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Séquençage médical du génome entier pour la découverte du génome

Séquençage médical du génome entier pour la découverte de gènes

Arrière plan:

- Un certain nombre de maladies héréditaires rares n'affectent que quelques patients et les causes génétiques de ces affections restent inconnues. Les chercheurs étudient l'utilisation d'une nouvelle technologie appelée séquençage du génome entier pour savoir quel(s) gène(s) cause(nt) ces conditions. Comprendre les gènes qui causent ces maladies est important pour améliorer le diagnostic et le traitement des patients touchés.

Objectifs:

  • Identifier la cause génétique de troubles difficiles à identifier avec les techniques existantes.
  • Développer les meilleures pratiques pour les défis médicaux et de conseil du séquençage du génome entier.

Admissibilité:

  • Individus atteints de l'une des maladies rares étudiées dans cette étude. Ces conditions sont généralement celles dans lesquelles la cause génétique du trouble est inconnue. L'éligibilité de la plupart des participants individuels sera décidée au cas par cas par les chercheurs.
  • Les membres de la famille des personnes touchées, si ce membre de la famille (souvent un parent) peut fournir des informations génétiques.

Concevoir:

  • Les participants à cette étude auront au moins une et dans certains cas plusieurs des procédures suivantes :
  • Une évaluation génétique médicale.
  • D'autres tests peuvent inclure des radiographies, des examens d'imagerie par résonance magnétique (IRM) et des consultations avec d'autres médecins. Toutes les études ne sont pas nécessaires pour chaque personne, mais les informations des tests peuvent être nécessaires pour procéder à certaines de nos études de séquençage de gènes.
  • Photographies cliniques pour documenter certains aspects du trouble.
  • Échantillons de biopsie de sang et de peau, ou d'autres échantillons de tissus, selon les besoins des médecins de l'étude.
  • Des tests génétiques, comme l'ont décidé les chercheurs. Cependant, la plupart des participants à cette étude peuvent s'attendre à subir un séquençage du génome entier, qui est une technique pour étudier tous les gènes d'une personne.
  • Certains participants peuvent être invités à participer à une entrevue téléphonique et/ou à une enquête en ligne.
  • Les participants auront le choix des types de résultats du séquençage du génome entier qu'ils souhaitent apprendre.
  • Une fois les tests terminés et les résultats des études génétiques connus, les participants se verront proposer une visite de retour aux National Institutes of Health pour connaître ces résultats. Au cours de cette visite, les participants seront invités à remplir des sondages et à participer à des entrevues liées à leurs décisions de participer à l'étude et d'apprendre les résultats des tests génétiques individuels.

Aperçu de l'étude

Description détaillée

Notre objectif est d'utiliser le séquençage médical à l'échelle du génome (GSMS, pour inclure l'exome et l'ensemble

séquençage du génome, le cas échéant) pour découvrir les lésions moléculaires responsables d'un ensemble de phénotypes rares et graves supposés être causés par des mutations somatiques, des mutations germinales hétérozygotes de novo, des mutations germinales récessives héritées ou des mutations dominantes héritées de la lignée germinale dans des gènes actuellement inconnus ou non caractérisés. L'objectif de cette recherche est triple : identifier les variants de séquence causale pour les troubles dont l'étiologie moléculaire était auparavant inconnue, appliquer ces connaissances à la fois aux troubles rares à l'étude et aux phénotypes plus courants, et améliorer l'étude de la mutation sur une échelle du génome. niveau.

Nous prévoyons de recruter environ trois à six personnes affectées ainsi que les deux parents pour chaque phénotype à l'étude. Les trios recrutés de manière prospective seront amenés au NIH Clinical Center pour de brèves évaluations cliniques et une évaluation moléculaire. Chaque trio sera autorisé au GSMS avec la possibilité d'apprendre les résultats cliniquement pertinents, c'est-à-dire ceux qui expliquent le trouble en question (ce que nous appelons la variante primaire) ainsi que d'autres résultats cliniquement pertinents découverts accidentellement dans le cadre du GSMS. processus (ce que nous appelons variantes secondaires). Les participants se verront proposer une visite de retour au NIH pour connaître ces résultats.

Les données de séquence générées au NIH Intramural Sequencing Center (NISC) seront examinées par le personnel du laboratoire Biesecker pour les variantes de séquence conformes au modèle d'hérédité hypothétique. Toutes les variantes de séquence jugées cliniquement pertinentes seront validées dans un laboratoire certifié CLIA et les résultats renvoyés à ce participant. Ce protocole est conçu de manière à fournir le potentiel à long terme pour poursuivre de nombreux projets cliniques différents.

Type d'étude

Observationnel

Inscription (Estimé)

2000

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Coordonnées de l'étude

Sauvegarde des contacts de l'étude

  • Nom: Leslie G Biesecker, M.D.
  • Numéro de téléphone: (301) 402-2041
  • E-mail: lesb@mail.nih.gov

Lieux d'étude

    • Maryland
      • Bethesda, Maryland, États-Unis, 20892
        • Recrutement
        • National Institutes of Health Clinical Center

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

  • Enfant
  • Adulte
  • Adulte plus âgé

Accepte les volontaires sains

Non

Méthode d'échantillonnage

Échantillon non probabiliste

Population étudiée

Patients ou membres de la famille présentant une cause génétique de troubles insolubles ou difficiles à identifier avec la technique existante.

La description

  • CRITÈRE D'INTÉGRATION:

Une personne atteinte d'un trouble à l'étude et âgée de plus de 4 semaines. Notre liste initiale de troubles exemplaires a été interrompue; ces troubles étaient des exemples de ceux qui répondent aux attributs généraux pour inclusion dans ce protocole. Comme indiqué ci-dessus, les personnes atteintes de troubles que nous choisissons d'enquêter dans le cadre de ce protocole représenteront généralement des cas simplex avec des phénotypes rares dont l'étiologie moléculaire est inconnue.

Dans de rares cas, nous pouvons accepter l'ADN de personnes décédées, y compris l'ADN ou d'autres échantillons biologiques enregistrés de fœtus/nouveau-nés décédés conformément à la politique 400. Ces échantillons peuvent nous fournir des opportunités exceptionnelles pour étudier les variantes et les manifestations de troubles génétiques graves de prolifération où le fœtus/nouveau-né n'est pas viable en raison de la gravité des manifestations. Dans les rares cas où nous prévoyons d'accepter des échantillons de fœtus/nouveau-nés non viables, nous pouvons dialoguer avec les mères enceintes pour entamer des discussions sur le consentement et coordonner la collecte des échantillons. Nous n'enrôlerons que les femmes enceintes qui donnent volontairement du tissu fœtal à partir d'un test prénatal invasif et pour lesquelles une analyse en trio est appropriée et nécessaire. Bien que rares, il peut y avoir des circonstances dans lesquelles les objectifs scientifiques (élucider l'étiologie moléculaire de la condition génétique du proposant) ne seraient pas possibles sans analyser l'ADN du fœtus/proband et des parents biologiques. Les conditions fixées par 45CFR46.205 sont réunies pour l'inclusion des nouveau-nés non viables :

  • Les fonctions vitales du nouveau-né ne seront pas maintenues artificiellement ;
  • La recherche ne mettra pas fin au rythme cardiaque ou à la respiration du nouveau-né ;
  • Il n'y aura aucun risque supplémentaire pour le nouveau-né résultant de la recherche ;
  • Le but de la recherche est le développement de connaissances biomédicales importantes qui ne peuvent être obtenues par aucun autre moyen; et
  • Le consentement éclairé juridiquement valable est obtenu conformément à la réglementation en vigueur.

Les membres de la famille d'un individu affecté lorsque ce membre de la famille (souvent un parent) est potentiellement informatif ou utile pour la liaison ou d'autres analyses bioinformatiques de variantes génétiques peuvent être inscrits. Les proposants qui sont mineurs ou adultes ayant une déficience décisionnelle sont éligibles s'ils ont un parent ou un tuteur légal qui a le pouvoir de signer un formulaire de consentement en leur nom.

EXCLUSION INCLUSION :

Les proposants qui sont adultes et qui ont des facultés affaiblies ne sont pas éligibles s'ils n'ont pas de tuteur légal qui a le pouvoir de signer un formulaire de consentement en leur nom.

Les sujets qui ont connu des troubles affectifs ou psychiatriques importants qui, de l'avis de l'équipe, peuvent altérer leur capacité à comprendre et à utiliser de manière appropriée des informations médicales et génétiques complexes seront considérés comme ayant des troubles décisionnels et seront inéligibles à moins qu'ils n'aient nommé (ou, dans le cas d'enfants mineurs, sont sous la garde d'un décideur substitut approprié.

En outre, la tutelle des proposants adultes souffrant de troubles cognitifs doit être légalement établie et une preuve de tutelle doit être fournie avant l'inscription de cette famille.

Nous demandons la possibilité d'utiliser ce protocole pour plusieurs maladies génétiques, sans les délimiter spécifiquement a priori. Nous pensons que cette approche est appropriée car pour presque tous les troubles héréditaires, les risques et les avantages du GSMS ne diffèrent pas fondamentalement. Ce concept a été validé par notre protocole désormais fermé 94-HG-0193, qui était un protocole général pour les anomalies congénitales héréditaires, dont beaucoup ne relèvent pas parfaitement d'une classification diagnostique spécifique.

Comme mentionné, nous pouvons demander la permission de conserver certaines informations sur les participants potentiels qui, au moment de leur demande, peuvent ne pas être éligibles à l'étude mais qui pourraient le devenir à l'avenir. Étant donné que ces participants ne signeront pas de formulaire de consentement, nous proposons de NE PAS compter ces participants dans nos rapports d'inscription d'inclusion, mais fournirons à la CISR un décompte des dossiers conservés à chaque examen continu.

Les documents de consentement pour ce protocole sont disponibles en anglais et en espagnol. Dans de rares cas, nous pouvons inscrire des participants qui parlent d'autres langues en utilisant la traduction du formulaire de consentement écrit court du NIH.

Nous n'inscrirons pas les femmes enceintes, sauf comme indiqué dans la section ci-dessus.

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

  • Modèles d'observation: Cohorte
  • Perspectives temporelles: Éventuel

Cohortes et interventions

Groupe / Cohorte
Les troubles génétiques
Patients ou membres de la famille présentant une cause génétique de troubles insolubles ou difficiles à identifier avec la technique existante.

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Étiologie moléculaire des maladies rares
Délai: En cours
Identifier la cause génétique de troubles intraitables ou difficiles à identifier avec les techniques existantes, par exemple, les troubles dus à de nouvelles mutations avec une mauvaise capacité de reproduction par séquençage de l'exome ou du génome
En cours
Analyser les résultats GSMS pour les maladies rares dont les causes génétiques sont connues mais pas entièrement décrites
Délai: En cours
Notre objectif est de séquencer des cas de ressuage pour étudier les variations moléculaires de maladies génétiques rares, pour mieux prédire la pathogénicité et identifier de nouvelles variantes causales.
En cours

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Les enquêteurs

  • Chercheur principal: Leslie G Biesecker, M.D., National Human Genome Research Institute (NHGRI)

Publications et liens utiles

La personne responsable de la saisie des informations sur l'étude fournit volontairement ces publications. Il peut s'agir de tout ce qui concerne l'étude.

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

18 février 2010

Dates d'inscription aux études

Première soumission

13 mars 2010

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

13 mars 2010

Première publication (Estimé)

16 mars 2010

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Estimé)

4 mars 2024

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

1 mars 2024

Dernière vérification

29 février 2024

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Plan pour les données individuelles des participants (IPD)

Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?

NON

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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