Creazione di una piattaforma per la diagnosi personalizzata delle malattie renali rare (NIKE)

Sperimentale: Varianti patogene

Le varianti che soddisfano i criteri di prioritizzazione bioinformatici per la patogenicità secondo le linee guida ACMG e il fenotipo clinico, e le varianti già riportate in letteratura saranno definite come varianti patogene

Test diagnostico: Test genetico conclusivo

I pazienti verranno indirizzati per la consulenza genetica presso il centro di coordinamento dello studio. Ciò porterà a una diagnosi genetica definitiva.

Sperimentale: Varianti potenzialmente patogene

Le varianti che soddisfano i criteri di prioritizzazione bioinformatici ma che apparentemente non sono correlate al fenotipo clinico e non sono state precedentemente riportate in letteratura saranno definite come varianti potenzialmente patogene

Test diagnostico: Correlazione genotipo-fenotipo per la diagnosi personalizzata

I pazienti e i loro familiari saranno sottoposti ad una rivalutazione clinica approfondita presso il centro di coordinamento dello studio per identificare i criteri diagnostici della sospetta malattia sulla base del risultato del test genetico (fenotipizzazione inversa). La rivalutazione clinica potrebbe includere l’esecuzione di ulteriori test clinici e strumentali, nonché altre consultazioni specialistiche. Ciò porterà ad una diagnosi genetica conclusiva in una percentuale sostanziale di casi, casi ai quali verrà poi fornita una consulenza genetica.

Sperimentale: Varianti di significato sconosciuto (VUS)

Le varianti che soddisfano il fenotipo ma non soddisfano i criteri di priorità bioinformatici saranno definite come varianti di significato clinico incerto (VUS)

Test diagnostico: Studio personalizzato di varianti di significato clinico incerto (VUS) attraverso studi funzionali su organ-on-a-chip 3D

I ricercatori eseguiranno una valutazione funzionale attraverso cellule progenitrici renali derivate dalle urine (u-RPC) per stabilire il ruolo delle varianti nel determinare il fenotipo clinico.

Validazione della diagnosi genetica

I ricercatori valuteranno il ruolo delle varianti potenzialmente patogene e delle varianti di significato clinico incerto (VUS) nel determinare una diagnosi genetica conclusiva mediante rivalutazione del paziente (fenotipizzazione inversa) o studi funzionali in vitro.

Nel dettaglio, dopo i risultati dell'ES, un team multidisciplinare valuterà i risultati del sequenziamento ed eventualmente richiederà ulteriori accertamenti (es. esami di laboratorio o di imaging, consulti specifici, ecc.) al paziente e/o al familiare al fine di ricercare segni precedentemente non rilevati/trascurati delle malattie genetiche suggerite dall'ES (fenotipizzazione inversa).

Saranno richiesti studi funzionali in vitro su u-RPC in un sottogruppo di pazienti. Il numero di pazienti con una diagnosi conclusiva ottenuta attraverso queste strategie contribuirà al tasso diagnostico complessivo del flusso di lavoro (numero di diagnosi genetiche conclusive/numero di pazienti arruolati nello studio).

Identificazione delle vie molecolari

I ricercatori mirano a identificare percorsi molecolari che potrebbero rappresentare potenziali bersagli terapeutici in una selezione di pazienti portatori di varianti potenzialmente patogene.

A questo obiettivo, i ricercatori eseguiranno il sequenziamento dell'RNA di singole cellule su frammenti di biopsia renale di pazienti sottoposti a biopsia renale diagnostica. Dopo aver ottenuto il trascrittoma intracellulare di singole cellule portatrici di varianti potenzialmente patogene, i ricercatori confronteranno il loro profilo di espressione di RNA con lo stesso tipo di cellule ottenute da pazienti non mutati.

Esplora l'applicabilità dell'editing genetico nelle malattie renali rare

I ricercatori esploreranno l’applicabilità dell’editing genetico CRISPR/Cas9 nelle malattie renali rare attraverso u-RPC ottenuti da pazienti portatori di mutazioni patogene.

Al fine di ottenere il salvataggio delle varianti causative della malattia, i ricercatori eseguiranno una correzione stabile delle varianti genetiche identificate attraverso l'approccio di editing genetico CRISPR/Cas9, in u-RPC isolato da pazienti portatori di varianti patogene.