Zmiany mikroflory jelitowej biorców po przeszczepie mikroflory kałowej

Zakażenie Clostridioides difficile (CDI) jest najczęstszą przyczyną biegunki szpitalnej i najczęstszą chorobą zakaźną związaną z opieką zdrowotną w Stanach Zjednoczonych, odpowiadając za 15% wszystkich infekcji, prawie 30 000 zgonów rocznie, szacowany koszt ekonomiczny w wysokości 5 miliardów dolarów /rok.

W ostatniej dekadzie większość obciążeń związanych z CDI zależy od nawrotów CDI (rCDI) (3). Wiadomo, że rCDI wydłuża czas hospitalizacji i wiąże się ze zwiększoną chorobowością i śmiertelnością.

Co więcej, rCDI jest często czymś więcej niż infekcją pierwotną i wiąże się z zagrażającymi życiu powikłaniami, takimi jak rzekomobłoniaste zapalenie jelita grubego, toksyczne rozdęcie okrężnicy, wstrząs, perforacja, zakażenie krwi (BSI), posocznica, spowodowane przez bakterie jelitowe lub grzyby, ze śmiertelnością prawie 50% i śmierć.

Wiadomo, że przeszczep mikroflory kałowej (FMT), definiowany jako infuzja kału od zdrowych dawców do biorcy z zaburzeniami związanymi z dysbiozą, jest wysoce skuteczną opcją leczenia CDI. FMT jest również bardziej skuteczna niż standardowe leczenie wankomycyną i jest zalecana przez Międzynarodowe Wytyczne dotyczące leczenia mnogich nawrotów CDI.

Pomimo coraz większej liczby dowodów na kliniczną skuteczność FMT w leczeniu rCDI, nieznane są również mechanizmy tej skuteczności klinicznej.

Analiza metagenomiczna jest znana jako dobra opcja do badania mikroflory jelitowej i oszacowania różnorodności drobnoustrojów. Celem pracy jest ocena zmian składu drobnoustrojów u pacjentów z rCDI po FMT, z wykorzystaniem analizy metagenomicznej.

Badacze przeprowadzą obserwacyjne badanie perspektywiczne w jednym ośrodku. Pacjenci będą rekrutowani spośród osób kierowanych na oddział gastroenterologii Fondazione Policlinico Universitario „A. Gemelli”. Pacjenci spełniający wszystkie kryteria włączenia i żadne z kryteriów wykluczenia (wyszczególnione w odpowiedniej sekcji tej witryny internetowej) będą brani pod uwagę w tym badaniu.

Przed zabiegiem FMT dane demograficzne zostaną zebrane przez personel oddziału chorób przewodu pokarmowego.

Ponadto pacjenci zostaną poproszeni o oddanie próbek kału, które zostaną pobrane do sterylnego, szczelnego pojemnika i przechowywane w temperaturze -80°C w celu oceny metagenomicznej mikrobiomu jelitowego i oceny metatranskryptomu przez personel mikrobiologiczny.

Pacjenci, zgodnie z praktyką kliniczną, będą poddani procedurze FMT poprzez kolonoskopię. Każdy pacjent biorący udział w badaniu otrzyma kał od jednego dawcy bez żadnego konkretnego dopasowania biorca-dawca. Selekcja dawców kału zostanie przeprowadzona przez personel oddziału gastroenterologii zgodnie z protokołami zalecanymi wcześniej przez międzynarodowe wytyczne oraz zgodnie z nową rekomendacją narzuconą przez reorganizację transplantacji mikrobioty kałowej podczas pandemii COVID-19. Wszystkie wlewy kałowe będą produkowane na oddziale mikrobiologii naszego szpitala. Używane będą tylko zamrożone odchody. Przygotowanie zamrożonych odchodów będzie zgodne z protokołami z międzynarodowych wytycznych.

Wizyty kontrolne będą przeprowadzane przez lekarzy oddziału gastroenterologii. Wszyscy pacjenci będą objęci obserwacją przez 3 miesiące po zakończeniu kuracji.

Wizyty kontrolne zaplanowano w 1., 2., 4. i 12. tygodniu po zakończeniu kuracji. Podczas każdej wizyty badacze pobiorą próbki kału do analizy mikrobiomu.

Wyniki badania są szczegółowo opisane w odpowiedniej sekcji tej witryny. W przypadku analizy mikrobiomu różnice statystyczne między średnimi grup zostaną obliczone przy użyciu dwustronnego testu Wilcoxon-Rank Sum Test za pomocą pakietu oprogramowania statystycznego R (R Core Team, Wiedeń, Austria).