基于基因组分析的急性淋巴细胞白血病治疗
新墨西哥大学综合癌症中心 (UNMCCC) 研究人员此前开展的工作揭示了患有高危 B 和 T 细胞前体急性淋巴细胞白血病 (ALL) 的儿童、青少年和年轻人中存在以前未知的基因组突变。 使用基因组和下一代 DNA 测序技术，这些研究人员发现，14% 的高危 ALL 儿童患有“费城染色体样”（“Ph 样”）ALL。 研究发现，患有这种形式的 ALL 的患者治疗失败和死亡的风险显着增加。
进一步的研究表明，有 40 多种不同的基因重排和融合可以导致 Ph 样 ALL。 表达这些不同基因融合体的细胞系和人类白血病细胞对当前可用的药物敏感。 这表明具有这些特定的不同基因融合的 Ph 样 ALL 患者应成为未来临床试验的目标，并接受适当的治疗。 还需要进一步的工作来确定 ALL 患者中其他潜在的可靶向基因改变。
因此，本研究的目标是对 UNM 就诊的所有新诊断的 ALL 患者进行基因组筛查，并利用这些信息将患者纳入可用的国家临床试验网络 (NCTN) 临床试验。 如果无法进行适当的 NCTN 试验，将寻求最佳临床管理。
研究概览
详细说明
UNMCCC 研究人员和其他人所做的工作如上文简要描述，为 Ph 样 ALL 的生物学和临床特征以及基因组景观提供了重要见解，这种疾病具有惊人的异质性。 基因表达谱分析以及 RNA/转录组、外显子组和全基因组测序已在迄今为止研究的 91% 的 Ph 样 ALL 病例中鉴定出几种不同的激酶激活病变亚类，最常见的是激酶和细胞因子受体基因重排和融合。 UNMCCC 研究人员现正与儿童肿瘤学组 (COG) 和成人国家癌症研究所 (NCI) 合作组（西南肿瘤学组 (SWOG)、东部肿瘤合作组 (ECOG) - 美国放射成像网络学院 (ACRIN)、联盟）为儿科、青少年和年轻人（AYA）以及成人 ALL 患者开展国家临床试验，结合基因组诊断筛查、分子诊断和下一代测序研究，以确定 ALL 的潜在基因组病变，并针对患者进行适当的治疗治疗方案。
在这项可行性研究中，下一代测序（NGS）技术将为急性淋巴细胞白血病风险分类系统提供信息，该系统可用于识别可能受益于靶向治疗的患者；通过在美国病理学家学院 (CAP)/CLIA 条件下进行详细的基因组数据分析以及分子肿瘤委员会的个案讨论，此类患者将在适当的情况下参加 NCTN 国家治疗试验或 UNMCCC 资助的试验。
此外，还将研究人种和民族与新墨西哥州和地区 ALL 人群中 ALL 相关基因组突变谱的关联，其中包括很大比例的代表性不足的少数族裔。 这可能最终允许开发基于血统的风险分类系统。
研究类型
注册 (实际的)
阶段
- 不适用
联系人和位置
学习地点
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New Mexico
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Albuquerque、New Mexico、美国、87131
- University of New Mexico Comprehensive Cancer Center
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参与标准
资格标准
适合学习的年龄
- 孩子
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
描述
纳入标准：
- 急性淋巴细胞白血病的新诊断
- 既往未接受过治疗，不包括紧急放疗、类固醇或鞘内注射阿糖胞苷
- 任何年龄
- 能够理解并愿意签署书面知情同意文件。
排除标准：
- 既往治疗，不包括紧急放射、类固醇或鞘内阿糖胞苷
- 不愿意在新墨西哥大学获得癌症治疗
学习计划
研究是如何设计的？
设计细节
- 主要用途：治疗
- 分配：不适用
- 介入模型：单组作业
- 屏蔽：无（打开标签）
武器和干预
参与者组/臂 |
干预/治疗 |
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实验性的：基因组检测
新诊断的 ALL 患者将接受主要目标 1 中列出的基因组研究。将对初次诊断时的骨髓 (BM) 抽吸物进行分析（绝对母细胞计数至少为 1,000/μL 的患者，可提交 2 mL 外周血诊断时每 1 mL 所需的 BM。 对于无法获得抽吸物的患者，将使用核心活检）。 此外，流式细胞术分析和深度测序将用于表征和监测一线治疗过程中疾病的分子异质性和克隆进化。 将在诱导治疗第 29 天收集骨髓、血液和口腔标本，如果发生复发，可能会在稍后的时间点收集。 |
根据基因组检测结果，具有靶向基因组病变的患者将被纳入由 NCI 国家临床试验网络 (NCTN)（COG 和其他成人 NCI 合作小组）赞助的可用国家临床试验。
如果不存在合适的 NCTN 试验，将考虑适当的治疗方案（包括目前接受的护理标准）、治疗的改变或针对特定基因组病变的靶向药物治疗。
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研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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所有表征：低密度阵列
大体时间：3年
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UNMCCC 新诊断的 ALL 患者将在初次诊断时接受低密度阵列 (LDA) 卡筛查（Ph 样 ALL 的基因表达分类器）。
LDA 状态的比例（阳性与阴性）及其 95% 置信区间将根据精确的二项式分布进行计算。
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3年
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所有表征：下一代测序
大体时间：3年
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UNMCCC 新诊断的 ALL 患者将在初次诊断时接受下一代测序 (NGS)。
具有足够读取深度 (500-700x) 的 NGS（外显子组和转录组）将用于在诊断时检测克隆异质性。
统计分析主要是描述性的（例如
将计算各种突变的频率（比例））。
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3年
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全部表征：SNP 分析
大体时间：3年
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UNMCCC 新诊断的 ALL 患者将在初次诊断时接受遗传祖先的分子测定（使用一组单核苷酸多态性 (SNP)）。
统计分析主要是描述性的（例如
将计算 SNP 和遗传祖先群体的频率（比例））
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3年
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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患者特征与试验入组的关系
大体时间：3年
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对于参加 NCTN 临床试验的患者和未参加 NCTN 临床试验的患者，将总结主要结果测量中所述的遗传和分子特征。
两组比较（NCTN 与非 NCTN）将使用非参数方法（例如 Wilcoxon 和秩检验）进行测试。
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3年
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种族/民族与结果之间的关系
大体时间：3年
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事件发生时间数据（例如临床确定的无进展生存期 (PFS)）将使用 Kaplan-Meier 曲线以及治疗组的对数秩检验以及通过遗传血统分子评估确定的种族/民族进行总结如主要结果衡量标准 3 中所述。还将利用治疗和/或种族变量探索 PFS 的多变量 Cox 比例风险模型。
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3年
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发现 ALL 与治疗相关的分子特征的可行性
大体时间：3年
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将通过计算以下统计数据来评估可行性：参加 NCTN 试验的患者百分比、随着时间的推移得到完全评估的微小残留病 (MRD) 患者的百分比、分子表征在整个过程中可行且信息丰富的患者百分比疗程。
所有估计比例均附有精确的 95% 置信区间
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3年
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微小残留病 (MRD) 评估
大体时间：3年
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最终诱导微小残留病 (MRD) 将在华盛顿大学儿童肿瘤组参考实验室使用临床实验室改进修正案 (CLIA) 批准的流式细胞术检测进行。
分子 MRD 也将通过基于研究的深度测序来确定。
将使用描述性统计数据（高与低状态的条形图）来总结跨时间点重复测量的 MRD。
将在每个时间点使用精确的皮尔逊卡方检验和蒙特卡罗模拟来评估 MRD 和治疗组之间的关联（NCTN 和非 NCTN 治疗组的 LAD 阳性与 LAD 阴性）。
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3年
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合作者和调查者
调查人员
- 首席研究员：Jodi Mayfield, MD、University of New Mexico, Department of Pediatrics
出版物和有用的链接
研究记录日期
研究主要日期
学习开始 (实际的)
初级完成 (实际的)
研究完成 (实际的)
研究注册日期
首次提交
首先提交符合 QC 标准的
首次发布 (估计的)
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
上次提交的符合 QC 标准的更新
最后验证
更多信息
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