Jednonukleotidové polymorfismy DNA jako prediktory toxicity

Většina pacientek s rakovinou vaječníků je léčena kombinací chemoterapie na bázi platiny a taxanu. Zatímco míra počáteční odpovědi je vysoká (> 90 %), u některých pacientů se vyskytnou závažné AE, které mohou vést k přerušení léčby. Jak GOG, tak příbalový leták paclitaxelu však obsahují pokyny pro léčbu, které zahrnují režim se sníženým dávkováním, pokud se objeví AE [1, 2]. Klinická validace genetických rozdílů v těchto genech jako biomarkerů závažných AE by ošetřujícímu lékaři umožnila změnit dávkování, čímž by se prodloužila doba, po kterou by pacient mohl zůstat na léku, a zároveň by se snížily vedlejší účinky a zbytečná morbidita.

Další klinická užitečnost těchto genetických rozdílů v péči o pacienty s rakovinou vaječníků je v identifikaci, které pacientky nemusí mít prospěch z intraperitoneální (IP) chemoterapie nebo dávkově denzní chemoterapie. I když bylo prokázáno, že IP chemoterapie zlepšuje výsledky pacientů, nežádoucí účinky jsou mnohem častější a závažnější kvůli vysoké dávce [3]. Testování pacientů před léčbou na prediktivní genotypy může ovlivnit rozhodnutí lékaře vzdát se IP chemoterapie ve prospěch standardního intravenózního podání. Dávkovaná chemoterapie prokázala zlepšení výsledků, ale také určité zvýšení nežádoucích účinků [4, 5]. V obou režimech terapie může schopnost stratifikovat pacienty na základě rizik toxicit spojených s léčbou vést k většímu přínosu IP nebo dávkově denzní terapie při minimalizaci vedlejších účinků a souvisejících nákladů na zdravotní péči.

Předchozí studie u rakoviny vaječníků ukázaly, že exprese proteinů ERCC1, GST a p53 může ovlivnit odpověď na léčbu na bázi platiny u pacientek s rakovinou vaječníků [6–13]. Když byly vyhodnoceny SNP v genech, které kódují tyto proteiny, byla provedena korelace s AE v reakci na terapie na bázi platiny [14, 15]. Mutace, které ovlivnily aktivitu ERCC1, byly spojeny s nefrotoxicitou. Mutace u členů rodiny GST byly spojeny s neutropenií (GSTA1), neuropatií (GSTM3 a GSTP1) nebo anémií a trombocytopenií (GSTM3). Mutace v p53 byly spojeny s neutropenií. V těchto studiích bylo zjištěno, že mutace v XPD a XRCC1 také predikují neutropenii (jak XPD, tak XRCC1) a anémii (pouze XPD). Nedávno studie provedená skupinou Scottish Gynecological Clinical Trials Group identifikovala SNP v BCL2, Datum aktuální verze: 04/01/15 Datum předchozí verze: N/A, Původní verze Strana 6 z 23 OPRM1 SOX10 a TRPV1, které byly spojeny s neurotoxicitou [16]. Je třeba posoudit jak individuální, tak kombinovanou hodnotu těchto biomarkerů.

Přezkum studií provedených u jiných typů nádorů identifikoval SNP spojené s toxicitou, která může být také použitelná u rakoviny vaječníků. U rakoviny prsu byly SNP v genech CYP2C8, CYP17A1 a ABCG1 spojeny se zvýšeným rizikem periferní neuropatie stupně 2+ u pacientů léčených terapiemi založenými na taxanech. [17, 18]. Již dříve bylo také popsáno, že odlišný SNP v CYP17A1 (rs619824) je spojen s neuropatií indukovanou bortezomibem u pacientů s mnohočetným myelomem, což potenciálně podporuje úlohu tohoto proteinu při nástupu neuropatie [19]. Protože tyto SNP jsou rozdíly v zárodečné linii, existuje důvod se domnívat, že mohou být cennými biomarkery také u rakoviny vaječníků. U mnohočetného myelomu bylo navrženo, že identifikace a bližší sledování pacientů s rizikem neuropatie by mohly být přínosné [20]. Podobná strategie by mohla být použita u pacientek s rakovinou vaječníků ke snížení závažné toxicity, která vede k vysazení účinného léku.

Detekce těchto polymorfismů pomocí QPCR byla potvrzena přímým sekvenováním buněčných linií a nádorové tkáně. Protokol byl testován v naší výzkumné laboratoři a byl validován v naší laboratoři regulované CLIA jak pro vzorky zalité ve formalínu fixovaném v parafínu, tak pro krev. Stručně řečeno, DNA je purifikována na rotační koloně, kvantifikována a smíchána se specifickým testem SNP a Master Mix (Life Technologies). Výsledky byly analyzovány v softwaru Life Technologies TaqMan Genotyper verze 1.3 pro určení genotypu. SNP byly detekovány ve vzorcích krve odebraných pacientkám s rakovinou vaječníků a ve vzorcích FFPE rakoviny vaječníků s podobnými frekvencemi, jak je uvedeno ve výše uvedených dokumentech. SNP z jiných typů nádorů byly detekovány ve stejných krevních vzorcích od pacientek s rakovinou vaječníků nebo ve vzorcích FFPE rakoviny vaječníků, stejně jako ve vzorcích krve a FFPE od pacientek s rakovinou endometria.