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Sequenziamento medico dell'intero genoma per la scoperta del genoma

Sequenziamento medico dell'intero genoma per la scoperta del gene

Sfondo:

- Numerose malattie ereditarie rare colpiscono solo pochi pazienti e le cause genetiche di queste condizioni rimangono sconosciute. I ricercatori stanno studiando l'uso di una nuova tecnologia chiamata sequenziamento dell'intero genoma per scoprire quale o quali geni causano queste condizioni. Comprendere i geni che causano queste malattie è importante per migliorare la diagnosi e il trattamento dei pazienti affetti.

Obiettivi:

  • Identificare la causa genetica di disturbi difficilmente identificabili con le tecniche esistenti.
  • Sviluppare le migliori pratiche per le sfide mediche e di consulenza del sequenziamento dell'intero genoma.

Eleggibilità:

  • Individui che hanno uno dei disturbi rari presi in considerazione in questo studio. Queste condizioni sono generalmente quelle in cui la causa genetica del disturbo è sconosciuta. L'ammissibilità della maggior parte dei singoli partecipanti sarà decisa caso per caso dai ricercatori.
  • Familiari di individui affetti, se tale familiare (spesso un genitore) può fornire informazioni genetiche.

Disegno:

  • I partecipanti a questo studio avranno almeno una e in alcuni casi diverse delle seguenti procedure:
  • Una valutazione genetica medica.
  • Altri test che possono includere raggi X, esami di risonanza magnetica (MRI) e consultazioni con altri medici. Non tutti gli studi sono necessari per ogni persona, ma le informazioni dei test potrebbero essere necessarie per procedere con alcuni dei nostri studi di sequenziamento genico.
  • Fotografie cliniche per documentare alcuni aspetti del disturbo.
  • Campioni bioptici di sangue e pelle o altri campioni di tessuto, come richiesto dai medici dello studio.
  • Test genetici, come deciso dai ricercatori. Tuttavia, la maggior parte dei partecipanti a questo studio può aspettarsi di sottoporsi al sequenziamento dell'intero genoma, che è una tecnica per studiare tutti i geni di una persona.
  • Ad alcuni partecipanti potrebbe essere chiesto di partecipare a un'intervista telefonica e/oa un sondaggio basato sul web.
  • I partecipanti potranno scegliere quali tipi di risultati dal sequenziamento dell'intero genoma desiderano apprendere.
  • Dopo che i test saranno stati completati e i risultati degli studi genetici saranno noti, ai partecipanti verrà offerta una visita di ritorno al National Institutes of Health per apprendere questi risultati. Durante questa visita, ai partecipanti verrà chiesto di completare sondaggi e partecipare a interviste relative alle loro decisioni di partecipare allo studio e di apprendere i risultati dei test genetici individuali.

Panoramica dello studio

Descrizione dettagliata

Miriamo a utilizzare il sequenziamento medico su scala genomica (GSMS, per includere l'esoma e l'intero

sequenziamento del genoma a seconda dei casi) per scoprire lesioni molecolari causali per una serie di fenotipi rari e gravi che si ipotizza siano causati da mutazioni somatiche, mutazioni eterozigoti della linea germinale de novo, mutazioni ereditarie recessive della linea germinale o mutazioni dominanti ereditarie della linea germinale in geni attualmente sconosciuti o non caratterizzati. L'obiettivo di questa ricerca è triplice: identificare le varianti di sequenza causale per i disturbi la cui eziologia molecolare era precedentemente sconosciuta, applicare questa intuizione sia ai disturbi rari oggetto di studio che ai fenotipi più comuni, e migliorare lo studio della mutazione su un intero genoma livello.

Abbiamo in programma di reclutare da tre a sei persone affette insieme a entrambi i genitori per ogni fenotipo in esame. Trii reclutati in modo prospettico saranno portati al Centro clinico NIH per brevi valutazioni cliniche e valutazione molecolare. Ogni trio sarà acconsentito al GSMS con la possibilità di apprendere risultati clinicamente rilevanti, ovvero quelli che spiegano il disturbo in questione (ciò che chiamiamo la variante primaria) così come altri risultati clinicamente rilevanti scoperti incidentalmente come parte del GSMS process (ciò che chiamiamo varianti secondarie). Ai partecipanti verrà offerta una visita di ritorno al NIH per conoscere questi risultati.

I dati di sequenza generati presso il NIH Intramural Sequencing Center (NISC) saranno vagliati dal personale del laboratorio Biesecker per le varianti di sequenza conformi al modello di ereditarietà ipotizzato. Tutte le varianti di sequenza ritenute clinicamente rilevanti saranno convalidate in un laboratorio certificato CLIA e i risultati saranno restituiti a quel partecipante. Questo protocollo è stato progettato in modo da fornire il potenziale a lungo termine per perseguire molti progetti clinici diversi.

Tipo di studio

Osservativo

Iscrizione (Stimato)

2000

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Contatto studio

Backup dei contatti dello studio

  • Nome: Leslie G Biesecker, M.D.
  • Numero di telefono: (301) 402-2041
  • Email: lesb@mail.nih.gov

Luoghi di studio

    • Maryland
      • Bethesda, Maryland, Stati Uniti, 20892
        • Reclutamento
        • National Institutes of Health Clinical Center

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

  • Bambino
  • Adulto
  • Adulto più anziano

Accetta volontari sani

No

Metodo di campionamento

Campione non probabilistico

Popolazione di studio

Pazienti o familiari probandi con causa genetica di disturbi intrattabili o difficili da identificare con la tecnica esistente.

Descrizione

  • CRITERIO DI INCLUSIONE:

Un individuo che è affetto da un disturbo in studio e ha più di 4 settimane. Il nostro elenco iniziale di disturbi esemplari è stato interrotto; questi disturbi erano esempi di quelli che soddisfano gli attributi generali per l'inclusione in questo protocollo. Come affermato sopra, gli individui con disturbi che scegliamo di indagare nell'ambito di questo protocollo rappresenteranno generalmente casi simplex con fenotipi rari la cui eziologia molecolare è sconosciuta.

In rari casi, possiamo accettare DNA di individui deceduti, incluso DNA o altri campioni biologici salvati da feti/neonati deceduti in conformità con la Politica 400. Questi campioni possono fornirci opportunità eccezionali per studiare varianti e manifestazioni di gravi disturbi genetici da crescita eccessiva in cui il feto/neonato non è vitale a causa della gravità delle manifestazioni. Nella rara circostanza in cui prevediamo di accettare campioni da feti/neonati non vitali, potremmo impegnarci con le madri in gravidanza per avviare discussioni sul consenso e coordinare la raccolta dei campioni. Arruolaremo solo donne in gravidanza che donano volontariamente tessuto fetale da test prenatali invasivi e per le quali l'analisi del trio è appropriata e necessaria. Sebbene rari, potrebbero esserci circostanze in cui gli obiettivi scientifici (per chiarire l'eziologia molecolare della condizione genetica del probando) non sarebbero possibili senza l'analisi del DNA del feto/probando e dei genitori biologici. Le condizioni stabilite in 45CFR46.205 sono soddisfatte per l'inclusione di neonati non vitali:

  • Le funzioni vitali del neonato non saranno mantenute artificialmente;
  • La ricerca non interromperà il battito cardiaco o la respirazione del neonato;
  • Non ci saranno rischi aggiuntivi per il neonato derivanti dalla ricerca;
  • Lo scopo della ricerca è lo sviluppo di importanti conoscenze biomediche che non possono essere ottenute con altri mezzi; e
  • Il consenso informato legalmente efficace è ottenuto in conformità con le normative applicabili.

Possono essere arruolati i membri della famiglia di un individuo affetto in cui quel membro della famiglia (spesso un genitore) è potenzialmente informativo o utile per il collegamento o altre analisi bioinformatiche delle varianti genetiche. I probandi minorenni o adulti con disabilità decisionale sono idonei se hanno un genitore o tutore legale che ha l'autorità di firmare un modulo di consenso per loro conto.

ESCLUSIONE INCLUSIONE:

I probandi che sono adulti e con disabilità decisionale non sono ammissibili se non hanno un tutore legale che abbia l'autorità di firmare un modulo di consenso per loro conto.

I soggetti che hanno disturbi affettivi o psichiatrici noti, significativi che, a giudizio del team, possono compromettere la loro capacità di comprendere e utilizzare in modo appropriato informazioni mediche e genetiche complesse saranno considerati con disabilità decisionale e saranno ineleggibili a meno che non abbiano nominato (o, nel caso di figli minorenni, sono affidati a) un appropriato decisore surrogato.

Inoltre, la tutela dei probandi adulti con disabilità cognitiva deve essere stabilita legalmente e la prova della tutela deve essere fornita prima dell'iscrizione di quella famiglia.

Chiediamo la possibilità di utilizzare questo protocollo per molteplici malattie genetiche, senza specificatamente delinearle a priori. Riteniamo che questo approccio sia appropriato perché per quasi tutte le malattie ereditarie, i rischi ei benefici del GSMS non differiscono sostanzialmente. Questo concetto è stato convalidato dal nostro protocollo 94-HG-0193, ora chiuso, che era un protocollo di ampia base per i disturbi congeniti ereditari, molti dei quali non rientrano esattamente in una specifica classificazione diagnostica.

Come accennato, potremmo richiedere il permesso di conservare alcune informazioni sui potenziali partecipanti che, al momento della loro richiesta, potrebbero non essere idonei per lo studio ma che potrebbero diventarlo in futuro. Poiché questi partecipanti non firmeranno un modulo di consenso, proponiamo di NON contare questi partecipanti nei nostri rapporti di iscrizione all'inclusione, ma forniremo all'IRB un conteggio dei record conservati a ogni revisione continua.

I documenti di consenso per questo protocollo sono disponibili in inglese e spagnolo. In rari casi, potremmo iscrivere partecipanti che parlano altre lingue utilizzando la traduzione del modulo di consenso scritto breve NIH.

Non iscriveremo donne incinte, ad eccezione di quanto indicato nella sezione precedente.

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

  • Modelli osservazionali: Coorte
  • Prospettive temporali: Prospettiva

Coorti e interventi

Gruppo / Coorte
Disturbi genetici
Pazienti o familiari probandi con causa genetica di disturbi intrattabili o difficili da identificare con la tecnica esistente.

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Eziologia molecolare delle malattie rare
Lasso di tempo: In corso
Identificare la causa genetica di disturbi intrattabili o difficili da identificare con le tecniche esistenti, ad esempio disturbi dovuti a nuove mutazioni con scarsa idoneità riproduttiva attraverso il sequenziamento dell'esoma o del genoma
In corso
Analizza i risultati del GSMS per i disturbi rari per i quali le cause genetiche sono note ma non completamente descritte
Lasso di tempo: In corso
Miriamo a sequenziare casi penetranti per studiare le variazioni molecolari di malattie genetiche rare, per prevedere meglio la patogenicità e identificare nuove varianti causali.
In corso

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Investigatori

  • Investigatore principale: Leslie G Biesecker, M.D., National Human Genome Research Institute (NHGRI)

Pubblicazioni e link utili

La persona responsabile dell'inserimento delle informazioni sullo studio fornisce volontariamente queste pubblicazioni. Questi possono riguardare qualsiasi cosa relativa allo studio.

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

18 febbraio 2010

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

13 marzo 2010

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

13 marzo 2010

Primo Inserito (Stimato)

16 marzo 2010

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Stimato)

4 marzo 2024

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

1 marzo 2024

Ultimo verificato

29 febbraio 2024

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

NO

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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