Vätskebiopsi i germinaltumörer

Studiedesign Detta är en prospektiv, icke-terapeutisk studie för att testa diagnostiskt och prognostiskt värde av ctDNA hos TGCT-patienter. 100 patienter med metastaserad TGCT som presenterar sig vid behandlingscenter i Österrike, center från SAG-registret och utvalda center från Tyskland kommer att ombads delta och blod kommer att tas för ctDNA- och miR-371a-3p-analys under sjukdomsförloppet vid definerade tidpunkter. Dessutom kommer 100 patienter med stadium I-sjukdom inom Österrike att inkluderas.

Provtagning Före operation och intraoperativt: Plasma- och mikro RNA-prover kommer också att erhållas före operation. Plasma kommer också att erhållas intraoperativt från testikelvenen.

Efter orkiektomi (före första cykeln av cellgiftsbehandling): Blod kommer att tas i två PAXgene® Blood ccfDNA-rör (ca. 20 ml) för ctDNA-analys innan cellgiftsbehandlingens start. PAXgene-rör och tumörvävnad kommer att skickas och förvaras vid Biobanken vid Medicinska universitetet i Graz. För miR-371a-3p-insamling kommer 10 ml blod att samlas i serumrör, centrifugeras och 2 ml serum förvaras vid -80°.

Före andra cykeln av cellgiftsbehandling: För att utvärdera behandlingsrespons med ctDNA-nivåer kommer två PAXgene® Blood ccfDNA-rör (ca. 20 ml) att samlas före applicering av den andra cellgiftscykeln. För miR-371a-3p-insamling kommer 10 ml blod att samlas och bearbetas som beskrivits ovan.

Efter avslutad behandling: När patienten har avslutat första linjens behandling kommer ytterligare två PAXgene® Blood ccfDNA-rör (ca. 20 ml) att tas för ctDNA-analys. För miR-371a-3p-insamling kommer 10 ml blod att samlas och bearbetas som beskrivits ovan.

Vid tidpunkten för återfall: Cirka 20-30 % av patienter med metastaserad TGCT kommer att få återfall. Dessa kan vara primärt icke-respondenter eller patienter som får återfall efter avslutad cellgiftsbehandling, vilket vanligtvis inträffar inom två år. Två PAXgene® Blood ccfDNA-rör (ca. 20 ml) kommer att tas för ctDNA-analys vid tidpunkten för återfall (synligt på avbildning eller stigning av klassiska tumörmarkörer). För miR-371a-3p-insamling kommer 10 ml blod att samlas.

Provanalys Omfattande molekylär profilering av primär tumörvävnads-DNA från tumörprover kommer att isoleras med GeneRead DNA FFPE Kit (QIAGEN). DNA kommer att kvantifieras med Qubit (Thermo Fisher). För att omfattande profilera vävnader kommer duet multiomics solution evoC-plattformen att användas, som inte bara undersöker genomen med avseende på genetiska förändringar, utan också möjliggör epigenetisk analys som skiljer mellan metylcytosin (mC) och hydroxymetylcytosin (hmC). En sådan kombinerad genom- och metylom kan avslöja en korrelation i 5mC och 5hmC genom att skilja mellan de två inom regioner av öppen kromatin och genuttryck. Samma dataset kan användas för att härleda genombredda kopieringsförändringar. SCNA och fokala förändringar kommer att identifieras med etablerade interna algoritmer. Tumörrenhet/ploiditet kommer att bedömas med ichorCNA-algoritmen, en dold Markovmodell (HMM) för probabilistisk modellering och fungerar vid sekvenseringstäckningar ner till 0,1X och möjliggör detektion av SCNA ner till en tumörfraktion på 3 %. Om tumörvävnadens klonalitet är för låg kommer exomsekvensering att utföras valfritt för djup mutationsprofilering. Bimodala data från vävnader kommer att jämföras med plasmaprover från tidpunkten för progression samt med kemokänsliga tumörer för att identifiera faktorer som bidrar till förvärvat och primärt motstånd. Vävnad insamlad under operation kommer att skickas till patologiavdelningen vid Medicinska universitetet i Graz där DNA-isolering och genomsekvensering kommer att utföras.

Analys av ctDNA Blod kommer att samlas i PAXgene® Blood ccfDNA och skickas till Institutet för humangenetik för vidare bearbetning. cfDNA-extraktion från plasma kommer att utföras med QIAsymphony PAXgene Blood ccfDNA Kit (QIAGEN). För att identifiera SCNA kommer vi att använda sWGS (plasma-Seq) och återigen analysera data med ichorCNA-algoritmen. Alternativt kommer dPCR att utföras för att screena för 12p-vinst för att öka känsligheten. Plasmaprover med hög tumörfraktion från patienter med sjukdomsåterfall kommer ytterligare att analyseras med Biomodal-plattformen och hela exomsekvensering. Genetiska och epigenetiska profiler kommer att jämföras med diagnostisk vävnad erhållen från orkiektomi. Vi har redan framgångsrikt implementerat Biomodal-plattformen i vårt labb inom ramen för ett prostatacancerprojekt. Dessutom har vi utvärderat en ctDNA-specifik exomenrikningskit, som möjliggör pålitlig variantdetektion ner till 1 %. Alla bioinformatikverktyg för att analysera exom- och Biomodal-dataset är väletablerade vid Institutet för humangenetik vid Medicinska universitetet i Graz.