Vytvoření platformy pro personalizovanou diagnostiku vzácných onemocnění ledvin (NIKE)

Experimentální: Patogenní varianty

Varianty vyhovující kritériím bioinformatické priority pro patogenitu podle pokynů ACMG a klinického fenotypu a varianty již uváděné v literatuře budou definovány jako patogenní varianty

Diagnostický test: Průkazné genetické testování

Pacienti budou odesláni ke genetickému poradenství v koordinačním centru studie. To povede ke konečné genetické diagnóze.

Experimentální: Potenciálně patogenní varianty

Varianty vyhovující kritériím bioinformatické priority, ale zjevně nekorelují s klinickým fenotypem a nebyly dříve uvedeny v literatuře, budou definovány jako potenciálně patogenní varianty

Diagnostický test: Korelace genotyp-fenotyp pro personalizovanou diagnostiku

Pacienti a jejich rodinní příslušníci projdou důkladným klinickým přehodnocením v koordinačním centru studie s cílem identifikovat diagnostické rukojeti suspektního onemocnění na základě výsledku genetického testu (reverzní fenotypizace). Klinické přehodnocení by mohlo zahrnovat provedení dalších klinických a instrumentálních testů, jakož i další specializované konzultace. To povede k průkazné genetické diagnóze u podstatné části případů, případů, kterým bude následně poskytnuto genetické poradenství.

Experimentální: Varianty neznámého významu (VUS)

Varianty, které odpovídají fenotypu, ale nevyhovují kritériím bioinformatické priority, budou definovány jako varianty nejisté klinické významnosti (VUS).

Diagnostický test: Personalizovaná studie variant nejistého klinického významu (VUS) prostřednictvím funkčních studií na 3D organ-on-a-chip

Výzkumníci provedou funkční hodnocení prostřednictvím renálních progenitorových buněk získaných z moči (u-RPC), aby stanovili roli variant při určování klinického fenotypu.

Validace genetické diagnózy

Vyšetřovatelé posoudí roli potenciálně patogenních variant a variant nejistého klinického významu (VUS) při stanovení přesvědčivé genetické diagnózy přehodnocením pacienta (reverzní fenotypizace) nebo in vitro funkčními studiemi.

Podrobně, po výsledcích ES, multidisciplinární tým vyhodnotí výsledky sekvenování a případně si vyžádá další vyšetření (např. laboratorní nebo zobrazovací testy, specifické konzultace atd.) u pacienta a/nebo člena rodiny, aby se hledal dříve nedetekované/přehlížené známky genetických onemocnění navržených ES (reverzní fenotypizace).

U podskupiny pacientů budou požadovány funkční studie in vitro na u-RPC. Počet pacientů s průkaznou diagnózou získanou prostřednictvím těchto strategií přispěje k celkové diagnostické rychlosti pracovního postupu (počet průkazné genetické diagnózy/počet pacientů zařazených do studie).

Identifikace molekulárních drah

Cílem výzkumníků je identifikovat molekulární dráhy, které by mohly představovat potenciální terapeutické cíle ve výběru pacientů nesoucích potenciálně patogenní varianty.

Za tímto účelem budou výzkumníci provádět jednobuněčné sekvenování RNA na fragmentech biopsie ledvin pacientů, kteří podstoupili diagnostickou biopsii ledvin. Po získání intracelulárního transkriptomu jednotlivých buněk nesoucích potenciálně patogenní varianty výzkumníci porovnají jejich profil exprese RNA se stejným typem buněk získaným od nemutovaných pacientů.

Prozkoumejte použitelnost úpravy genů u vzácných onemocnění ledvin

Výzkumníci prozkoumají použitelnost editace genu CRISPR/Cas9 u vzácných onemocnění ledvin prostřednictvím u-RPC získaných od pacientů nesoucích patogenní mutace.

Aby bylo dosaženo záchrany variant způsobujících onemocnění, výzkumníci provedou stabilní korekci genetických variant identifikovaných pomocí přístupu úpravy genu CRISPR/Cas9 v u-RPC izolovaných od pacientů nesoucích patogenní varianty.