破译超越基因组学的自闭症谱系障碍
2022年9月23日 更新者：National Taiwan University Hospital
破解基因组学之外的自闭症谱系障碍：全外显子组测序、代谢组学和表型的 AI 学习
研究人员提出，结合ASD患者的基因表达、序列变异和代谢状况等数据，从基因组学、代谢组学和网络生物学的角度研究自闭症谱系障碍（ASD）的分子病因学。
由于 ASD 的复杂性，研究人员考虑了基于科学和基于临床的测量，以确保不会遗漏复杂关系的任何相关领域。
除了生物因素的收集外，研究者还将收集综合的临床、环境、神经认知、MRI图像，将多种因素整合成矩阵特征。
最后，研究人员将应用机器学习为我们提供下划线通路的方面，回到作为开放数据集发布的其他样本分布中，以验证和调整特征，以达到令人满意的算法可靠性和稳定性水平。
借助下一代测序 (NGS) 技术，研究人员将对大约 120 名 ASD 先证者、40 名未受影响的兄弟姐妹和 40 名台湾汉族人群的健康对照进行全外显子组测序 (WES)（MiSeq 系统）测序，以确定与 ASD 相关的转录组概况。
结果将使用实时荧光定量 PCR（qPCR）或常规 Sanger 测序进行验证。
研究人员将使用液相色谱/飞行时间质谱 (LC-MS) 和气相色谱/四极杆质谱 (GC-MS) 对范围广泛的代谢物进行全面评估，其中包括 820 多种代谢物。
因此，这项为期3年的提案包括两个主要部分——通过NGS技术进行的ASD转录组序列分析和通过LC-MS和GC-MS技术对ASD进行代谢组学研究。
研究概览
详细说明
主要目标：利用生物变量（NGS数据和代谢组学）综合数据和综合临床、环境、神经认知和MRI图像的机器学习方法，建立ASD稳定可靠的神经发生分子水平通路和潜在发病机制数据。
- 从该项目收集的多个领域调查大多数候选风险因素；
- 应用基于网络的算法（包括深度学习）来研究 ASD 的潜在发病机制；
- 基于本项目收集的数据，通过其他开放存取数据库进一步验证机器学习算法的稳定性和可靠性。
次要目标：
目标 I：使用 NGS 技术识别 ASD 生物标志物和疾病机制。
- 调查 ASD 患者的转录组概况；
- 从网络生物学的角度识别 ASD 相关的外显子组序列变异；
- 识别 ASD 相关的基因-基因相互作用子网络；和
- 探索测序结果如何调节大脑结构和功能并与之相互作用，甚至与神经心理功能和行为表型相关联。
目标 II：表征受 ASD 影响的代谢物。
- 通过使用LC-MS和GC-MS，我们将进行代谢组学分析，包括靶向和非靶向分析；
- 确定与 ASD 患者的行为表型、神经心理功能、神经解剖学和脑功能相关的潜在代谢组学概况和途径；和
- 确定如何通过基因表达来操纵代谢物方差分布。
研究类型
观察性的
注册 (实际的)
200
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习地点
-
-
-
Taipei、台湾
- National Taiwan Univeristy Hospital
-
-
参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
3年 至 20年 (孩子、成人)
接受健康志愿者
不
有资格学习的性别
全部
取样方法
非概率样本
研究人群
本研究将招募 (1) 120 名根据转录组 NGS 的 DSM-5 诊断标准和台湾大学医院 (NTUH) 儿童心理健康中心的代谢物概况临床诊断为 ASD 的患者； (2) 40 个未受影响的 ASD 先证者兄弟姐妹 (SIB)； (3) 40 名健康年龄/性别匹配的 TD 对照，根据中国 K-SADS-E-DSM-5 访谈后 ASD 组的年龄和社区分布。
描述
纳入标准：
- 由董事会认证的儿童精神病学家在第一次访问和后续访问中做出的 DSM-5 定义的 ASD 临床诊断
- 年龄范围从 3 到 20
- 至少一位亲生父母
- 父母都是台湾人
- 受试者及其亲生父母同意参与本研究以进行完整的表型评估和为本研究抽血。
排除标准：
- 精神分裂症
- 分裂情感障碍
- 器质性精神病。
- 患有脆性 X、智力障碍、癫痫、多动症和自身免疫性疾病的先证者将被注意到。
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
队列和干预
团体/队列 |
干预/治疗 |
|---|---|
|
自闭症组
120例根据DSM-5诊断标准临床诊断为ASD的患者
|
DSM-5 儿童情感障碍和精神分裂症时间表 (K-SADS)
|
|
未受影响的 ASD 兄弟姐妹
40 个未受影响的 ASD 先证者兄弟姐妹
|
DSM-5 儿童情感障碍和精神分裂症时间表 (K-SADS)
|
|
TD集团
40 名健康年龄/性别匹配的 TD 对照，根据中国 K-SADS-E-DSM-5 访谈后 ASD 组的年龄和社区分布
|
DSM-5 儿童情感障碍和精神分裂症时间表 (K-SADS)
|
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
|
ASD 相关的转录组概况
大体时间：基线
|
借助下一代测序 (NGS) 技术，研究人员将对大约 120 名 ASD 先证者、40 名未受影响的兄弟姐妹和 40 名台湾汉族人群的健康对照进行全外显子组测序 (WES)（MiSeq 系统）测序，以确定与 ASD 相关的转录组概况。
|
基线
|
合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2018年8月1日
初级完成 (实际的)
2021年12月31日
研究完成 (实际的)
2021年12月31日
研究注册日期
首次提交
2018年9月17日
首先提交符合 QC 标准的
2018年9月17日
首次发布 (实际的)
2018年9月19日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2022年9月26日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2022年9月23日
最后验证
2022年9月1日
更多信息
与本研究相关的术语
其他相关的 MeSH 术语
其他研究编号
- 201801044RINC
药物和器械信息、研究文件
研究美国 FDA 监管的药品
不
研究美国 FDA 监管的设备产品
不
此信息直接从 clinicaltrials.gov 网站检索，没有任何更改。如果您有任何更改、删除或更新研究详细信息的请求，请联系 register@clinicaltrials.gov. clinicaltrials.gov 上实施更改，我们的网站上也会自动更新.