Undersøker hvordan barnesvulster og medfødte sykdommer utvikler seg

Kreft og noen medfødte anomalier er forårsaket av endringer (mutasjoner) i den genetiske koden (DNA) til celler. Bruken av Next Generation Sequencing (NGS) har gjort det mulig å studere de genetiske endringene som ligger til grunn for disse sykdommene, genom bred og ved baseparoppløsning.

Et sentralt spørsmål om den molekylære patogenesen til en rekke barnesvulster og medfødte anomalier som forblir ubesvart er rekkefølgen de forskjellige mutasjonene oppstår i. For å definere rekkefølgen mutasjoner oppstår i, må etterforskerne rekonstruere livshistorien til individuelle svulster/anomalier. Dette kan oppnås ved å skille hovedklonen ('forfedres' celle) fra subkloner eller ved å studere flere områder fra samme lesjon. Selv om denne tilnærmingen tillater timing av mutasjoner til en viss grad, i barndomssvulster og medfødte lesjoner er denne tilnærmingen fundamentalt begrenset av manglende evne til å definere embryonale mutasjoner. Grunnlaget for begrensningen er at de aktuelle lesjonene konvensjonelt sammenlignes med pasientens kimlinje (den genetiske informasjonen de har fra fødselen). I en slik sammenligning vil embryonale mutasjoner bli feilklassifisert som enten kimlinje eller somatiske (ervervet).

For å overvinne denne begrensningen må man sammenligne lesjonen med foreldrenes kimlinje.

Derfor foreslår denne studien her å utføre den første NGS-studien av barndomssvulster og medfødte anomalier, med fokus på å definere den embryonale patogenesen. Et unikt trekk ved denne studien vil være at lesjoner vil bli sammenlignet med foreldrenes kimlinje for å definere embryonale mutasjoner. Et fokus for analysen vil være å definere rekkefølgen i hvilke mutasjoner oppstår.