DNA-enkelnukleotidpolymorfismer som prediktorer för toxicitet

Majoriteten av äggstockscancerpatienter behandlas med en kombination av platina- och taxanbaserad kemoterapi. Medan den initiala svarsfrekvensen är hög (>90 %), upplever vissa patienter allvarliga biverkningar som kan leda till att behandlingen avbryts. Men både GOG och paklitaxel bipacksedeln innehåller behandlingsriktlinjer som innebär en minskad dosregim om biverkningar påträffas [1, 2]. Den kliniska valideringen av de genetiska skillnaderna i dessa gener som biomarkörer för allvarliga biverkningar skulle göra det möjligt för den behandlande läkaren att ändra doseringen, vilket ökar den tid som en patient kan stanna kvar på läkemedlet samtidigt som biverkningar och onödig sjuklighet minskar.

En annan klinisk användbarhet av dessa genetiska skillnader i vård av patienter med äggstockscancer är identifieringen av vilka patienter som kanske inte har nytta av intraperitoneal (IP) kemoterapi eller dos tät kemoterapi. Även om IP-kemoterapi har visat sig förbättra patientens resultat, är biverkningarna mycket vanligare och allvarligare på grund av den höga dosen [3]. Att testa patienterna före behandling för prediktiva genotyper kan påverka en läkares beslut att avstå från IP-kemoterapi till förmån för standard intravenös tillförsel. Dos tät kemoterapi har visat förbättringar i resultat men också vissa ökningar av biverkningar [4, 5]. I båda behandlingsregimerna kan förmågan att stratifiera patienter baserat på riskerna för toxicitet i samband med behandling leda till en större fördel med IP eller dos tät behandling samtidigt som biverkningar och associerade hälsovårdskostnader minimeras.

Tidigare studier i äggstockscancer har visat att uttryck av proteinerna ERCC1, GST och p53 kan påverka svaret på platinabaserade terapier hos äggstockscancerpatienter [6-13]. När SNPs i generna som kodar för dessa proteiner utvärderades gjordes en korrelation till AE som svar på platinabaserade terapier [14, 15]. Mutationer som påverkade aktiviteten av ERCC1 var associerade med nefrotoxicitet. Mutationer i GST-familjemedlemmar associerades med neutropeni (GSTA1), neuropati (GSTM3 och GSTP1), eller anemi och trombocytopeni (GSTM3). Mutationer i p53 var associerade med neutropeni. I dessa studier visade sig mutationer i XPD och XRCC1 också vara prediktiva för neutropeni (både XPD och XRCC1) och anemi (endast XPD). Mer nyligen har en studie gjord av Scottish Gynecological Clinical Trials Group identifierat SNP:er i BCL2, nuvarande versionsdatum: 04/01/15 Tidigare version Datum: N/A, initial version Sida 6 av 23 OPRM1 SOX10 och TRPV1 som var associerade med neurotoxicitet [16]. Både det individuella och det kombinerade värdet av dessa biomarkörer behöver bedömas.

Granskning av studier gjorda i andra tumörtyper har identifierat SNPs associerade med toxiciteter som också kan vara tillämpliga vid äggstockscancer. Vid bröstcancer har SNP i generna CYP2C8, CYP17A1 och ABCG1 associerats med en ökad risk för grad 2+ perifer neuropati hos patienter som behandlats med taxanbaserade terapier. [17, 18]. En annan SNP i CYP17A1 (rs619824) har också tidigare rapporterats vara associerad med bortezomib-inducerad neuropati hos patienter med multipelt myelom, vilket potentiellt stöder rollen av detta protein i uppkomsten av neuropati [19]. Eftersom dessa SNP är skillnader i könslinje, finns det anledning att tro att de kan vara värdefulla biomarkörer även vid äggstockscancer. Vid multipelt myelom har det föreslagits att identifiering och närmare övervakning av patienter med risk för neuropati kan vara fördelaktigt [20]. En liknande strategi skulle kunna användas med äggstockscancerpatienter för att minska allvarliga toxiciteter som leder till att ett effektivt läkemedel avbryts.

Detekteringen av dessa polymorfismer med QPCR har bekräftats genom direkt sekvensering av cellinjer och tumörvävnad. Protokollet har testats i vårt forskningslabb och har validerats i vårt CLIA-reglerade labb för både formalinfixerade paraffininbäddade prover och blod. I korthet renas DNA över en spinnkolonn, kvantifieras och blandas med en specifik SNP-analys och Master Mix (Life Technologies). Resultaten analyserades i Life Technologies TaqMan Genotyper version 1.3 för att fastställa genotyp. SNP:erna detekterades i blodprover som samlats in från äggstockscancerpatienter och FFPE-äggstockscancerprover med liknande frekvenser som rapporterats i artiklarna som refereras till ovan. SNP från andra tumörtyper detekterades i samma blodprov från äggstockscancerpatienter eller FFPE äggstockscancerprover samt i blod och FFPE-prover från endometriecancerpatienter.