De klinische epidemiologie van scrubtyfus bij mensen, vlooien en knaagdieren

Studie ontwerp:

Het project zal een gedetailleerd onderzoek uitvoeren van één menselijke gemeenschap en haar omgeving die het risico loopt op scrubtyfus:

Chiggers, knaagdieren en habitatstudie:

Doorsnijdt verschillende habitats en bepaalt de ruimtelijke verspreiding van soorten vlooien en knaagdieren. Dit wordt 3x/jaar uitgevoerd.

Habitatkartering met hoge resolutie. Vergelijking van genomen van O. tsutsugamushi gedetecteerd in verschillende omgevingen, met behulp van geprobeerde WGS.

Dorpscohortstudie:

Volg een cohort van dorpelingen gedurende 2 jaar waarbij alle koortspatiënten worden gescreend op scrubtyfus en de seroconversiepercentages worden bepaald en O. tsutsugamushi-genotypes worden geïnfecteerd.

Procedures:

• Mijten:

In samenwerking met ecologie/GIS-medewerkers zal de omgeving van de gemeenschap in kaart worden gebracht en dwarsdoorsneden worden aangelegd over de diverse habitats die door de gemeenschap worden gebruikt. Vrijlevende mijten zullen worden verzameld met zwarte plastic platen en zwarte doek21, uit grond met behulp van Berlese trechters en bij knaagdieren. Trombiculide mijten zullen geïdentificeerd worden naar geslacht en een subgroep naar soort.

DNA zal worden geëxtraheerd uit individuele chiggers, en qPCR-screening voor O. tsutsugamushi-positiviteit zal worden uitgevoerd (real-time PCR gericht op 47kDa-gen). Een deel van de bevestigde positieven zal genotypering ondergaan door middel van poging tot sequentiebepaling van het gehele genoom (WGS).

• knaagdieren:

Knaagdieren zullen langs transecten levend worden gevangen en geïdentificeerd in samenwerking met de Universiteit van Montpellier24. Alle mijten zullen bij knaagdieren worden verwijderd, de knaagdieren worden gedood en de milt en lever van knaagdieren worden verzameld voor O. tsutsugamushi qPCR-screening. Een deel van de O. tsutsugamushi-positieve monsters zal genotypering ondergaan door middel van een poging tot WGS of uitgebreide MLST-analyse.

• Menselijke cohort:

Iedereen in de gemeenschap (> 10 jaar oud) zal worden benaderd en om toestemming worden gevraagd om deel te nemen. Bij alle ingeschrevenen wordt gedurende 2 jaar om de 4 maanden elke 4 maanden een ELISA/IFA-scrubtyfusbehandeling (van bloedvlekken met een vingerprik) uitgevoerd om de snelheid en dynamiek van seroconversie te schatten. Bij elk bezoek wordt een korte vragenlijst afgenomen om te bepalen of de deelnemer in de voorgaande 4 maanden koorts heeft gehad.

Patiënten die zich met een koortsachtige ziekte presenteren aan lokale zorginstellingen, zullen klinisch worden beoordeeld en ter plaatse zal een scrubtyfus IgM snelle diagnostische test (RDT) worden uitgevoerd. RDT-positieve patiënten zullen worden gerekruteerd voor het onderzoek en gepaarde acute/revaliderende monsters zullen naar LOMWRU worden gestuurd voor ELISA-, qPCR- en BSL3-kweek, gevolgd door genotypering door een poging tot WGS. Een vragenlijst zal worden toegediend aan gerekruteerde patiënten om de geregistreerde symptomen en vitale functies te bepalen.

Epidemiologie & Ecologie:

De exacte monsterverzamellocaties en habitatdetails zullen worden vastgelegd.

Genomische analyses:

Om de relaties tussen zeer diverse O. tsutsugamushi genotypen in hosts met meerdere stammen/genotype-infecties te karakteriseren, is een deel van de qPCR-positieven (ong. 480 monsters) zullen worden geanalyseerd door middel van sequentiebepaling van het hele genoom bij WTCHG in Oxford.