo multidisciplinario evaluará los resultados de la secuenciación y eventualmente solicitará investigaciones adicionales (p. ej., pruebas de laboratorio o de imagen, consultas específicas, etc.) al paciente y/o familiar con el fin de buscar signos previamente no detectados o pasados ​​por alto de enfermedades genéticas sugeridas por ES (fenotipado inverso).

Se solicitarán estudios funcionales in vitro sobre u-RPC en un subconjunto de pacientes. La cantidad de pacientes con un diagnóstico concluyente obtenido a través de estas estrategias contribuirá a la tasa de diagnóstico general del flujo de trabajo (número de diagnóstico genético concluyente/número de pacientes inscritos en el estudio).

Identificación de vías moleculares.

Los investigadores tienen como objetivo identificar vías moleculares que podrían representar posibles objetivos terapéuticos en una selección de pacientes portadores de variantes potencialmente patógenas.

Para este objetivo, los investigadores realizarán una secuenciación de ARN unicelular en fragmentos de biopsia de riñón de pacientes que se han sometido a una biopsia de riñón de diagnóstico. Después de obtener el transcriptoma intracelular de células individuales que portan variantes potencialmente patógenas, los investigadores compararán su perfil de expresión de ARN con el mismo tipo de células obtenidas de pacientes no mutados.

Explore la aplicabilidad de la edición de genes en enfermedades renales raras

Los investigadores explorarán la aplicabilidad de la edición de genes CRISPR/Cas9 en enfermedades renales raras a través de u-RPC obtenidas de pacientes portadores de mutaciones patógenas.

Para lograr el rescate de las variantes causantes de la enfermedad, los investigadores realizarán una corrección estable de variantes genéticas identificadas mediante el enfoque de edición de genes CRISPR/Cas9, en u-RPC aislado de pacientes portadores de variantes patógenas.