L'épidémiologie clinique du typhus des broussailles chez les humains, les aoûtats et les rongeurs
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Description détaillée
Étudier le design:
Le projet entreprendra une enquête détaillée sur une communauté humaine, et son environnement, à risque de typhus des broussailles :
Aoûtats, rongeurs et étude de l'habitat :
Transects à travers divers habitats déterminant la répartition spatiale des espèces d'aoûtats et de rongeurs. Celle-ci sera effectuée 3x/an.
Cartographie de l'habitat à haute résolution. Comparaison des génomes d'O. tsutsugamushi détectés dans différents environnements, à l'aide d'une tentative de WGS.
Étude de cohorte villageoise :
Suivez une cohorte de villageois sur 2 ans en dépistant tous les patients fébriles pour le typhus des broussailles et en déterminant les taux de séroconversion et en infectant les génotypes O. tsutsugamushi.
Procédures:
- Acariens :
En collaboration avec des collaborateurs en écologie/SIG, l'environnement de la communauté sera cartographié et des transects tracés à travers les divers habitats utilisés par la communauté. Les acariens libres seront collectés avec des assiettes en plastique noir et un chiffon noir21, sur le sol à l'aide d'entonnoirs de Berlese et sur les rongeurs. Les acariens trombiculidés seront identifiés par genre et un sous-ensemble par espèce.
L'ADN sera extrait d'aoûtats individuels et le dépistage par qPCR de la positivité d'O. tsutsugamushi sera effectué (PCR en temps réel ciblant le gène de 47 kDa). Une proportion des positifs confirmés subira un génotypage par une tentative de séquençage du génome entier (WGS).
- Rongeurs :
Les rongeurs seront capturés vivants le long de transects et identifiés en collaboration avec l'Université de Montpellier24. Tous les acariens seront retirés des rongeurs, les rongeurs tués et la rate et le foie des rongeurs collectés pour le dépistage qPCR d'O. tsutsugamushi. Une proportion d'échantillons positifs pour O. tsutsugamushi subira un génotypage par une tentative d'analyse WGS ou une analyse MLST étendue.
- Cohorte humaine :
Tous les membres de la communauté (> 10 ans) seront approchés et invités à consentir à participer. Tous les inscrits subiront un test ELISA/IFA contre le typhus (à partir de gouttes de sang sur papier filtre par piqûre au doigt) tous les 4 mois pendant 2 ans pour estimer les taux et la dynamique de la séroconversion. Un bref questionnaire sera administré à chaque visite pour déterminer si le participant a eu une maladie fébrile au cours des 4 mois précédents.
Les patients présentant une maladie fébrile dans les établissements de santé locaux seront évalués cliniquement et un test de diagnostic rapide (TDR) du typhus des broussailles IgM sera effectué sur place. Les patients positifs au TDR seront recrutés dans l'étude et des échantillons appariés aigus/convalescents seront envoyés au LOMWRU pour ELISA, qPCR et culture BSL3, suivis d'un génotypage par tentative de WGS. Un questionnaire sera administré aux patients recrutés pour déterminer la symptomatologie et les signes vitaux enregistrés.
Epidémiologie & Ecologie :
Les lieux exacts de collecte des échantillons et les détails de l'habitat seront enregistrés.
Analyses génomiques :
Pour caractériser les relations entre les génotypes très divers d'O. tsutsugamushi chez plusieurs hôtes infectés par plusieurs souches/génotypes, une proportion de qPCR positifs (env. 480 échantillons) seront analysés par séquençage du génome entier au WTCHG à Oxford.
Type d'étude
Inscription (Anticipé)
Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
Accepte les volontaires sains
Sexes éligibles pour l'étude
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
Groupe 1 Homme ou Femme, âgé de 10 ans ou plus, présentant de la fièvre
Groupe 2 Homme ou Femme, âgé de 10 ans ou plus, vivant dans un environnement de typhus maquis identifié
La description
Critère d'intégration:
Typhus aigu des broussailles (Groupe 1)
- Se présentant avec de la fièvre> 38 C et test positif par le TDR du typhus des broussailles.
- Homme ou Femme, âgé de 10 ans ou plus.
- Le participant est disposé et capable de donner son consentement éclairé pour participer à l'étude.
Enquête sérologique sur le typhus des broussailles (groupe 2)
- Villageois vivant dans un milieu où la présence du typhus des broussailles est connue, qui sont asymptomatiques.
- Homme ou Femme, âgé de 10 ans ou plus.
- Le participant est disposé et capable de donner son consentement éclairé pour participer à l'étude.
Critère d'exclusion:
Typhus aigu des broussailles (Groupe 1)
- Villageois/patients de moins de 10 ans.
- Ceux qui refusent de donner un consentement éclairé écrit.
Enquête sérologique sur le typhus des broussailles (groupe 2)
- Villageois/patients de moins de 10 ans.
- Ceux qui refusent de donner un consentement éclairé écrit.
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
- Modèles d'observation: Cohorte
- Perspectives temporelles: Éventuel
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
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Typhus aigu des broussailles (Groupe 1)
Les participants présentant de la fièvre seront verbalement consentis pour un TDR du typhus des broussailles, en utilisant
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Enquête sérologique sur le typhus des broussailles (groupe 2)
Les villageois qui vivent dans un environnement de typhus maquis identifié seront informés de l'étude et invités à donner leur consentement éclairé par écrit.
S'ils acceptent de participer à l'étude, il leur sera demandé de faire un test de tache de sang séché (DBS) par piqûre au doigt sur lequel les tests ELISA et IFA pour le typhus seront effectués.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Délai |
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déterminer la diversité des génotypes d'O. tsutsugamushi infectant les rongeurs et les acariens et les relier à leur répartition géographique et aux caractéristiques associées de l'habitat.
Délai: jusqu'à 24 mois
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jusqu'à 24 mois
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Corréler la fréquence d'O. tsutsugamushi chez les acariens et les rongeurs avec les caractéristiques de l'habitat, pour définir les interactions entre la distribution et la dynamique de transmission.
Délai: jusqu'à 24 mois
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jusqu'à 24 mois
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Identifier les principaux vecteurs d'acariens et les hôtes de rongeurs impliqués dans l'histoire naturelle du typhus des broussailles, l'infection humaine et la virulence de la maladie
Délai: jusqu'à 24 mois
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jusqu'à 24 mois
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Délai |
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Déterminer les changements dans les titres d'anticorps contre le typhus des broussailles au fil du temps et identifier les cas d'infection aiguë de typhus des broussailles
Délai: jusqu'à 24 mois
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jusqu'à 24 mois
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Identifier les génotypes d'O. tsutsugamushi d'origine humaine pour définir les relations génomiques entre les génotypes humains, de rongeurs et d'acariens.
Délai: jusqu'à 24 mois
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jusqu'à 24 mois
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Identifier les déterminants putatifs de l'infection/virulence humaine
Délai: jusqu'à 24 mois
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jusqu'à 24 mois
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Interconnecter la distribution des acariens positifs pour O. tsutsugamushi, les rongeurs et les humains avec les caractéristiques de l'habitat pour proposer des interventions visant à réduire le risque de maladie humaine.
Délai: jusqu'à 24 mois
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jusqu'à 24 mois
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Collaborateurs et enquêteurs
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Réel)
Achèvement de l'étude (Réel)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Estimation)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- OxTREC no. 48-15
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
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