Changements dans le microbiote intestinal des receveurs après une greffe de microbiote fécal

L'infection à Clostridioides difficile (CDI) est la cause la plus fréquente de diarrhée nosocomiale et la maladie infectieuse associée aux soins de santé la plus courante aux États-Unis, représentant 15 % de l'ensemble des infections, près de 30 000 décès par an et une dépense économique estimée à 5 milliards de dollars. /année.

Au cours de la dernière décennie, la majeure partie du fardeau lié à l'ICD dépend de la récidive de l'ICD (rICD) (3). Le rCDI est connu pour prolonger la durée d'hospitalisation et pour être associé à une augmentation des taux de morbidité et de mortalité.

De plus, la rCDI est souvent, plus qu'une primo-infection, associée à des complications mettant en jeu le pronostic vital, notamment la colite pseudomembraneuse, le mégacôlon toxique, le choc, la perforation, l'infection du sang (BSI), la septicémie, causée par des bactéries ou des champignons intestinaux avec un taux de mortalité de près de 50 %. , et la mort.

La transplantation de microbiote fécal (FMT), définie comme l'infusion de matières fécales de donneurs sains à un receveur souffrant de troubles associés à la dysbiose, est connue pour être une option de traitement très efficace contre l'ICD. La FMT est également plus efficace que le traitement standard à la vancomycine et elle est recommandée par les directives internationales pour le traitement des récidives multiples d'ICD.

Malgré le nombre croissant de preuves sur l'efficacité clinique de la FMT pour le traitement de la rCDI, les mécanismes de cette efficacité clinique sont également inconnus.

L'analyse métagénomique est connue comme une bonne option pour examiner le microbiote intestinal et pour estimer la diversité microbienne. Le but de cette étude est d'évaluer les changements dans la composition microbienne chez les patients rCDI après FMT, en utilisant l'analyse métagénomique.

Les enquêteurs réaliseront une étude perspective observationnelle monocentrique. Les patients seront recrutés parmi ceux référés à l'unité de gastro-entérologie de la Fondazione Policlinico Universitario "A. Gémelli". Les patients avec tous les critères d'inclusion et aucun des critères d'exclusion (détaillé dans la section spécifique de ce site) seront considérés pour cette étude.

Avant la procédure FMT, les données démographiques seront collectées par le personnel des maladies gastro-intestinales.

De plus, les patients seront invités à donner des échantillons de selles à collecter dans un récipient stérile scellé et conservé à -80 ° C pour l'évaluation métagénomique du microbiome intestinal et l'évaluation du méta-transcriptome par le personnel de microbiologie.

Les patients, selon la pratique clinique, recevront la procédure FMT par coloscopie. Chaque patient de l'étude recevra les matières fécales d'un seul donneur sans correspondance spécifique receveur-donneur. La sélection des donneurs de selles sera effectuée par le personnel de l'unité de gastro-entérologie selon les protocoles précédemment recommandés par les directives internationales et selon la nouvelle recommandation imposée par la réorganisation de la greffe de microbiote fécal pendant la pandémie de COVID-19. Tous les infusats fécaux seront fabriqués dans l'unité de microbiologie de notre hôpital. Seules les matières fécales congelées seront utilisées. La préparation des matières fécales congelées suivra les protocoles des directives internationales.

Les visites de suivi seront effectuées par des médecins de l'unité de gastro-entérologie. Tous les patients seront suivis pendant 3 mois après la fin des traitements.

Des visites de suivi seront programmées à la semaine 1, à la semaine 2, à la semaine 4 et à la semaine 12, après la fin des traitements. À chaque visite, les enquêteurs prélèveront des échantillons de selles pour l'analyse du microbiome.

Les résultats de l'étude sont détaillés dans la section spécifique de ce site Web. Pour l'analyse du microbiome, les différences statistiques entre les moyennes de groupe seront calculées à l'aide d'un test Wilcoxon-Rank Sum bilatéral, via le progiciel statistique R (R Core Team, Vienne, Autriche).