Flytende biopsi i kimcelle-tumorer

Studiedesign Dette er en prospektiv, ikke-terapeutisk studie for å teste den diagnostiske og prognostiske verdien av ctDNA hos TGCT-pasienter. 100 pasienter med metastatisk TGCT som presenterer seg ved behandlingssentre i Østerrike, sentre fra SAG-registeret og utvalgte sentre fra Tyskland vil bli bedt om å delta, og blod vil bli tatt for ctDNA og miR-371a-3p-analyse i løpet av sykdomsforløpet på definerte tidspunkter. I tillegg vil 100 pasienter med stadium I sykdom innenfor Østerrike bli inkludert.

Prøvetaking Før operasjon og intraoperativt: Plasma- og mikro RNA-prøver vil også bli innhentet før operasjon. Plasma vil også bli innhentet intraoperativt fra testikkelvenen.

Etter orkiektomi (før første syklus med kjemoterapi): Blod vil bli tappet i to PAXgene® Blood ccfDNA-rør (ca. 20 ml) for ctDNA-analyse før starten av kjemoterapi. PAXgene-rør og svulstvev vil bli sendt og lagret ved Biobanken ved Medisinske Universitetet i Graz. For miR-371a-3p-innsamling vil 10 ml blod bli samlet i serumrør, sentrifugert og 2 ml serum lagret ved -80°.

Før andre syklus med kjemoterapi: For å evaluere behandlingsrespons med ctDNA-nivåer, vil to PAXgene® Blood ccfDNA-rør (ca. 20 ml) bli samlet før administrering av den andre kjemoterapisyklusen. For miR-371a-3p-innsamling vil 10 ml blod bli samlet og prosessert som beskrevet ovenfor.

Etter fullført behandling: Når pasienten har fullført første linje behandling, vil ytterligere to PAXgene® Blood ccfDNA-rør (ca. 20 ml) bli tappet for ctDNA-analyse. For miR-371a-3p-innsamling vil 10 ml blod bli samlet og prosessert som beskrevet ovenfor.

Ved tidspunktet for tilbakefall: Omtrent 20-30 % av pasienter med metastatisk TGCT vil få tilbakefall. Dette kan være primært ikke-respondenter eller pasienter som får tilbakefall etter fullført kjemoterapi, som vanligvis skjer innen to år. To PAXgene® Blood ccfDNA-rør (ca. 20 ml) vil bli tappet for ctDNA-analyse ved tidspunktet for tilbakefall (tydelig på bildediagnostikk eller økning av klassiske tumormarkører). For miR-371a-3p-innsamling vil 10 ml blod bli samlet.

Prøveanalyse Omfattende molekylær profilering av primært svulstvev DNA fra svulstprøver vil bli isolert ved bruk av GeneRead DNA FFPE Kit (QIAGEN). DNA vil bli kvantifisert ved bruk av Qubit (Thermo Fisher). For å profilere vev omfattende vil duet multiomics-løsningen evoC-plattformen bli brukt, som ikke bare undersøker genomet med hensyn til genetiske forandringer, men også muliggjør epigenetisk analyse som skiller mellom metylcytosin (mC) og hydroksymetylcytosin (hmC). Et slikt kombinert genom og metylom kan avdekke en korrelasjon i 5mC og 5hmC ved å skille mellom de to innenfor regioner med åpen kromatin og genuttrykk. Det samme datasettet kan brukes til å utlede genomvide kopialterasjoner. SCNA og fokale forandringer vil bli identifisert ved bruk av etablerte interne algoritmer. Svulstrenhet/ploiditet vil bli vurdert ved bruk av ichorCNA-algoritmen, en skjult Markov-modell (HMM) for sannsynlighetsmodellering som fungerer ved sekvenseringsdekning ned til 0,1X og muliggjør deteksjon av SCNA ned til en svulstfraksjon på 3 %. Hvis klonaliteten til svulstvevet er for lav, vil eksomsekvensering valgfritt bli utført for dyp mutasjonsprofilering. Bimodale data fra vev vil bli sammenlignet med plasmaprøver fra tidspunktet for progresjon samt med kjemosensitive svulster for å identifisere faktorer som bidrar til ervervet og primær resistens. Vev samlet inn under operasjon vil bli sendt til patologiavdelingen ved Medisinske Universitetet i Graz, der DNA-isolasjon og genomsekvensering vil bli utført.

Analyse av ctDNA Blod vil bli samlet i PAXgene® Blood ccfDNA og sendt til Institutt for Humangenetikk for videre prosessering. cfDNA-ekstraksjon fra plasma vil bli utført ved bruk av QIAsymphony PAXgene Blood ccfDNA Kit (QIAGEN). For å identifisere SCNA, vil vi anvende sWGS (plasma-Seq) og igjen analysere dataene med ichorCNA-algoritmen. Alternativt vil dPCR bli utført for å screene for 12p-gevinst for å øke følsomheten. Plasmaprøver med høy svulstfraksjon fra pasienter med sykdomstilbakefall vil i tillegg bli analysert ved bruk av Biomodal-plattformen og hele eksomsekvensering. Genetiske og epigenetiske profiler vil bli sammenlignet med den diagnostiske vevsprøven innhentet fra orkiektomi. Vi har allerede vellykket implementert Biomodal-plattformen i vårt laboratorium i rammen av et prostatakreftprosjekt. Dessuten har vi evaluert et ctDNA-spesifikt eksomenrikingssett, som muliggjør pålitelig variantdeteksjon ned til 1 %. Alle bioinformatikkverktøy for å analysere eksom- og Biomodal-datasett er godt etablert ved Institutt for Humangenetikk ved Medisinske Universitetet i Graz.