DNA enkeltnukleotidpolymorfismer som prediktorer for toksisitet

Flertallet av eggstokkreftpasienter behandles med en kombinasjon av platina- og taxanbasert kjemoterapi. Mens den første responsraten er høy (>90 %), opplever noen pasienter alvorlige bivirkninger som kan føre til seponering av behandlingen. Imidlertid inkluderer både GOG og paklitaxel pakningsvedlegget behandlingsretningslinjer som involverer et redusert doseregime dersom AE-er oppstår [1, 2]. Den kliniske valideringen av de genetiske forskjellene i disse genene som biomarkører for alvorlige AE vil tillate behandlende lege å endre doseringen, og dermed øke tiden en pasient kan forbli på stoffet samtidig som det reduserer bivirkninger og unødvendig sykelighet.

En annen klinisk nytte av disse genetiske forskjellene i pasientbehandling med eggstokkreft er å identifisere hvilke pasienter som kanskje ikke har nytte av intraperitoneal (IP) kjemoterapi eller dosetett kjemoterapi. Mens IP-kjemoterapi har vist seg å forbedre pasientresultatet, er bivirkningene mye hyppigere og mer alvorlige på grunn av den høye dosen [3]. Testing av pasientene før behandling for prediktive genotyper kan ha betydning for en leges beslutning om å gi avkall på IP-kjemoterapi til fordel for standard intravenøs levering. Dose tett kjemoterapi har vist forbedringer i resultat, men også noen økninger i bivirkninger [4, 5]. I begge behandlingsregimene kan evnen til å stratifisere pasienter basert på risikoen for toksisitet forbundet med behandling føre til en større fordel med IP eller dosetett behandling samtidig som bivirkninger og tilhørende helsekostnader minimeres.

Tidligere studier i eggstokkreft har vist at ekspresjon av proteinene ERCC1, GST og p53 kan påvirke responsen på platinabaserte terapier hos eggstokkreftpasienter [6-13]. Når SNP-er i genene som koder for disse proteinene ble evaluert, ble det laget en korrelasjon til AE som respons på platinabaserte terapier [14, 15]. Mutasjoner som påvirket aktiviteten til ERCC1 var assosiert med nefrotoksisitet. Mutasjoner i GST-familiemedlemmer var assosiert med nøytropeni (GSTA1), nevropati (GSTM3 og GSTP1), eller anemi og trombocytopeni (GSTM3). Mutasjoner i p53 var assosiert med nøytropeni. I disse studiene ble mutasjoner i XPD og XRCC1 også funnet å være prediktive for nøytropeni (både XPD og XRCC1) og anemi (kun XPD). Nylig identifiserte en studie utført av Scottish Gynecological Clinical Trials Group SNP-er i BCL2, gjeldende versjonsdato: 04/01/15 Forrige versjon Dato: N/A, første versjon Side 6 av 23 OPRM1 SOX10 og TRPV1 som var assosiert med nevrotoksisitet [16]. Både den individuelle og den kombinerte verdien av disse biomarkørene må vurderes.

Gjennomgang av studier utført i andre tumortyper har identifisert SNP-er assosiert med toksisiteter som også kan være aktuelt ved eggstokkreft. Ved brystkreft har SNP-er i CYP2C8-, CYP17A1- og ABCG1-genene blitt assosiert med økt risiko for grad 2+ perifer nevropati hos pasienter behandlet med taxanbaserte terapier. [17, 18]. En annen SNP i CYP17A1 (rs619824) har også tidligere blitt rapportert å være assosiert med bortezomib-indusert nevropati hos pasienter med myelomatose, noe som potensielt støtter rollen til dette proteinet i begynnelsen av nevropati [19]. Siden disse SNP-ene er kimlinjeforskjeller, er det grunn til å tro at de også kan være verdifulle biomarkører ved eggstokkreft. Ved multippelt myelom har det blitt antydet at identifisering og tettere overvåking av pasienter med risiko for nevropati kan være fordelaktig [20]. En lignende strategi kan brukes med eggstokkreftpasienter for å redusere alvorlig toksisitet som resulterer i seponering av et effektivt medikament.

Påvisningen av disse polymorfismene ved QPCR har blitt bekreftet ved direkte sekvensering av cellelinjer og tumorvev. Protokollen har blitt testet i vårt forskningslaboratorium og har blitt validert i vårt CLIA-regulerte laboratorium for både formalinfikserte parafininnstøpte prøver og blod. Kort fortalt renses DNA over en spinnkolonne, kvantifiseres og blandes med en spesifikk SNP-analyse og Master Mix (Life Technologies). Resultatene ble analysert i Life Technologies TaqMan Genotyper programvareversjon 1.3 for å bestemme genotype. SNP-ene ble påvist i blodprøver samlet fra eggstokkreftpasienter og FFPE-ovariekreftprøver med lignende frekvenser som rapportert i avisene referert til ovenfor. SNP-er fra andre tumortyper ble påvist i de samme blodprøvene fra eggstokkreftpasienter eller FFPE-ovariekreftprøver, samt i blod- og FFPE-prøver fra endometriekreftpasienter.