Inrättande av en plattform för personlig diagnostik av sällsynta njursjukdomar (NIKE)

Experimentell: Patogena varianter

Varianter som passar bioinformatiska prioriteringskriterier för patogenicitet enligt ACMG:s riktlinjer och den kliniska fenotypen, och varianter som redan rapporterats i litteraturen kommer att definieras som patogena varianter

Diagnostiskt test: Avslutande genetisk testning

Patienter kommer att remitteras för genetisk rådgivning vid studiekoordineringscentret. Detta kommer att leda till en avgörande genetisk diagnos.

Experimentell: Potentiellt patogena varianter

Varianter som passar bioinformatiska prioriteringskriterier men uppenbarligen inte korrelerar med den kliniska fenotypen och har inte tidigare rapporterats i litteraturen kommer att definieras som potentiellt patogena varianter

Diagnostiskt test: Genotyp-fenotyp korrelation för personlig diagnos

Patienter och deras familjemedlemmar kommer att genomgå en grundlig klinisk omvärdering vid studiekoordineringscentret för att identifiera diagnostiska handtag för den misstänkta sjukdomen baserat på det genetiska testresultatet (omvänd fenotypning). Den kliniska omvärderingen kan inkludera utförandet av ytterligare kliniska och instrumentella tester, såväl som andra specialiserade konsultationer. Detta kommer att leda till en avgörande genetisk diagnos i en betydande del av fallen, som sedan kommer att få genetisk rådgivning.

Experimentell: Varianter av okänd betydelse (VUS)

Varianter som passar fenotypen men som inte passar bioinformatiska prioriteringskriterier kommer att definieras som varianter av osäker klinisk betydelse (VUS)

Diagnostiskt test: Personlig studie av varianter av osäker klinisk betydelse (VUS) genom funktionella studier på 3D-organ-på-ett-chip

Utredarna kommer att utföra funktionell bedömning genom urinhärledda njurstamceller (u-RPC) för att fastställa vilken roll varianter spelar för att fastställa den kliniska fenotypen.

Validering av genetisk diagnos

Utredarna kommer att bedöma rollen av potentiellt patogena varianter och varianter av osäker klinisk signifikans (VUS) för att fastställa en avgörande genetisk diagnos genom patientens omvärdering (omvänd fenotypning) eller in vitro funktionella studier.

I detalj, efter resultaten av ES, kommer ett multidisciplinärt team att utvärdera resultaten av sekvensering och kommer så småningom att begära ytterligare undersökningar (t.ex. laboratorie- eller avbildningstester, specifika konsultationer etc) till patienten och/eller familjemedlemmen för att leta efter tidigare oupptäckta/förbisedda tecken på de genetiska sjukdomar som föreslagits av ES (omvänd fenotypning).

In vitro funktionella studier på u-RPC kommer att begäras i en undergrupp av patienter. Antalet patienter med en avgörande diagnos som erhålls genom dessa strategier kommer att bidra till den övergripande diagnostiska hastigheten för arbetsflödet (antal avgörande genetiska diagnoser/antal patienter som ingår i studien).

Identifiering av molekylära vägar

Utredarna syftar till att o identifiera molekylära vägar som kan representera potentiella terapeutiska mål i ett urval av patienter som bär potentiellt patogena varianter.

För detta mål kommer utredarna att utföra encellig RNA-sekvensering på njurbiopsifragment från patienter som har genomgått en diagnostisk njurbiopsi. Efter att ha erhållit intracellulärt transkriptom av individuella celler som bär de potentiellt patogena varianterna kommer utredarna att jämföra deras RNA-uttrycksprofil med samma typ av celler som erhållits från icke-muterade patienter.

Utforska tillämpbarheten av genredigering vid sällsynta njursjukdomar

Utredarna kommer att undersöka tillämpbarheten av CRISPR/Cas9-genredigering i sällsynta njursjukdomar genom u-RPCs erhållna från patienter som bär patogena mutationer.

För att uppnå räddning av sjukdomsorsakande varianter kommer utredarna att utföra en stabil korrigering av genetiska varianter identifierade genom CRISPR/Cas9 genredigeringsmetod, i u-RPC isolerade från patienter som bär patogena varianter.