DNA:n yhden nukleotidin polymorfismit toksisuuden ennustajina

Suurin osa munasarjasyöpäpotilaista hoidetaan platina- ja taksaanipohjaisen kemoterapian yhdistelmällä. Vaikka alkuvaste on korkea (> 90 %), joillakin potilailla esiintyy vakavia haittavaikutuksia, jotka voivat johtaa hoidon keskeyttämiseen. Sekä GOG että paklitakselin pakkausseloste sisältävät kuitenkin hoito-ohjeita, jotka sisältävät pienennetyn annoksen, jos haittavaikutuksia havaitaan [1, 2]. Näiden geenien geneettisten erojen kliininen validointi vakavien haittavaikutusten biomarkkereina antaisi hoitavan lääkärin mahdollisuuden muuttaa annostusta, mikä pidentäisi aikaa, jonka potilas voisi olla lääkkeellä, samalla kun sivuvaikutuksia ja tarpeetonta sairastuvuutta vähennetään.

Toinen näiden geneettisten erojen kliininen käyttö munasarjasyöpäpotilaiden hoidossa on sen tunnistaminen, mitkä potilaat eivät ehkä hyödy intraperitoneaalisesta (IP) kemoterapiasta tai annostiheästä kemoterapiasta. Vaikka IP-kemoterapian on osoitettu parantavan potilastulosta, sivuvaikutukset ovat paljon yleisempiä ja vakavampia suuren annoksen vuoksi [3]. Potilaiden testaus ennen hoitoa ennustavien genotyyppien varalta saattaa vaikuttaa lääkärin päätökseen luopua IP-kemoterapiasta tavallisen suonensisäisen annostelun hyväksi. Tiheän annoksen kemoterapia on osoittanut parannuksia tuloksissa, mutta myös sivuvaikutusten lisääntyessä [4, 5]. Molemmissa hoito-ohjelmissa kyky jakaa potilaat hoitoon liittyvien toksisuusriskien perusteella voi johtaa suurempaan hyötyyn IP- tai annostiheästä hoidosta samalla, kun sivuvaikutukset ja niihin liittyvät terveydenhuoltokustannukset minimoidaan.

Aiemmat munasarjasyövän tutkimukset ovat osoittaneet, että proteiinien ERCC1, GST ja p53 ilmentyminen voi vaikuttaa vasteeseen platinapohjaisiin hoitoihin munasarjasyöpäpotilailla [6-13]. Kun näitä proteiineja koodaavien geenien SNP:itä arvioitiin, tehtiin korrelaatio AE:iden kanssa vasteena platinapohjaisille hoidoille [14, 15]. Mutaatiot, jotka vaikuttivat ERCC1:n aktiivisuuteen, liittyivät munuaistoksisuuteen. GST-perheen jäsenten mutaatiot liittyivät neutropeniaan (GSTA1), neuropatiaan (GSTM3 ja GSTP1) tai anemiaan ja trombosytopeniaan (GSTM3). Mutaatiot p53:ssa liittyivät neutropeniaan. Näissä tutkimuksissa XPD:n ja XRCC1:n mutaatioiden havaittiin myös ennustavan neutropeniaa (sekä XPD että XRCC1) ja anemiaa (vain XPD). Äskettäin Scottish Gynecological Clinical Trials Groupin tekemä tutkimus tunnisti SNP:t BCL2:ssa, Nykyinen versio: 04/01/15 Edellinen versio Päiväys: N/A, Alkuperäinen versio Sivu 6/23 OPRM1 SOX10 ja TRPV1, jotka liittyivät neurotoksisuuteen [16]. Näiden biomarkkerien yksilöllinen ja yhdistetty arvo on arvioitava.

Muilla kasvaintyypeillä tehtyjen tutkimusten tarkastelu on tunnistanut SNP:t, jotka liittyvät toksisuuksiin, joita voidaan soveltaa myös munasarjasyöpään. Rintasyövässä CYP2C8-, CYP17A1- ja ABCG1-geenien SNP:t on yhdistetty lisääntyneeseen asteen 2+ perifeerisen neuropatian riskiin potilailla, joita hoidetaan taksaanipohjaisilla hoidoilla. [17, 18]. Erilaisen CYP17A1:n SNP:n (rs619824) on myös aiemmin raportoitu liittyvän bortetsomibin aiheuttamaan neuropatiaan multippeli myeloomapotilailla, mikä mahdollisesti tukee tämän proteiinin roolia neuropatian puhkeamisessa [19]. Koska nämä SNP:t ovat sukusolujen eroja, on syytä uskoa, että ne voivat olla arvokkaita biomarkkereita myös munasarjasyövässä. Multippelin myelooman kohdalla on ehdotettu, että neuropatian riskissä olevien potilaiden tunnistaminen ja tarkempi seuranta voisi olla hyödyllistä [20]. Samanlaista strategiaa voitaisiin käyttää munasarjasyöpäpotilaiden kanssa vähentämään vakavia toksisuuksia, jotka johtavat tehokkaan lääkkeen lopettamiseen.

Näiden polymorfismien havaitseminen QPCR:llä on vahvistettu suoralla solulinjojen ja kasvainkudoksen sekvensoinnilla. Protokolla on testattu tutkimuslaboratoriossamme ja validoitu CLIA:n sääntelemässä laboratoriossa sekä formaliinikiinteälle parafiiniin upotetuille näytteille että verelle. Lyhyesti sanottuna DNA puhdistetaan spin-pylväässä, kvantitoidaan ja sekoitetaan spesifisen SNP-määrityksen ja Master Mixin (Life Technologies) kanssa. Tulokset analysoitiin Life Technologies TaqMan Genotyper -ohjelmistoversiossa 1.3 genotyypin määrittämiseksi. SNP:t havaittiin verinäytteistä, jotka oli kerätty munasarjasyöpäpotilailta ja FFPE-munasarjasyöpänäytteistä, joilla oli samanlainen esiintymistiheys kuin edellä viitatuissa papereissa. Muiden kasvaintyyppien SNP:t havaittiin samoissa verinäytteissä munasarjasyöpäpotilaista tai FFPE-munasarjasyöpänäytteistä sekä verinäytteistä ja FFPE-näytteistä endometriumisyöpäpotilailta.