Выделение бесклеточной фетальной ДНК из отработанной культуральной среды и ее потенциальная роль для преимплантационной генетической диагностики (ПГД).

Неинвазивность является общей темой для медицинских специальностей 21 века. В акушерстве неинвазивное пренатальное тестирование спровоцировало сдвиг парадигмы в пренатальной клинической практике за счет секвенирования внеклеточной ДНК плода (вкДНК) в плазме матери. Однако современная практика преимплантационного генетического тестирования на анеуплоидию (PGT-A) требует биопсии трофэктодермы, что влечет за собой технические проблемы и проблемы жизнеспособности эмбриона. Возможность преодоления этих проблем появилась на горизонте в последние годы с открытием того, что вкДНК, выделяемая эмбрионом в культуральную среду на последних стадиях развития, предлагает новую стратегию генетической оценки предимплантационного эмбриона.

В нашем исследовании оценивается возможность выделения бесклеточной ДНК плода (вкДНК) из культуральной среды и сравнение результатов с образцами ТЕ-биопсии от тех же пациентов, которые прошли цикл стимуляции ЭКО с интрацитоплазматической инъекцией спермы в больнице Аль-Шарк в период с марта 2022 года по апрель. 2023. В течение периода исследования все эмбрионы культивировались до стадии бластоцисты. Всем включенным пациентам была проведена ниПГД для определения пола с использованием отработанной питательной среды, а также стандартная ПГД с биопсией TE с использованием метода полимеразной цепной реакции для гена SRY. Эмбрионы индивидуально культивировались в каплях среды объемом 30 мл, и развитие эмбрионов прогрессировало с использованием последовательных культуральных сред, что соответствует обычной лабораторной практике. Для анализа niPGD культуральную среду на стадии бластоцисты собирали на 5-й день (10-20 мкл) непосредственно перед проведением ТЕ-биопсии. Только эмбрионы, достигшие 1-й степени (фрагментация менее 15%), считались подходящими для биопсии и витрификации. Образцы культуральной среды эмбрионов подвергались полногеномной амплификации (WGA) с использованием набора DOPlify® WGA (PerkinElmer) для получения репрезентативной амплификации тотальной ДНК из отработанной культуральной среды. WGA на основе DOP-PCR воспроизводимо амплифицирует общую ДНК с получением микрограммов амплифицированной и очищенной геномной ДНК менее чем за 3 часа. Мы стремимся оценить степень соответствия между результатами биопсии трофэктодермы и вкДНК, собранной из отработанной среды, с использованием оптимизированного протокола для получения адекватного количества и качества геномной ДНК. Эта интересная работа является важной попыткой установить осуществимость нового неинвазивного подхода, который может стать надежной альтернативой для оценки хромосомных аномалий культивированных in vitro эмбрионов, что приведет к рождению живого и здорового ребенка.

Позже мы проведем обнаружение гена SRY для определения пола с помощью полимеразной цепной реакции на бесклеточной ДНК плода, выделенной из образцов отработанной среды, и сравним наши результаты с результатами по туберкулезу.