用于基因组发现的全基因组医学测序
用于基因发现的全基因组医学测序
背景:
- 一些罕见的遗传病只影响少数患者,而且这些病症的遗传原因仍然未知。 研究人员正在研究使用一种称为全基因组测序的新技术来了解哪些基因或哪些基因会导致这些情况。 了解导致这些疾病的基因对于改善受影响患者的诊断和治疗非常重要。
目标:
- 确定现有技术难以识别的疾病的遗传原因。
- 为全基因组测序的医学和咨询挑战开发最佳实践。
合格:
- 患有本研究中考虑的罕见疾病之一的个体。 这些情况通常是疾病的遗传原因未知的情况。 大多数个人参与者的资格将由研究人员根据具体情况决定。
- 受影响个体的家庭成员,如果该家庭成员(通常是父母)可以提供遗传信息。
设计:
- 本研究的参与者将至少有一个,在某些情况下有几个以下程序:
- 医学遗传学评估。
- 其他测试可能包括 X 光、磁共振成像 (MRI) 检查以及咨询其他医生。 并非每个人都需要所有研究,但可能需要来自测试的信息来进行我们的一些基因测序研究。
- 记录疾病某些方面的临床照片。
- 研究医生要求的血液和皮肤活检样本或其他组织样本。
- 由研究人员决定的基因检测。 然而,这项研究的大多数参与者都可以接受全基因组测序,这是一种研究一个人所有基因的技术。
- 一些参与者可能会被要求参加电话采访和/或基于网络的调查。
- 参与者可以选择他们希望了解的全基因组测序结果类型。
- 在测试完成并且基因研究的结果已知之后,参与者将被提供回访美国国立卫生研究院以了解这些结果。 在这次访问期间,参与者将被要求完成调查并参加与他们参与研究的决定相关的访谈,并了解个人基因检测结果。
研究概览
详细说明
我们的目标是使用基因组规模的医学测序(GSMS,包括外显子组和整个
基因组测序(视情况而定)以发现一组罕见的严重表型的致病分子病变,这些表型被假设是由目前未知或未表征的基因中的体细胞突变、种系从头杂合突变、种系遗传隐性或种系遗传显性突变引起的。 这项研究的目标有三个:确定分子病因学以前未知的疾病的致病序列变异,将这一见解应用于正在研究的罕见疾病和更常见的表型,并加强对全基因组突变的研究等级。
我们计划为所研究的每种表型招募大约三到六个受影响的个体以及父母双方。 前瞻性招募的三人组将被带到 NIH 临床中心进行简短的临床评估和分子评估。 每个三人组都将同意 GSMS,并可以选择学习临床相关结果,即那些解释所讨论疾病的结果(我们称之为主要变体)以及作为 GSMS 的一部分偶然发现的其他临床相关发现过程(我们称之为次要变体)。 参与者将有机会回访 NIH 以了解这些结果。
在 NIH 校内测序中心 (NISC) 生成的序列数据将由 Biesecker 实验室的工作人员筛选符合假设遗传模式的序列变异。 所有被认为具有临床相关性的序列变体都将在 CLIA 认证的实验室进行验证,并将结果返回给该参与者。 该协议的设计方式将为追求许多不同的临床项目提供长期潜力。
研究类型
注册 (估计的)
联系人和位置
学习联系方式
- 姓名:Julie Sapp
- 电话号码:(301) 435-2832
- 邮箱:sappj@mail.nih.gov
研究联系人备份
- 姓名:Leslie G Biesecker, M.D.
- 电话号码:(301) 402-2041
- 邮箱:lesb@mail.nih.gov
学习地点
-
-
Maryland
-
Bethesda、Maryland、美国、20892
- 招聘中
- National Institutes of Health Clinical Center
-
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参与标准
资格标准
适合学习的年龄
- 孩子
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
取样方法
研究人群
描述
- 纳入标准:
患有正在研究的疾病且年龄超过 4 周的个体。 我们最初的范例障碍清单已经停止;这些障碍是符合纳入本议定书的一般属性的例子。 如上所述,我们选择根据本协议进行调查的疾病患者通常代表具有罕见表型的单纯性病例,其分子病因学未知。
在极少数情况下,我们可能会根据政策 400 接受已故个体的 DNA,包括已故胎儿/新生儿的 DNA 或其他保存的生物标本。 这些样本可能为我们提供难得的机会来研究严重遗传过度生长障碍的变异和表现,其中胎儿/新生儿由于表现的严重性而无法存活。 在极少数情况下,我们计划接受来自无法存活的胎儿/新生儿的样本,我们可能会与怀孕的母亲进行接触,开始同意讨论并协调样本采集。 我们只会招募自愿捐献侵入性产前检测胎儿组织的孕妇,并且三重分析是适当和必要的。 虽然很少见,但在某些情况下,如果不分析胎儿/先证者和亲生父母的 DNA,就无法实现科学目标(阐明先证者遗传状况的分子病因学)。 45CFR46.205 规定的条件 满足纳入不能存活的新生儿:
- 新生儿生命机能无法人工维持;
- 研究不会终止新生儿的心跳或呼吸;
- 研究不会增加新生儿的风险;
- 研究的目的是开发无法通过任何其他方式获得的重要生物医学知识;和
- 具有法律效力的知情同意是根据适用法规获得的。
受影响个体的家庭成员,如果该家庭成员(通常是父母)可能提供信息或对遗传变异的连锁或其他生物信息学分析有用,则可以登记。 如果父母或法定监护人有权代表他们签署同意书,则未成年人或有决定障碍的成年人的先证者符合资格。
排除包含:
如果没有有权代表他们签署同意书的法定监护人,成年且有决定障碍的先证者不符合资格。
已知患有重大情感或精神疾病的受试者,根据团队的判断,可能会损害他们理解和适当使用复杂医学和遗传信息的能力,将被视为决策障碍,除非他们指定(或,在未成年子女的情况下,由适当的代理决策者监护。
此外,必须依法建立认知障碍成年先证者的监护权,并且必须在该家庭登记之前提供监护权证明。
我们要求能够将此协议用于多种遗传疾病,而无需先验地具体描述它们。 我们认为这种方法是合适的,因为对于几乎所有的遗传性疾病,GSMS 的风险和益处没有实质性差异。 我们现已关闭的协议 94-HG-0193 验证了这一概念,该协议是针对可遗传先天性异常疾病的广泛协议,其中许多不完全属于特定的诊断分类。
如前所述,我们可能会请求允许保留有关潜在参与者的一些信息,这些参与者在查询时可能不符合研究条件,但将来可能符合条件。 由于这些参与者不会签署同意书,我们建议不将这些参与者计入我们的纳入登记报告,但会在每次持续审查时向 IRB 提供保留记录的统计。
该协议的同意文件有英文和西班牙文版本。 在极少数情况下,我们可能会使用 NIH 简短书面同意书翻译来招募说其他语言的参与者。
我们不会招收孕妇,上一节中概述的除外。
学习计划
研究是如何设计的?
设计细节
- 观测模型:队列
- 时间观点:预期
队列和干预
团体/队列 |
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遗传病
患有难以用现有技术识别或难以识别的疾病的遗传原因的患者或家庭先证者。
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研究衡量的是什么?
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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罕见疾病的分子病因学
大体时间:进行中
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识别现有技术难以识别或难以识别的疾病的遗传原因,例如,通过外显子组或基因组测序的新突变导致的生殖适应性差的疾病
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进行中
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分析遗传原因已知但未完全描述的罕见疾病的 GSMS 结果
大体时间:进行中
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我们的目标是对渗透病例进行测序,以研究罕见遗传病的分子变异,更好地预测致病性并确定新的致病变异。
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进行中
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合作者和调查者
调查人员
- 首席研究员:Leslie G Biesecker, M.D.、National Human Genome Research Institute (NHGRI)
出版物和有用的链接
一般刊物
- Marteau TM, Dormandy E, Michie S. A measure of informed choice. Health Expect. 2001 Jun;4(2):99-108. doi: 10.1046/j.1369-6513.2001.00140.x.
- Evans JP, Green RC. Direct to consumer genetic testing: Avoiding a culture war. Genet Med. 2009 Aug;11(8):568-9. doi: 10.1097/GIM.0b013e3181afbaed. No abstract available.
- Mardis ER. Next-generation DNA sequencing methods. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2008;9:387-402. doi: 10.1146/annurev.genom.9.081307.164359.
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (估计的)
研究记录更新
最后更新发布 (估计的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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