La epidemiología clínica del tifus de los matorrales en humanos, niguas y roedores

Diseño del estudio:

El proyecto emprenderá una investigación detallada de una comunidad humana, y su entorno, en riesgo de tifus de los matorrales:

Niguas, roedores y estudio de hábitat:

Transectos a través de diversos hábitats que determinan la distribución espacial de especies de niguas y roedores. Esto se realizará 3 veces al año.

Mapeo de hábitats de alta resolución. Comparación de genomas de O. tsutsugamushi detectados en diferentes ambientes, mediante intento de WGS.

Estudio de cohorte de la aldea:

Siga una cohorte de aldeanos durante 2 años examinando a todos los pacientes febriles para el tifus de los matorrales y determinando las tasas de seroconversión e infectando los genotipos de O. tsutsugamushi.

Procedimientos:

• Ácaros:

Trabajando con colaboradores de ecología/GIS, se cartografiará el entorno de la comunidad y se trazarán transectos a través de los diversos hábitats utilizados por la comunidad. Los ácaros de vida libre se recolectarán con placas de plástico negro y tela negra21, del suelo mediante embudos Berlese y de roedores. Los ácaros trombiculidos se identificarán por género y un subconjunto por especie.

El ADN se extraerá de niguas individuales y se realizará una prueba de qPCR para O. tsutsugamushi-positividad (PCR en tiempo real dirigida al gen 47kDa). Una proporción de los positivos confirmados se someterá a genotipificación mediante un intento de secuenciación del genoma completo (WGS).

• Roedores:

Los roedores serán capturados vivos a lo largo de transectos e identificados en colaboración con la Universidad de Montpellier24. Se eliminarán todos los ácaros de los roedores, se sacrificarán los roedores y se recolectarán el bazo y el hígado de los roedores para la detección mediante qPCR de O. tsutsugamushi. Una proporción de las muestras positivas para O. tsutsugamushi se someterán a genotipificación mediante un intento de WGS o un análisis MLST ampliado.

• Cohorte humana:

Todos los miembros de la comunidad (> 10 años) serán abordados y se les pedirá su consentimiento para participar. A todos los inscritos se les realizará ELISA/IFA (a partir de muestras de sangre en papel de filtro para el tifus de los dedos) para el tifus de los matorrales cada 4 meses durante 2 años para estimar las tasas y la dinámica de la seroconversión. Se administrará un breve cuestionario en cada visita para determinar si el participante tuvo una enfermedad febril en los 4 meses anteriores.

Los pacientes que se presenten con una enfermedad febril en los centros de salud locales serán evaluados clínicamente y se realizará una prueba de diagnóstico rápido (RDT) de IgM contra el tifus en el lugar. Los pacientes con RDT positivo serán reclutados para el estudio y se enviarán muestras pareadas agudas/convalecientes a LOMWRU para cultivo ELISA, qPCR y BSL3, seguido de genotipado por intento de WGS. Se administrará un cuestionario a los pacientes reclutados para determinar la sintomatología y los signos vitales registrados.

Epidemiología y ecología:

Se registrarán los lugares exactos de recolección de muestras y los detalles del hábitat.

Análisis genómicos:

Para caracterizar las relaciones entre genotipos de O. tsutsugamushi altamente diversos en huéspedes infectados con múltiples cepas/genotipos, una proporción de qPCR positivos (aprox. 480 muestras) se analizarán mediante secuenciación del genoma completo en WTCHG en Oxford.