Metagenomics nästa generations sekvenseringsmetod för att upptäcka mikrobiellt DNA/RNA övertid hos individer som genomgår hematopoietisk stamcelltransplantation

Studiebeskrivning:

Infektioner är en viktig orsak till sjuklighet och dödlighet hos patienter som genomgår hematopoietisk stamcelltransplantation (HSCT). Syftet med denna studie är att utvärdera om metagenomisk nästa generations sekvensering (MNG) kan upptäcka mikrobiella signaturer hos personer som genomgår HSCT, och om mikrobiell identifiering kan korreleras med kliniska egenskaper hos infektion (t.ex. feber).

Deltagare som genomgår HSCT som en del av andra studier vid NIH Clinical Center (CC) kommer att ge blod före transplantationen och genom 6 månader efter. Total nukleinsyra kommer att extraheras från plasma och utsatts för MNG.

Mål:

Primär:

För att undersöka om vi använder plasma och en MNGS -strategi kan vi upptäcka bakterie-, svamp-, protozoan eller viralt DNA/RNA över tid, hos immunförsvarade patienter som genomgår transplantation.

Sekundär:

1. För att korrelera mikrobiell identifiering med episoder av feber eller klinisk misstanke om infektion.
2. För att korrelera förändringar i mikrobiella signaturer hos patienter med misstänkt immunrekonstitutionsinflammatoriskt syndrom.

Endpoints:

Primär:

Jämförelse av MNGS -resultat till rutinmässiga kliniska testresultat (mikrobiologi och/eller patologi)

Sekundär:

1. Beräkning av frekvenser för olika mikrobiella identifieringar när det gäller utvecklingen av feber eller mikrobiologiskt/kliniskt definierad infektion.
2. Förändringar i olika mikrobiella signaturer över tiden