DNA-enkeltnukleotidpolymorfier som forudsigere for toksicitet

Størstedelen af ​​ovariecancerpatienter behandles med en kombination af platin- og taxanbaseret kemoterapi. Mens den initiale responsrate er høj (>90 %), oplever nogle patienter alvorlige bivirkninger, som kan føre til seponering af behandlingen. Imidlertid indeholder både GOG og paclitaxel indlægssedlen behandlingsvejledninger, der involverer et reduceret dosisregime, hvis der opstår bivirkninger [1, 2]. Den kliniske validering af de genetiske forskelle i disse gener som biomarkører for alvorlige AE'er ville gøre det muligt for den behandlende læge at ændre doseringen og dermed øge den tid, en patient kunne forblive på lægemidlet, samtidig med at bivirkninger og unødvendig morbiditet mindskes.

En anden klinisk nytte af disse genetiske forskelle i ovariecancerpatientbehandling er i identifikation af, hvilke patienter der muligvis ikke har gavn af intraperitoneal (IP) kemoterapi eller dosistæt kemoterapi. Mens IP-kemoterapi har vist sig at forbedre patientresultatet, er bivirkningerne meget hyppigere og mere alvorlige på grund af den høje dosis [3]. Test af patienterne før behandling for prædiktive genotyper kan have betydning for en læges beslutning om at give afkald på IP-kemoterapi til fordel for standard intravenøs levering. Dosis tæt kemoterapi har vist forbedringer i resultatet, men også nogle stigninger i bivirkninger [4, 5]. I begge behandlingsregimer kan evnen til at stratificere patienter baseret på risikoen for toksicitet forbundet med behandling føre til en større fordel ved IP eller dosistæt terapi, samtidig med at bivirkninger og tilknyttede sundhedsomkostninger minimeres.

Tidligere undersøgelser i ovariecancer har vist, at ekspression af proteinerne ERCC1, GST og p53 kan påvirke responsen på platinbaserede terapier hos ovariecancerpatienter [6-13]. Når SNP'er i generne, der koder for disse proteiner, blev evalueret, blev der lavet en korrelation til AE'er som respons på platinbaserede terapier [14, 15]. Mutationer, der påvirkede aktiviteten af ​​ERCC1, var forbundet med nefrotoksicitet. Mutationer i GST-familiemedlemmer var forbundet med neutropeni (GSTA1), neuropati (GSTM3 og GSTP1) eller anæmi og trombocytopeni (GSTM3). Mutationer i p53 var forbundet med neutropeni. I disse undersøgelser blev mutationer i XPD og XRCC1 også fundet at være prædiktive for neutropeni (både XPD og XRCC1) og anæmi (kun XPD). For nylig identificerede en undersøgelse udført af Scottish Gynecological Clinical Trials Group SNP'er i BCL2, nuværende versionsdato: 04/01/15 Forrige version Dato: N/A, oprindelig version Side 6 af 23 OPRM1 SOX10 og TRPV1, der var forbundet med neurotoksicitet [16]. Både den individuelle og kombinerede værdi af disse biomarkører skal vurderes.

Gennemgang af undersøgelser udført i andre tumortyper har identificeret SNP'er forbundet med toksiciteter, som også kan være anvendelige ved ovariecancer. Ved brystkræft er SNP'er i CYP2C8-, CYP17A1- og ABCG1-generne blevet forbundet med en øget risiko for grad 2+ perifer neuropati hos patienter behandlet med taxan-baserede terapier. [17, 18]. En anden SNP i CYP17A1 (rs619824) er også tidligere blevet rapporteret at være forbundet med bortezomib-induceret neuropati hos patienter med myelomatose, hvilket potentielt understøtter dette proteins rolle i starten af ​​neuropati [19]. Da disse SNP'er er kimlinjeforskelle, er der grund til at tro, at de også kan være værdifulde biomarkører i æggestokkræft. Ved myelomatose er det blevet foreslået, at identifikation og tættere overvågning af patienter med risiko for neuropati kunne være gavnligt [20]. En lignende strategi kunne bruges med ovariecancerpatienter for at reducere alvorlig toksicitet, der resulterer i seponering af et effektivt lægemiddel.

Påvisningen af ​​disse polymorfismer ved QPCR er blevet bekræftet ved direkte sekventering af cellelinjer og tumorvæv. Protokollen er blevet testet i vores forskningslaboratorium og er blevet valideret i vores CLIA-regulerede laboratorium for både formalinfikserede paraffinindlejrede prøver og blod. Kort fortalt oprenses DNA over en spin-søjle, kvantificeres og blandes med et specifikt SNP-assay og Master Mix (Life Technologies). Resultaterne blev analyseret i Life Technologies TaqMan Genotyper softwareversion 1.3 for at bestemme genotype. SNP'erne blev detekteret i blodprøver indsamlet fra ovariecancerpatienter og FFPE ovariecancerprøver med lignende frekvenser som rapporteret i ovennævnte papirer. SNP'er fra andre tumortyper blev påvist i de samme blodprøver fra ovariecancerpatienter eller FFPE ovariecancerprøver såvel som i blod- og FFPE-prøver fra endometriecancerpatienter.