L'epidemiologia clinica del tifo da macchia negli esseri umani, nei pulcini e nei roditori

Disegno dello studio:

Il progetto intraprenderà un'indagine dettagliata su una comunità umana, e il suo ambiente, a rischio di tifo da macchia:

Chigger, roditori e studio dell'habitat:

Transetta attraverso diversi habitat determinando la distribuzione spaziale delle specie di chigger e roditori. Questo sarà eseguito 3 volte all'anno.

Mappatura dell'habitat ad alta risoluzione. Confronto di genomi di O. tsutsugamushi rilevati in ambienti diversi, utilizzando tentativi di WGS.

Studio di coorte del villaggio:

Segui una coorte di abitanti del villaggio per oltre 2 anni che esamina tutti i pazienti febbrili per il tifo da macchia e determina i tassi di sieroconversione e infetta i genotipi di O. tsutsugamushi.

Procedure:

• Acari:

Lavorando con i collaboratori di ecologia/GIS, l'ambiente della comunità sarà mappato e verranno tracciati transetti attraverso i diversi habitat utilizzati dalla comunità. Gli acari a vita libera saranno raccolti con piatti di plastica nera e panno nero21, dal terreno mediante imbuti berlesi e dai roditori. Gli acari trombiculidi saranno identificati per genere e un sottoinsieme per specie.

Il DNA sarà estratto dai singoli pulcini e verrà eseguito lo screening qPCR per la positività di O. tsutsugamushi (PCR in tempo reale mirata al gene 47kDa). Una parte dei positivi confermati sarà sottoposta a genotipizzazione mediante tentativo di sequenziamento dell'intero genoma (WGS).

• Roditori:

I roditori saranno catturati vivi lungo i transetti e identificati in collaborazione con l'Università di Montpellier24. Tutti gli acari saranno rimossi dai roditori, i roditori uccisi e la milza e il fegato dei roditori raccolti per lo screening qPCR di O. tsutsugamushi. Una percentuale di campioni positivi per O. tsutsugamushi sarà sottoposta a genotipizzazione mediante analisi WGS o analisi MLST estesa.

• Coorte umana:

Tutti i membri della comunità (>10 anni) saranno avvicinati e verrà loro chiesto il consenso a partecipare. Tutti gli iscritti verranno sottoposti a scrub ELISA/IFA per il tifo (da macchie di sangue su carta da filtro con puntura del dito) eseguito ogni 4 mesi per 2 anni per stimare i tassi e la dinamica della sieroconversione. Ad ogni visita verrà somministrato un breve questionario per determinare se il partecipante ha avuto una malattia febbrile nei 4 mesi precedenti.

I pazienti che si presentano con una malattia febbrile alle strutture sanitarie locali saranno valutati clinicamente ed eseguito un test diagnostico rapido (RDT) di scrub tifo IgM in loco. I pazienti positivi per RDT verranno reclutati nello studio e campioni accoppiati acuti / convalescenti inviati a LOMWRU per ELISA, qPCR e coltura BSL3, seguita da genotipizzazione mediante tentativo di WGS. Verrà somministrato un questionario ai pazienti reclutati per determinare la sintomatologia e i segni vitali registrati.

Epidemiologia ed ecologia:

Verranno registrati i luoghi esatti della raccolta dei campioni e i dettagli dell'habitat.

Analisi genomiche:

Per caratterizzare le relazioni tra genotipi di O. tsutsugamushi altamente diversificati in ospiti con infezione da più ceppi/genotipi, una percentuale di qPCR positivi (ca. 480 campioni) saranno analizzati mediante sequenziamento dell'intero genoma al WTCHG di Oxford.