Terapie ostrej białaczki limfoblastycznej oparte na analizach genomu
Poprzednie prace przeprowadzone przez badaczy z Kompleksowego Centrum Onkologii Uniwersytetu Nowego Meksyku (UNMCCC) ujawniły nieznane wcześniej mutacje genomowe u dzieci, młodzieży i młodych dorosłych chorych na ostrą białaczkę limfoblastyczną (ALL) z prekursorami limfocytów B i T wysokiego ryzyka. Korzystając z technologii sekwencjonowania genomu i DNA nowej generacji, badacze ci ujawnili, że 14% dzieci z ALL wysokiego ryzyka ma ALL „podobne do chromosomu filadelfijskiego” („podobne do Ph”). Stwierdzono, że u pacjentów z tą postacią ALL ryzyko niepowodzenia leczenia i śmierci jest znacznie zwiększone.
Dalsze prace wykazały, że istnieje ponad 40 różnych rearanżacji i fuzji genów, które mogą skutkować ALL typu Ph. Linie komórkowe i ludzkie komórki białaczkowe wykazujące ekspresję niektórych z tych różnych fuzji genów były wrażliwe na obecnie dostępne leki. Sugeruje to, że pacjenci z ALL typu Ph-podobnymi z tymi specyficznymi, odrębnymi fuzjami genów powinni być celem przyszłych badań klinicznych w celu leczenia odpowiednią terapią. Konieczne są także dalsze prace w celu zidentyfikowania innych potencjalnie możliwych do ukierunkowania zmian genetycznych u ALL pacjentów.
Dlatego celem tego badania jest przeprowadzenie badań przesiewowych genomu wszystkich nowo zdiagnozowanych pacjentów z ALL obserwowanych w UNM i wykorzystanie tych informacji do włączenia pacjentów do dostępnych badań klinicznych Krajowej Sieci Badań Klinicznych (NCTN). Jeżeli odpowiednie badanie NCTN nie będzie dostępne, zastosowane zostanie najlepsze leczenie kliniczne.
Przegląd badań
Status
Warunki
Interwencja / Leczenie
Szczegółowy opis
Prace wykonane przez badaczy UNMCCC i inne osoby, jak opisano pokrótce powyżej, dostarczyły istotnego wglądu w cechy biologiczne i kliniczne oraz krajobraz genomowy ALL typu Ph, który jest uderzająco niejednorodny. Profilowanie ekspresji genów oraz sekwencjonowanie RNA/transkryptomiczne, eksomu i całego genomu zidentyfikowały kilka odrębnych podklas zmian aktywujących kinazy w 91% zbadanych dotychczas przypadków ALL typu Ph, najczęściej rearanżacji i fuzji genów kinazy i receptora cytokin. Badacze UNMCCC współpracują obecnie z Children's Oncology Group (COG) i National Cancer Institute dla dorosłych (NCI) Cooperative Groups (Southwest Oncology Group (SWOG), Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG), American College of Radiology Imaging Network (ACRIN), The Alliance) w celu opracowania krajowych badań klinicznych z udziałem dzieci, młodzieży i młodych dorosłych (AYA) oraz dorosłych pacjentów z ALL, obejmujących genomowe badania przesiewowe, diagnostykę molekularną i badania sekwencjonowania nowej generacji w celu identyfikacji podstawowych zmian genomowych w ALL i skierowania pacjentów do odpowiedniego leczenia schematy.
W niniejszym studium wykonalności technologie sekwencjonowania nowej generacji (NGS) pozwolą na stworzenie systemu klasyfikacji ryzyka ostrej białaczki limfoblastycznej, który można dostosować do identyfikacji pacjentów, którzy mogliby odnieść korzyść z terapii celowanych; tacy pacjenci będą kierowani do badań NCTN dotyczących leczenia narodowego lub, w stosownych przypadkach, badań sponsorowanych przez UNMCCC, poprzez szczegółową analizę danych genomicznych przeprowadzoną zgodnie z warunkami College of American Pathologists (CAP)/CLIA oraz w drodze indywidualnych dyskusji w Radzie ds. Guzów Molekularnych.
Ponadto zbadane zostanie powiązanie rasy i pochodzenia etnicznego ze spektrum mutacji genomowych związanych z ALL w populacji ALL w Nowym Meksyku i regionie, która obejmuje znaczną część niedostatecznie reprezentowanych mniejszości. Może to ostatecznie pozwolić na opracowanie systemu klasyfikacji ryzyka opartego na pochodzeniu.
Typ studiów
Zapisy (Rzeczywisty)
Faza
- Nie dotyczy
Kontakty i lokalizacje
Lokalizacje studiów
-
-
New Mexico
-
Albuquerque, New Mexico, Stany Zjednoczone, 87131
- University of New Mexico Comprehensive Cancer Center
-
-
Kryteria uczestnictwa
Kryteria kwalifikacji
Wiek uprawniający do nauki
- Dziecko
- Dorosły
- Starszy dorosły
Akceptuje zdrowych ochotników
Opis
Kryteria przyjęcia:
- Nowa diagnoza ostrej białaczki limfoblastycznej
- Brak wcześniejszego leczenia, z wyjątkiem naświetlania doraźnego, steroidów lub cytarabiny podawanej dooponowo
- W każdym wieku
- Umiejętność zrozumienia i chęć podpisania pisemnego dokumentu świadomej zgody.
Kryteria wyłączenia:
- Wcześniejsze leczenie, z wyłączeniem naświetlania doraźnego, steroidów lub cytarabiny podawanej dooponowo
- Nie chce uzyskać opieki onkologicznej na Uniwersytecie w Nowym Meksyku
Plan studiów
Jak projektuje się badanie?
Szczegóły projektu
- Główny cel: Leczenie
- Przydział: Nie dotyczy
- Model interwencyjny: Zadanie dla jednej grupy
- Maskowanie: Brak (otwarta etykieta)
Broń i interwencje
Grupa uczestników / Arm |
Interwencja / Leczenie |
|---|---|
|
Eksperymentalny: Testy genomowe
Nowo zdiagnozowani pacjenci z ALL zostaną poddani badaniom genomicznym wymienionym w Celu Podstawowym 1. Analizy zostaną przeprowadzone na aspiracie szpiku kostnego (BM) w momencie wstępnej diagnozy (pacjenci z bezwzględną liczbą blastów wynoszącą co najmniej 1000/µl mogą przesłać 2 ml krwi obwodowej w chwili rozpoznania na każdy 1 ml wymaganej BM. U pacjentów, u których nie można pobrać aspiratu, zostanie zastosowana biopsja grubopsowa). Ponadto analiza cytometrii przepływowej i głębokie sekwencjonowanie zostaną wykorzystane do scharakteryzowania i monitorowania heterogeniczności molekularnej i ewolucji klonalnej choroby podczas terapii pierwszej linii. Próbki BM, krwi i policzka zostaną pobrane w 29. dniu leczenia indukcyjnego i ewentualnie w późniejszym terminie, jeśli wystąpi nawrót. |
W zależności od wyników badań genomu pacjenci z ukierunkowanymi zmianami genomowymi zostaną włączeni do dostępnych krajowych badań klinicznych sponsorowanych przez Krajową Sieć Badań Klinicznych NCI (NCTN) (COG i inne grupy spółdzielcze NCI dla dorosłych).
Jeżeli nie istnieje odpowiednie badanie NCTN, rozważone zostaną odpowiednie schematy leczenia (w tym obecnie przyjęte standardy opieki), zmiany w terapii lub leczenie środkami ukierunkowanymi na określone zmiany genomowe.
|
Co mierzy badanie?
Podstawowe miary wyniku
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
WSZYSTKIE charakterystyki: matryca o niskiej gęstości
Ramy czasowe: 3 lata
|
Nowo zdiagnozowani pacjenci z ALL w UNMCCC zostaną poddani badaniu przesiewowemu za pomocą karty o niskiej gęstości (LDA) (klasyfikator ekspresji genów dla ALL typu Ph) w momencie wstępnej diagnozy.
Proporcja statusu LDA (dodatni vs. negatywny) i jego 95% przedział ufności zostaną obliczone na podstawie dokładnego rozkładu dwumianowego.
|
3 lata
|
|
WSZYSTKIE charakterystyki: sekwencjonowanie nowej generacji
Ramy czasowe: 3 lata
|
Nowo zdiagnozowani WSZYSCY pacjenci w UNMCCC zostaną poddani sekwencjonowaniu nowej generacji (NGS) w momencie wstępnej diagnozy.
NGS (egzomiczny i transkryptomiczny) o wystarczającej głębokości odczytu (500–700x) zostanie zastosowany do wykrycia heterogeniczności klonalnej w momencie diagnozy.
Analiza statystyczna będzie miała przede wszystkim charakter opisowy (np.
zostanie obliczona częstotliwość (proporcja) różnych mutacji).
|
3 lata
|
|
WSZYSTKA charakterystyka: analiza SNP
Ramy czasowe: 3 lata
|
Nowo zdiagnozowani WSZYSCY pacjenci w UNMCCC zostaną poddani molekularnemu określeniu pochodzenia genetycznego (przy użyciu panelu polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (SNP)) w momencie wstępnej diagnozy.
Analiza statystyczna będzie miała przede wszystkim charakter opisowy (np.
zostanie obliczona częstotliwość (proporcja) SNP i grup przodków genetycznych)
|
3 lata
|
Miary wyników drugorzędnych
Miara wyniku |
Opis środka |
Ramy czasowe |
|---|---|---|
|
Związek cech pacjenta z rejestracją do badania
Ramy czasowe: 3 lata
|
Charakterystyka genetyczna i molekularna opisana dla głównych mierników wyniku zostanie podsumowana w przypadku pacjentów włączonych do badań klinicznych NCTN i tych, którzy nie są włączeni do badań klinicznych NCTN.
Porównania dwóch grup (NCTN vs. non-NCTN) zostaną przetestowane przy użyciu podejścia nieparametrycznego, takiego jak test sumy rang Wilcoxona.
|
3 lata
|
|
Związek między rasą/pochodzeniem etnicznym a wynikiem
Ramy czasowe: 3 lata
|
Dane dotyczące czasu do wystąpienia zdarzenia (takie jak przeżycie wolne od progresji (PFS), określone klinicznie) zostaną podsumowane przy użyciu krzywych Kaplana-Meiera wraz z testem log-rank dla grup leczonych, a także rasą/pochodzeniem etnicznym określonym na podstawie molekularnej oceny pochodzenia genetycznego jak opisano w Podstawowej Miarze Wyniku 3. Model wieloczynnikowego proporcjonalnego hazardu Coxa zostanie również zbadany pod kątem PFS ze zmiennymi dotyczącymi leczenia i/lub pochodzenia etnicznego.
|
3 lata
|
|
Możliwość odkrycia cech molekularnych w ALL o znaczeniu terapeutycznym
Ramy czasowe: 3 lata
|
Wykonalność zostanie oceniona poprzez obliczenie następujących statystyk: procent pacjentów włączonych do badań NCTN, procent pacjentów z minimalną chorobą resztkową (MRD), których całkowicie ocenia się w czasie, procent pacjentów, dla których możliwa jest charakterystyka molekularna i która dostarcza informacji w ciągu całego badania kurs leczenia.
Wszystkim oszacowanym proporcjom będą towarzyszyć dokładne 95% przedziały ufności
|
3 lata
|
|
Ocena minimalnej choroby resztkowej (MRD).
Ramy czasowe: 3 lata
|
Minimalna choroba resztkowa z indukcją końcową (MRD) zostanie przeprowadzona przy użyciu testu cytometrii przepływowej zatwierdzonego przez Clinical Laboratory Improvement Improvement (CLIA) w Laboratorium Referencyjnym Children's Oncology Group na Uniwersytecie Waszyngtońskim.
Molekularny MRD zostanie również określony za pomocą głębokiego sekwencjonowania opartego na badaniach.
MRD mierzone wielokrotnie w różnych punktach czasowych zostanie podsumowane przy użyciu statystyk opisowych (wykres słupkowy dla stanu Wysoki i Niski).
Ocenione zostaną powiązania między MRD a grupami leczenia (LAD dodatni w porównaniu z LAD ujemny w grupach leczonych NCTN i nie NCTN), przy użyciu dokładnego testu Chi-Square Pearsona z symulacją Monte Carlo w każdym punkcie czasowym.
|
3 lata
|
Współpracownicy i badacze
Sponsor
Śledczy
- Główny śledczy: Jodi Mayfield, MD, University of New Mexico, Department of Pediatrics
Publikacje i pomocne linki
Daty zapisu na studia
Główne daty studiów
Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)
Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)
Ukończenie studiów (Rzeczywisty)
Daty rejestracji na studia
Pierwszy przesłany
Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości
Pierwszy wysłany (Szacowany)
Aktualizacje rekordów badań
Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)
Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości
Ostatnia weryfikacja
Więcej informacji
Terminy związane z tym badaniem
Słowa kluczowe
Dodatkowe istotne warunki MeSH
Inne numery identyfikacyjne badania
- INST UNM 1503
Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)
Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?
Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .
Badania kliniczne na Białaczka, ostra limfoblastyczna
-
AmgenJeszcze nie rekrutacjaPhiladelphia Chromosome Negative B-cell Precursor Acute Lymphoblastic Leukemia