ERASE - Влияние COVID-19 на борьбу с малярией (ERASE)

1. ВВЕДЕНИЕ

1.1. Эпидемиология малярии и глобальные тенденции По оценкам, в 2020 г. в 85 эндемичных по малярии странах во всем мире был зарегистрирован 241 миллион случаев заболевания малярией, по сравнению с 227 миллионами в 2019 г., причем большая часть этого увеличения приходится на страны Африканского региона ВОЗ.

Несмотря на то, что малярия по-прежнему представляет серьезную угрозу для общественного здравоохранения, за последние двадцать лет был достигнут огромный прогресс в борьбе с малярией, что позволило предотвратить примерно 1,5 миллиарда случаев заболевания и спасти 7,6 миллиона жизней. Смертность от малярии снизилась на 60% за период с 2000 по 2019 год, особенно в Африке, где ключом к успеху стала политическая воля, подкрепленная Абуджийской декларацией 2000 года. Наряду с сильным политическим руководством эти данные указывают на потенциальную пользу в борьбе с малярией и ее профилактике, приносимую программами общественного здравоохранения. Однако, несмотря на поразительные результаты, достигнутые за последние два десятилетия, в 2020 году пандемия COVID-19 добавила серьезную проблему в борьбу с болезнью, создав серьезный риск для стран с низким и средним уровнем дохода (СНСД). Фактически, в странах к югу от Сахары, наряду с существенной опасностью, непосредственно и без того хрупкой системе здравоохранения, борьбе с малярией угрожают перебои в цепочках поставок и индивидуальная адаптация при принятии решений. Действительно, борьба с малярией в значительной степени зависит от индивидуального выбора обращения за медицинской помощью, и ранние сообщения, направленные на снижение передачи SARS-CoV2, рекомендовали людям оставаться дома в случае лихорадки. Согласно геостатистическим моделям, эти факторы могут способствовать предполагаемому увеличению, при наихудшем сценарии, 21% случаев заболевания малярией и почти двукратному увеличению смертности от малярии в ближайшие годы. Кроме того, истинное бремя COVID-19 в странах к югу от Сахары неизвестно, и, согласно исследованиям серопревалентности, оно, вероятно, в значительной степени занижено. Все эти факторы, согласно последнему Всемирному докладу ВОЗ о малярии, способствовали обращению вспять тенденции к снижению заболеваемости малярией (59 случаев на 1000 человек из группы риска в 2020 г. по сравнению с 56 в 2019 г.) в 2019 году до 602000 в 2020 году.

Другими серьезными проблемами на пути к искоренению малярии являются лекарственная устойчивость, приобретение мутаций, затрудняющих диагностику, особенно тех, которые влияют на чувствительность экспресс-тестов, доступ к лечению и поставка средств профилактики малярии, таких как обработанные инсектицидами противомоскитные сетки (ITN), остаточные Опрыскивание (IRS), химиопрофилактика сезонной малярии (SMC) и прерывистое профилактическое лечение беременных женщин (IPTp).

1.3 ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЕ ВОПРОСЫ

1. Как пандемия COVID-19 повлияла на отношение к лечению малярии и профилактике малярии среди беременных женщин в районах Оям и Коле?
2. Какова распространенность клинической резистентности к SP и артемизинину в районах Оям и Коле?
3. Как пандемия COVID-19 и устойчивость к противомалярийным препаратам повлияли на исходы, связанные с малярией, у беременных женщин?

1.4 ЦЕЛИ 1.4.1 Основная цель Общая цель исследования – оценить влияние устойчивости к противомалярийным препаратам и пандемии COVID-19 на профилактику, диагностику и лечение малярии среди беременных женщин в северной части Уганды.

1.4.2 Конкретные цели

1. Оценить влияние пандемии COVID-19 на методы профилактики малярии и борьбы с ней среди беременных женщин с точки зрения: i) доступа к дородовым наблюдениям, ii) проведения ИПТ, iii) обращения за медицинской помощью в случае лихорадки, iv) поставщика медицинских услуг соблюдение национальных и международных руководящих принципов, v) поставка и использование обработанных инсектицидами сеток и остаточного опрыскивания помещений в районах Оям и Коле на период с марта 2022 года по июнь 2023 года.
2. Оценить заболеваемость симптоматической и тяжелой малярией в исследуемой когорте в округе Оям и Коле за период с марта 2022 г. по июнь 2023 г.
3. Оценить детерминанты соблюдения режима профилактики и контроля малярии беременными женщинами в округах Оям и Коле за период с марта 2022 г. по июнь 2023 г.
4. Оценить частоту связанных с малярией неблагоприятных исходов для матери и плода (материнская анемия, материнская смертность, аборты, низкий вес при рождении, недоношенность, перинатальная смертность, плацентарная малярия) в округах Оям и Коле за период с марта 2022 г. по июнь 2023 г.
5. Оценить представления и знания об инфекции SARS-CoV2 и малярии среди беременных женщин в округах Оям и Коле за период с марта 2022 года по июнь 2023 года.
6. Оценить распространенность бессимптомной инфекции, вызванной P. falciparum, в исследуемой когорте в округе Оям и Коле за период с марта 2022 г. по июнь 2023 г.
7. Оценить статус циркулирующих гаплотипов dhfr и dhps, описав полиморфизмы в генах dhfr и dhps P. falciparum, и оценить распространенность комбинированных мутантных гаплотипов dhfr/dhps, связанных с устойчивостью к пириметамину и сульфадоксину, в исследуемой когорте и в популяции пациентов с диагнозом малярии в районе Оям и Коле за период с июня 2022 г. по май 2024 г.

8. Оценить возникновение и локальное распространение резистентности к артемизинину с помощью анализа полиморфизмов гена P. falciparum kelch 13 в исследуемой когорте и в популяции больных малярией в районах Оям и Коле за период с июня 2022 г. по май 2024 г. .

   2.0 МЕТОД И МАТЕРИАЛЫ 2.1 ДИЗАЙН ИССЛЕДОВАНИЯ: Это будет проспективное обсервационное исследование в медицинском учреждении с использованием количественных методов сбора данных. Для сбора данных будут использоваться полуструктурированные вопросники. Данные будут собираться проспективно, после когорты беременных женщин, обращающихся за дородовой помощью до родов. Кроме того, субпопуляция небеременных лиц с диагнозом малярия будет набрана для выявления резистентности. Собранные данные позволят изучить отношение к профилактике малярии во время пандемии COVID-19 с точки зрения доступа к дородовым посещениям, проведения ИПТ, поведения при обращении за медицинской помощью в случае лихорадки, использования обработанных инсектицидами сеток и остаточного опрыскивания помещений, идей и знаний об инфекции SARS-CoV2 и малярии.

   2.2 МЕСТО ИССЛЕДОВАНИЯ Исследование будет проводиться в больнице Абер и отдельных медицинских учреждениях в районах Оям и Коле, регион Ланго. И больница, и районные центры здоровья находятся в ведении НПО «Врачи Африки» CUAMM.

   Больница Св. Иоанна в Абере — это частная некоммерческая общественная больница, принадлежащая Римско-католической епархии Лиры и аккредитованная Католическим медицинским бюро Уганды. Больницей управляет религиозная община Сестер Марии, Матери Церкви. Больница рассчитана на 220 коек. Больница Абер имеет ежегодную посещаемость амбулаторных отделений 27 827 контактов, 6 800 госпитализаций с коэффициентом занятости около 40% и 1700 среднегодовых родов с частотой кесарева сечения 21%.

   Район Оям расположен в северной части Уганды. Общая численность населения составляет 366 200 человек. Он граничит с округами Гулу на севере, Кирьяндонго на юго-западе, Нвоя на западе, Апак на юге и Коле на востоке. Район состоит из 12 округов, т.е. Лоро, Минакулу, Абер, Акаба, Нгай, Айсме, Отвал, Абок, Миене, Алека, Камдини и городской совет Оям. Район Коле граничит с районом Лира на востоке, районом Апак на юге и районом Оям на западе и севере. Коле, столица округа, расположена примерно в 28 км (17 миль) по дороге к северо-западу от Лиры, крупнейшего города субрегиона. Район Коле подразделяется на следующие округа: Абоке, Акало, Алито, Айер, Бала, Окверодот, городской совет Айера.

   2.3 ПРОЦЕДУРА ОТБОРА ПРОБ И ОЦЕНКА РАЗМЕРА ВЫБОРКИ 2.3.1 Оценка размера выборки Обнаружение резистентности

   Учитывая, что:

   • ожидаемая распространенность паразитемии среди бессимптомных беременных составляет 5%
   • ожидаемая распространенность паразитемии среди беременных с лихорадкой составляет 13%
   • в 2019 г. распространенность P. falciparum, несущих полиморфизм генов, связанных с устойчивостью, составила 20% для производных артемизинина и 16% для SP.

   Для оценки доли положительных результатов на P. falciparum с абсолютной точностью 2 % при мощности 80 % и уровне значимости 5 % (двусторонний) потребуется как минимум 800 беременных женщин, с учетом 10 % потери для последующего наблюдения. Исследователям необходимо набрать 1200-1400 женщин с неизвестным паразитологическим статусом, чтобы выявить около 20 резистентностей, даже с учетом растущей тенденции.

   Чтобы поддержать достижение минимального размера выборки, исследователю необходимо набрать субпопуляцию небеременных пациентов с микроскопически подтвержденной малярией из больницы Абер. Этот дополнительный набор будет осуществляться путем последовательного набора до достижения минимального размера выборки в 300 подтвержденных микроскопически образцов, зараженных P. falciparum.

   Когорта беременных женщин Исследуемая популяция будет набрана путем последовательной выборки с 1 мая 2022 года по 30 июня 2023 года.

   2.3.2 Процедура отбора проб

   Медицинские учреждения будут отобраны путем целенаправленной выборки. Выборка будет основываться на следующих критериях:

   • лабораторный потенциал
   • присутствие опытного микроскописта
   • объем посещений дородовой помощи не менее 50 посещений в месяц
   • качество обслуживания согласно периодической оценке CUAMM

   2.3.3 Отбор участников Участники, приходящие в выбранные медицинские учреждения, отвечающие критериям приемлемости, будут включены в исследование. Последовательный набор участников будет осуществляться до тех пор, пока не будет достигнут минимальный размер выборки, необходимый для исследования.

   2.7 ПРОЦЕДУРЫ И СРОКИ ИССЛЕДОВАНИЯ

   2.7.1 Процедуры исследования Микроскопия Толстые и тонкие мазки крови будут окрашены 2% раствором Гимза и прочитаны опытными лаборантами. Плотность паразитов будет рассчитываться путем подсчета количества бесполых паразитов на 200 лейкоцитов (или на 500 лейкоцитов, если число составляет <10 бесполых паразитов/200 лейкоцитов), при условии количества лейкоцитов 8000/мкл. Мазок крови будет считаться отрицательным, если исследование в 100 полях зрения с большим увеличением не выявит бесполых паразитов. Гаметоцитемию также определяют по толстым мазкам. Тонкие мазки будут использоваться для идентификации видов паразитов.

   Молекулярная диагностика и подтверждение вида Plasmodium Образцы крови пациентов будут собираться с помощью фильтровальной бумаги (Whatman 3 MM) при поступлении в лечебное учреждение. Сухие пятна крови (DBS) будут собираться проколом пальца (три капли крови на участника) на фильтровальную бумагу, которая будет высушена и храниться в пластиковых пакетах с влагопоглотителем и храниться в коробках в прохладном сухом месте при комнатной температуре перед отправкой. переведены на МКС для молекулярной диагностики и анализа лекарственной устойчивости.

   Отправка образцов крови Собранные образцы крови будут отправлены в Италию для расширенного анализа полиморфизма. Во время транспортировки все образцы будут храниться в сухом прохладном месте при комнатной температуре в Итальянском национальном институте здравоохранения (Istituto Superiore di Sanità, ISS).

   Расширенный анализ полиморфизма Полная геномная ДНК будет извлечена из блотов на фильтре (3MM Whatman) с использованием наборов геномной ДНК PureLink-Invitrogen в соответствии с рекомендациями производителя. Идентификация паразита основана на анализе вложенной ПЦР, нацеленной на ген 18S рРНК. Ген 18S рРНК используется в качестве мишени, поскольку он содержит как высококонсервативные, так и вариабельные области для каждого вида Plasmodium. За родоспецифичной ПЦР последует ПЦР-амплификация Plasmodium видоспецифичная. Ампликоны из второй ПЦР будут разделены электрофорезом на 2% агарозном геле и окрашены бромистым этидием для визуализации с использованием ультрафиолетового просвечивания. Наличие паразитемии будет подтверждено, когда будет определен ожидаемый размер полосы, соответствующий P. falciparum, P. vivax, P. malariae и/или P. ovale.

   Оценка лекарственной устойчивости Plasmodium falciparum. Целевые гены лекарственной устойчивости P. falciparum: пропеллер Pfk13, Pfdhfr и Pfdhps. Анализ полиморфизма пропеллерного домена гена Pfk13 будет выполняться с помощью амплификации ПЦР и последующего секвенирования. Анализ гена Pfdhfr в кодонах 51, 59, 108 и гена Pfdhps в положениях кодона 436, 437, 540, 581, 613 будет выполнен посредством амплификации и последующего секвенирования по Сэнгеру. Коммерческие олигонуклеотидные пары праймеров для Pfk13 будут получены на основе опубликованной статьи Taylor et al., тогда как для анализа генов dhfr и dhps будут получены пары праймеров на основе опубликованной статьи Menegon et al. [31]. Полученные последовательности будут скомпилированы и проанализированы с помощью программного обеспечения Accelrys DS Gene. Идентификационный номер гена PlasmoDB. PF3D7_1343700 (стр. falciparum 3D7) будет использоваться в качестве эталона при нумерации позиций нуклеотидов и аминокислот. Молекулярные исследования будут проводиться только в исследовательских целях и не повлияют на клиническое ведение исследуемых пациентов.

   Для укрепления местного потенциала один лаборант из больницы Абер примет участие в двухнедельной экспозиции в референс-лаборатории в Италии.

   Временные точки исследования ВРЕМЯ ПРОЦЕДУРЫ ИССЛЕДОВАНИЯ И СБОР ДАННЫХ НАБОР (АНК ВИЗИТ) - Полная анкета, заполняемая обученным медицинским работником для сбора информации о демографических (например, возраст, район проживания), социально-экономические факторы (напр. образование, профессия), количество и исход предыдущих беременностей, дата последней менструации, владение надкроватной сеткой и ее использование, приверженность химиопрофилактике малярии, причины несоблюдения, поведение при малярии, препятствия для введения ПЛИ, использование ОИС, предполагаемое влияние COVID-19 будет введен.

   • Клиническое обследование с оценкой общего самочувствия и статуса питания женщины, а также рутинные измерения (включая вес, рост, аускультацию, кровяное давление и температуру). Срок беременности будет оцениваться, если возможно, с помощью акушерского УЗИ и, если это невозможно, с помощью осмотра органов малого таза, проводимого опытными акушерками.

   • Сбор образца крови, который будет проанализирован следующим образом:

     • Диагностический тест на малярию с микроскопией и, при положительном результате, подсчетом паразитов. Положительные образцы будут отправлены на МКС. Молекулярная диагностика будет проводиться для подтверждения результатов микроскопии и выявления различий между видами Plasmodium. Положительные образцы Plasmodium falciparum будут проанализированы на предмет обнаружения однонуклеотидных полиморфизмов в генах P. falciparum, связанных с устойчивостью к артемизинину и SP. Женщин с диагнозом малярия будут лечить и наблюдать в соответствии с Клиническими рекомендациями Уганды, а паразитемию будут повторно оценивать на 3-й день.
     • Диагностический тест на ВИЧ.
     • Уровни гемоглобина. Все женщины, у которых при включении в исследование будет обнаружен ВИЧ+, будут направлены на дальнейшее обследование и лечение.

   ВИЗИТЫ АНК

   • Физикальное обследование
   • Последующее обследование, изучение лихорадки в анамнезе, отношение к профилактике малярии (соблюдение ИПТп, использование ОИС) и возможные препятствия при обращении за медицинской помощью из-за пандемии COVID-19.
   • Диагностический тест на малярию с микроскопией и, при положительном результате, подсчетом паразитов. Положительные образцы будут отправлены на МКС. Молекулярная диагностика будет проводиться для подтверждения результатов микроскопии и выявления различий между видами Plasmodium. Plasmodium falciparum Положительные образцы будут проанализированы на предмет обнаружения однонуклеотидных полиморфизмов в генах P. falciparum, связанных с устойчивостью к артемизинину и SP. Женщин с диагнозом малярия будут лечить и наблюдать в соответствии с Клиническими рекомендациями Уганды, а паразитемию будут повторно оценивать на 3-й день.

   ЛЮБЫЕ СПОНТАННЫЕ ПОСЕЩЕНИЯ БОЛЬНИЦЫ, СВЯЗАННЫЕ С БЕРЕМЕННОСТЬЮ И/ИЛИ МАЛЯРИЕЙ

   • стандартизированная история
   • медицинский осмотр, включая измерение температуры, пульса и артериального давления.
   • У участников с лихорадкой (температура барабанной перепонки > 38,0°C) или сообщающих о лихорадке в течение последних 24 часов будет взята кровь из пальца для получения толстого мазка крови. Если толстый мазок крови положителен, у пациента будет диагностирована малярия. Если густой мазок крови отрицательный, пациент будет находиться под наблюдением врачей-исследователей по поводу немалярийного фебрильного заболевания. Если у пациента нет лихорадки и он не сообщает о недавней лихорадке, толстый мазок крови не будет получен, за исключением случаев, когда выполняются обычные графики тестирования.
   • У пациентов с положительным результатом микроскопии на P. falciparum первый образец крови перед терапией, собранный в виде DBS, будет отправлен для подтверждения молекулярного диагноза и для генетического анализа противомалярийной устойчивости к ISS. Кроме того, у этих пациентов паразитемия будет повторно оценена на 3-й день в соответствии с протоколом ВОЗ.
   • В этот момент будет осуществляться набор субпопуляции небеременных особей.

   ДОСТАВКА

   • Информация о доставке: исследовательский персонал документирует детали родов, включая дату и время, тип родов, предполагаемую кровопотерю и любые материнские, акушерские или неонатальные осложнения.
   • Исход плода.
   • Информация о младенцах: оценка по шкале Апгар и масса тела при рождении на калиброванных весах. Во время родов женщины будут проходить повторное экспресс-тестирование на ВИЧ в соответствии с национальными рекомендациями. Если выяснится, что женщина заразилась ВИЧ во время беременности, и мать, и ее новорожденный будут исключены из исследования и немедленно направлены на лечение в соответствии с местными рекомендациями по профилактике передачи инфекции от матери ребенку.

   2.8 СБОР ДАННЫХ И УПРАВЛЕНИЕ 2.8.1 Инструменты сбора данных Данные будут собираться с помощью полуструктурированных опросников и управляться с помощью инструментов электронного сбора данных REDCap, размещенных в «Католическом университете Святого Сердца», Рим, Италия, REDCap (Research Electronic Data Capture) — это безопасная программная веб-платформа, предназначенная для поддержки сбора данных для научных исследований, обеспечивающая 1) интуитивно понятный интерфейс для проверенного сбора данных; 2) контрольные журналы для отслеживания манипулирования данными и процедур экспорта; 3) автоматизированные процедуры экспорта для бесшовной загрузки данных в общие статистические пакеты; и 4) процедуры интеграции данных и взаимодействия с внешними источниками.

   2.8.2 Управление данными об устойчивости к противомалярийным препаратам Данные будут записаны в стандартные формы сбора данных исследования и будут проверены на предмет точности и полноты. После разрешения ошибок формы данных/отсутствующих значений форма будет готова для ввода данных. Полученные результаты будут занесены в базу данных. Будет разработана база данных для ввода данных и управления данными исследования. База данных будет создана с помощью стандартного пакета программного обеспечения для управления данными, такого как Microsoft Access. Будет создан файл для каждой учебной формы. В результате анализа секвенированных образцов будет создан ряд стандартизированных отчетов: отдельные листы данных в формате Excel и карты для связанных SNP с лекарственной устойчивостью и всех других SNP (экзоновых и интронных). Кроме того, будут сгенерированы файлы в формате отдельных выборочных вызовов (VCF).

   2.8.3 Меры по смягчению последствий COVID-19:

   Исследователи знают, что риск заражения COVID-19 будет сохраняться на протяжении большей части исследования. Все процедуры исследования, включая сбор данных и управление ими, будут осуществляться с учетом этого понимания, и будут соблюдаться следующие меры по снижению риска COVID-19:

   • Весь исследовательский персонал будет ознакомлен со стандартными операционными процедурами (СОП) COVID-19, сообщенными Министерством здравоохранения (МЗ).
   • На ознакомительных встречах будет следовать рекомендованное Минздравом количество участников в соответствии с протоколами профилактики COVID-19.
   • Исследователи должны регулярно использовать платформу Zoom для онлайн-встреч, чтобы обновлять информацию о ходе исследования в исследовательских центрах.
   • Персоналу исследования и участникам будут предоставлены средства индивидуальной защиты от COVID-19 (маска, дезинфицирующие средства для рук и мыло для мытья рук) для использования при проведении исследовательской деятельности.
   • Протоколы профилактики COVID-19 будут опубликованы, представлены и будут соблюдаться во всех областях исследовательской деятельности, и внимание участников будет обращено на эти протоколы в рамках вводной коммуникации, а также для обеспечения постоянного доступа к основным услугам.
   • Всем сотрудникам и участникам исследования будет предоставлена ​​адекватная информация, и им будет рекомендовано сделать прививку от COVID-19 в соответствии с рекомендациями Минздрава.

   2.11 ЭТИЧЕСКИЕ СООБРАЖЕНИЯ Протокол исследования будет представлен на утверждение комитету по этике исследований больницы Lacor и Национальному совету по науке и технологиям Уганды (UNCST). Беременных женщин попросят дать письменное информированное согласие на участие в исследовании. Мы будем администрировать согласие на двух уровнях; сначала мы назначаем и получаем согласие на участие в исследовании, а затем согласие на сбор и транспортировку образцов крови в Италию. Собранные образцы крови будут использоваться только для целей данного исследования и не будут храниться вне текущего исследовательского проекта. Все необработанные образцы крови будут уничтожены из отделения инфекционных заболеваний Университета Бари-Италия как биологические санитарные отходы по окончании проекта. Один и тот же стандарт ухода будет гарантирован всем беременным женщинам, независимо от их участия. Исследователи гарантируют достоинство участников исследования, а также конфиденциальность данных и право отозвать данные и/или биологические образцы в любое время. Согласие беременных женщин, а также совершеннолетних и эмансипированных несовершеннолетних будет получено в соответствии с Руководящими принципами Уганды по защите прав человека.

   Для всех положительных на малярию образцов, обработанных для молекулярного анализа в настоящем исследовании, идентифицирующая информация будет удалена, чтобы обеспечить надлежащую защиту медицинской конфиденциальности и конфиденциальности. Таким образом, конфиденциальные данные не могут быть связаны или повторно связаны с идентифицируемыми человеческими субъектами, что делает каждый обрабатываемый образец анонимным.

   Анализ полиморфизма пропеллерного домена гена Pfk13 будет выполняться с помощью передовых методов амплификации и последующего секвенирования по Сэнгеру в узкоспециализированной научной лаборатории. Образцы крови, собранные в ходе этого исследования, будут отправлены в лабораторию Университета Бари в Италии, чтобы получить доступ к новейшим методам амплификации гена Pfk13. В целях укрепления местного потенциала одному сотруднику лаборатории из больницы Абер будет оказана поддержка в двухнедельной экспозиции в референс-лаборатории в Италии. Италия. Запрос на передачу образцов крови будет сделан в письменном виде исполнительному секретарю UNCST. Это будет сопровождаться соглашением о передаче материалов (MTA) между больницей Папы Иоанна в Абере (передающая сторона), Doctors with Africa CUAMM (партнер по исследованию) и кафедрой инфекционных болезней Университета Бари (получатель). Точная спецификация условий передачи и утвержденный протокол исследования также будут представлены в UNCST вместе с запросом на передачу образцов крови.