丛林斑疹伤寒在人类、恙螨和啮齿动物中的临床流行病学

学习规划：

该项目将对一个面临丛林斑疹伤寒风险的人类社区及其环境进行详细调查：

恙螨、啮齿动物和栖息地研究：

跨越不同栖息地的横断面确定恙螨和啮齿动物物种的空间分布。 这将执行 3 次/年。

高分辨率栖息地测绘。 使用尝试的 WGS 比较在不同环境中检测到的恙虫病的基因组。

村庄队列研究：

在 2 年多的时间里跟踪一组村民，筛查所有发热患者是否患有恙虫病，并确定血清转化率和感染恙虫病的 O. tsutsugamushi 基因型。

手续：

• 螨虫：

与生态学/GIS 合作者合作，绘制社区环境图，并横切社区使用的不同栖息地。 使用 Berlese 漏斗从土壤中和啮齿动物中使用黑色塑料板和黑色布21收集自由生活的螨虫。 将 Trombiculid 螨鉴定为属，将亚群鉴定为种。

将从个体恙螨中提取 DNA，并对恙虫病的阳性进行 qPCR 筛选（针对 47kDa 基因的实时 PCR）。 一部分已确认的阳性将通过全基因组测序 (WGS) 进行基因分型。

• 啮齿动物：

啮齿动物将沿着横断面被活捉，并与蒙彼利埃大学合作进行鉴定24。 从啮齿动物中去除所有螨虫，杀死啮齿动物并收集啮齿动物的脾脏和肝脏用于恙虫病蛔虫 qPCR 筛选。 一部分恙虫病恙虫病阳性样本将通过尝试 WGS 或扩展 MLST 分析进行基因分型。

• 人类队列：

将联系社区中的所有人员（> 10 岁）并征求他们的参与同意。 所有登记的人都将在 2 年内每 4 个月进行一次恙虫病 ELISA/IFA（从手指采血滤纸血斑），以估计血清转化率和动态。 每次访问时都会进行一份简短的问卷调查，以确定参与者在过去 4 个月内是否患有发热性疾病。

因发热性疾病到当地医疗机构就诊的患者将接受临床评估，并进行现场恙虫病 IgM 快速诊断测试 (RDT)。 RDT 阳性患者将被招募到研究中，并将成对的急性/恢复期样本送到 LOMWRU 进行 ELISA、qPCR 和 BSL3 培养，然后通过尝试 WGS 进行基因分型。 将对招募的患者进行问卷调查，以确定记录的症状和生命体征。

流行病学与生态学：

确切的样本采集地点和栖息地细节将被记录下来。

基因组分析：

为了表征多种菌株/基因型感染宿主中高度多样化的恙虫病蛔虫基因型之间的关系，一定比例的 qPCR 阳性（约 480 个样本）将在牛津的 WTCHG 通过全基因组测序进行分析。