Den kliniska epidemiologin av skrubbtyfus hos människor, chiggers och gnagare

Studera design:

Projektet kommer att genomföra en detaljerad undersökning av ett mänskligt samhälle och dess miljö, som riskerar att drabbas av tyfus:

Chiggers, gnagare och habitatstudie:

Transekter över olika livsmiljöer som bestämmer rumslig fördelning av arter av chiggers och gnagare. Detta kommer att utföras 3 gånger/år.

Högupplöst habitatkartläggning. Jämförelse av genom av O. tsutsugamushi upptäckt i olika miljöer, med hjälp av försök med WGS.

Bykohortstudie:

Följ en kohort av bybor över 2 år som screenar alla febrila patienter för skrubbtyfus och bestämmer serokonversionsfrekvenser och infekterar O. tsutsugamushi-genotyper.

Tillvägagångssätt:

• Kvalster:

Genom att arbeta med ekologi/GIS-samarbetspartners kommer samhällets miljö att kartläggas och transekter läggas över de olika livsmiljöer som används av samhället. Fritt levande kvalster kommer att samlas in med svarta plastplattor och svart duk21, från jord med hjälp av Berlese-trattar och från gnagare. Trombiculid kvalster kommer att identifieras till släktet och en undergrupp till arter.

DNA kommer att extraheras från individuella chiggers och qPCR-screening för O. tsutsugamushi-positivitet utförs (realtids-PCR riktad mot 47kDa-genen). En andel av de bekräftade positiva kommer att genomgå genotypning genom försök med helgenomsekvensering (WGS).

• Gnagare:

Gnagare kommer att fångas levande längs transekter och identifieras i samarbete med University of Montpellier24. Alla kvalster kommer att avlägsnas från gnagare, gnagarna dödas och gnagarens mjälte och lever samlas in för O. tsutsugamushi qPCR-screening. En del av O. tsutsugamushi-positiva prover kommer att genomgå genotypning genom försök med WGS eller utökad MLST-analys.

• Mänsklig kohort:

Alla i samhället (>10 år) kommer att kontaktas och ombeds om samtycke för att delta. Alla inskrivna kommer att ha scrubtyfus ELISA/IFA (från fingerstickade filterpappersblodfläckar) utförd var 4:e månad under 2 år för att uppskatta hastigheten och dynamiken för serokonversion. Ett kort frågeformulär kommer att administreras vid varje besök för att avgöra om deltagaren hade febersjukdom under de föregående 4 månaderna.

Patienter som uppvisar febersjukdom till lokala sjukvårdsinrättningar kommer att utvärderas kliniskt och ett snabbt diagnostiskt test av tyfus IgM (RDT) på plats utföras. RDT-positiva patienter kommer att rekryteras till studien, och parade akuta/konvalescenta prover skickas till LOMWRU för ELISA, qPCR och BSL3-odling, följt av genotypning av försök med WGS. Ett frågeformulär kommer att administreras till rekryterade patienter för att fastställa symptomatologi och registrerade vitala tecken.

Epidemiologi och ekologi:

De exakta provinsamlingsplatserna och habitatdetaljerna kommer att registreras.

Genomiska analyser:

För att karakterisera relationerna mellan mycket olika O. tsutsugamushi genotyper i multipla stam/genotyp-infekterade värdar en andel qPCR-positiva (ca. 480 prover) kommer att analyseras genom helgenomsekvensering vid WTCHG i Oxford.