Polimorfizmy pojedynczych nukleotydów DNA jako predyktory toksyczności

Większość pacjentek z rakiem jajnika jest leczonych kombinacją chemioterapii opartej na platynie i taksanie. Chociaż odsetek odpowiedzi początkowych jest wysoki (>90%), u niektórych pacjentów występują ciężkie zdarzenia niepożądane, które mogą prowadzić do przerwania terapii. Jednak zarówno GOG, jak i ulotka dołączona do opakowania paklitakselu zawierają wytyczne dotyczące leczenia, które obejmują zmniejszenie dawki w przypadku napotkania AE [1, 2]. Kliniczna walidacja różnic genetycznych w tych genach jako biomarkerów ciężkich zdarzeń niepożądanych umożliwiłaby lekarzowi prowadzącemu zmianę dawkowania, wydłużając w ten sposób czas, przez jaki pacjent mógłby przyjmować lek, przy jednoczesnym zmniejszeniu skutków ubocznych i niepotrzebnej zachorowalności.

Inną przydatnością kliniczną tych różnic genetycznych w opiece nad pacjentką z rakiem jajnika jest identyfikacja, które pacjentki mogą nie odnieść korzyści z chemioterapii dootrzewnowej (IP) lub chemioterapii gęstej dawki. Chociaż wykazano, że chemioterapia IP poprawia rokowanie pacjentów, skutki uboczne są znacznie częstsze i poważniejsze ze względu na wysoką dawkę [3]. Testowanie pacjentów przed leczeniem pod kątem genotypów predykcyjnych może mieć wpływ na decyzję lekarza o rezygnacji z chemioterapii IP na rzecz standardowego podawania dożylnego. Chemioterapia gęstymi dawkami wykazała poprawę wyników, ale także pewien wzrost działań niepożądanych [4, 5]. W obu schematach leczenia możliwość stratyfikacji pacjentów w oparciu o ryzyko toksyczności związanej z leczeniem może prowadzić do większych korzyści z terapii IP lub terapii gęstej dawki przy jednoczesnej minimalizacji skutków ubocznych i związanych z nimi kosztów opieki zdrowotnej.

Wcześniejsze badania nad rakiem jajnika wykazały, że ekspresja białek ERCC1, GST i p53 może wpływać na odpowiedź na terapie oparte na platynie u pacjentek z rakiem jajnika [6-13]. Kiedy oceniono SNP w genach kodujących te białka, dokonano korelacji z AE w odpowiedzi na terapie oparte na platynie [14, 15]. Mutacje wpływające na aktywność ERCC1 były związane z nefrotoksycznością. Mutacje u członków rodziny GST były związane z neutropenią (GSTA1), neuropatią (GSTM3 i GSTP1) lub niedokrwistością i trombocytopenią (GSTM3). Mutacje w p53 były związane z neutropenią. W badaniach tych stwierdzono również, że mutacje w XPD i XRCC1 przewidują neutropenię (zarówno XPD, jak i XRCC1) i anemię (tylko XPD). Niedawno badanie przeprowadzone przez Scottish Gynecological Clinical Trials Group zidentyfikowało SNP w BCL2, data aktualnej wersji: 01.04.15 Data poprzedniej wersji: nie dotyczy, wersja wstępna Strona 6 z 23 OPRM1 SOX10 i TRPV1, które były związane z neurotoksycznością [16]. Należy ocenić zarówno indywidualną, jak i łączną wartość tych biomarkerów.

Przegląd badań przeprowadzonych na innych typach nowotworów zidentyfikował SNP związane z toksycznością, które mogą mieć również zastosowanie w raku jajnika. W raku piersi SNP w genach CYP2C8, CYP17A1 i ABCG1 są związane ze zwiększonym ryzykiem neuropatii obwodowej stopnia 2+ u pacjentów leczonych terapiami opartymi na taksanach. [17, 18]. Wcześniej donoszono, że inny SNP w CYP17A1 (rs619824) jest związany z neuropatią wywołaną przez bortezomib u pacjentów ze szpiczakiem mnogim, co potencjalnie potwierdza rolę tego białka w początku neuropatii [19]. Ponieważ te SNP są różnicami linii zarodkowych, istnieje powód, by sądzić, że mogą być również cennymi biomarkerami w raku jajnika. Sugeruje się, że w przypadku szpiczaka mnogiego korzystna może być identyfikacja i dokładniejsze monitorowanie pacjentów z ryzykiem wystąpienia neuropatii [20]. Podobną strategię można by zastosować u pacjentek z rakiem jajnika w celu zmniejszenia ciężkiej toksyczności, która prowadzi do odstawienia skutecznego leku.

Wykrywanie tych polimorfizmów metodą QPCR zostało potwierdzone przez bezpośrednie sekwencjonowanie linii komórkowych i tkanki nowotworowej. Protokół został przetestowany w naszym laboratorium badawczym i zatwierdzony w naszym laboratorium regulowanym przez CLIA zarówno dla próbek utrwalonych w formalinie, zatopionych w parafinie, jak i krwi. W skrócie, DNA jest oczyszczane na kolumnie wirówkowej, oznaczane ilościowo i mieszane ze specyficznym testem SNP i Master Mix (Life Technologies). Wyniki analizowano w oprogramowaniu Life Technologies TaqMan Genotyper w wersji 1.3 w celu określenia genotypu. SNP wykryto w próbkach krwi pobranych od pacjentów z rakiem jajnika i próbkach raka jajnika FFPE z podobną częstotliwością, jak podano w artykułach, do których odniesiono się powyżej. SNP z innych typów nowotworów wykryto w tych samych próbkach krwi od pacjentek z rakiem jajnika lub próbkach raka jajnika FFPE, jak również w próbkach krwi i FFPE od pacjentek z rakiem endometrium.