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Entschlüsselung der Autismus-Spektrum-Störung über die Genomik hinaus

23. September 2022 aktualisiert von: National Taiwan University Hospital

Entschlüsselung der Autismus-Spektrum-Störung über die Genomik hinaus: KI-Lernen für Sequenzierung, Metabolomik und Phänotyp des gesamten Exoms

Die Forscher schlagen vor, die molekulare Ätiologie der Autismus-Spektrum-Störung (ASD) aus einer genomischen, metabolomischen und netzwerkbiologischen Perspektive zu untersuchen, indem sie Daten der Genexpression, Sequenzvariationen und Stoffwechselbedingungen von Patienten mit ASD kombinieren. Angesichts der Komplexität von ASD berücksichtigen die Forscher sowohl wissenschaftlich fundierte als auch klinikbasierte Messungen, um sicherzustellen, dass kein relevanter Bereich der komplexen Beziehungen fehlt. Zusätzlich zur Sammlung biologischer Faktoren werden die Forscher auch umfassende klinische, umweltbezogene, neurokognitive MRT-Bilder sammeln, um die mehreren Faktoren in die Matrixmerkmale zu integrieren. Schließlich werden die Forscher das maschinelle Lernen anwenden, um uns die Aspekte des Unterstreichungspfads zurück in die andere als offener Datensatz veröffentlichte Stichprobenverteilung zu liefern, um die Merkmale zu überprüfen und anzupassen, um ein zufriedenstellendes Maß an Zuverlässigkeit und Stabilität der Algorithmen zu erreichen. Mit der Next Generation Sequencing (NGS)-Technologie werden die Forscher die gesamte Exomsequenzierung (WES) (MiSeq-System) von etwa 120 ASD-Probanden, 40 nicht betroffenen Geschwistern und 40 gesunden Kontrollpersonen der taiwanesischen Han-Bevölkerung sequenzieren, um ASD-assoziierte Transkriptomprofile zu identifizieren. Die Ergebnisse werden mittels Echtzeit-PCR (qPCR) oder konventioneller Sanger-Sequenzierung verifiziert. Die Forscher werden sowohl Flüssigkeitschromatographie/Flugzeit-Massenspektrometrie (LC-MS) als auch Gaschromatographie/Quadrupol-Massenspektrometrie (GC-MS) für eine vollständige Bewertung einer breiten Palette von Metaboliten mit über 820 Metaboliten verwenden. Daher besteht dieser dreijährige Vorschlag aus zwei Hauptteilen – der ASD-Transkriptomsequenzanalyse mittels NGS-Technologie und der Metabolomics-Studie von ASD mittels LC-MS- und GC-MS-Technologie.

Studienübersicht

Status

Abgeschlossen

Intervention / Behandlung

Detaillierte Beschreibung

Hauptziel: Etablierung stabiler und zuverlässiger Wege der Neurogenese auf molekularer Ebene und potenzieller Pathogenesemechanismen für ASD durch Verwendung des maschinellen Lernansatzes der integrierten Daten biologischer Variablen (NGS-Daten und Metabolomik) und der umfassenden klinischen, umweltbezogenen, neurokognitiven und MRT-Bilder Daten.

  1. Untersuchung der Mehrzahl möglicher Risikofaktoren aus den verschiedenen in diesem Projekt gesammelten Bereichen;
  2. Anwendung netzwerkbasierter Algorithmen (einschließlich Deep Learning), um den zugrunde liegenden Pathogenesemechanismus von ASD zu untersuchen;
  3. Weitere Überprüfung des maschinellen Lernalgorithmus basierend auf den in diesem Projekt gesammelten Daten durch andere Open-Access-Datenbanken auf Stabilität und Zuverlässigkeit unseres Algorithmus.

Sekundäre Ziele:

Ziel I: Identifizierung der ASD-Biomarker und Krankheitsmechanismen mithilfe der NGS-Technologie.

  1. Untersuchung der Transkriptomprofile, die bei ASD-Patienten auftreten;
  2. Identifizierung von ASD-assoziierten Exomsequenzvariationen aus netzwerkbiologischer Sicht;
  3. Identifizierung von ASD-assoziierten Gen-Gen-Interaktions-Subnetzwerken; Und
  4. Es soll untersucht werden, wie die Sequenzierungsergebnisse die Struktur und Funktion des Gehirns regulieren und mit ihnen interagieren und sogar mit neuropsychologischen Funktionen und Verhaltensphänotypen in Verbindung stehen.

Ziel II: Charakterisierung von ASD-beeinträchtigten Metaboliten.

  1. Mithilfe von LC-MS und GC-MS führen wir Metabolomics-Analysen durch, einschließlich gezielter und ungezielter Analysen.
  2. Um die potenziellen Metabolomics-Profile und -Pfade im Zusammenhang mit Verhaltensphänotypen, neuropsychologischen Funktionen, Neuroanatomie und Gehirnfunktionen bei Patienten mit ASD zu identifizieren; Und
  3. Um zu identifizieren, wie die Varianzverteilungen der Metaboliten durch die genetischen Ausdrücke manipuliert werden.

Studientyp

Beobachtungs

Einschreibung (Tatsächlich)

200

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienorte

      • Taipei, Taiwan
        • National Taiwan Univeristy Hospital

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

3 Jahre bis 20 Jahre (Kind, Erwachsene)

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Nein

Studienberechtigte Geschlechter

Alle

Probenahmeverfahren

Nicht-Wahrscheinlichkeitsprobe

Studienpopulation

Diese Studie wird (1) 120 Patienten mit klinischer ASD-Diagnose gemäß den DSM-5-Diagnosekriterien für das Transkriptom-NGS und die Metabolitenprofile des Children's Mental Health Center am National Taiwan University Hospital (NTUH) rekrutieren; (2) 40 nicht betroffene Geschwister (SIB) von ASD-Probanden; und (3) 40 gesunde alters-/geschlechtsangepasste TD-Kontrollen gemäß Alters- und Nachbarschaftsverteilung der ASD-Gruppe nach Befragung durch den chinesischen K-SADS-E-DSM-5.

Beschreibung

Einschlusskriterien:

  • eine durch das DSM-5 definierte klinische Diagnose von ASD, die von staatlich geprüften Kinderpsychiatern beim ersten Besuch und bei den folgenden Besuchen gestellt wird
  • Das Alter liegt zwischen 3 und 20 Jahren
  • mindestens ein leiblicher Elternteil
  • Eltern, die beide Taiwanesen sind
  • Die Probanden und ihre leiblichen Eltern stimmen der Teilnahme an dieser Studie zur vollständigen Beurteilung des Phänotyps und zur Blutentnahme für diese Studie zu.

Ausschlusskriterien:

  • Schizophrenie
  • schizoaffektiven Störung
  • organische Psychose.
  • Probanden mit fragilem X, geistiger Behinderung, Epilepsie, ADHS und Autoimmunerkrankungen werden berücksichtigt.

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

Kohorten und Interventionen

Gruppe / Kohorte
Intervention / Behandlung
ASD-Gruppe
120 Patienten mit klinischer Diagnose von ASD gemäß den DSM-5-Diagnosekriterien
Kiddie-Zeitplan für affektive Störungen und Schizophrenie (K-SADS) für DSM-5
Nicht betroffene Geschwister von ASD
40 nicht betroffene Geschwister von ASD-Probanden
Kiddie-Zeitplan für affektive Störungen und Schizophrenie (K-SADS) für DSM-5
TD-Gruppe
40 gesunde alters-/geschlechtsangepasste TD-Kontrollen gemäß Alters- und Nachbarschaftsverteilung der ASD-Gruppe nach Befragung durch den chinesischen K-SADS-E-DSM-5
Kiddie-Zeitplan für affektive Störungen und Schizophrenie (K-SADS) für DSM-5

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
ASD-assoziierte Transkriptomprofile
Zeitfenster: Grundlinie
Mit der Next Generation Sequencing (NGS)-Technologie werden die Forscher die gesamte Exomsequenzierung (WES) (MiSeq-System) von etwa 120 ASD-Probanden, 40 nicht betroffenen Geschwistern und 40 gesunden Kontrollpersonen der taiwanesischen Han-Bevölkerung sequenzieren, um ASD-assoziierte Transkriptomprofile zu identifizieren.
Grundlinie

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Tatsächlich)

1. August 2018

Primärer Abschluss (Tatsächlich)

31. Dezember 2021

Studienabschluss (Tatsächlich)

31. Dezember 2021

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

17. September 2018

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

17. September 2018

Zuerst gepostet (Tatsächlich)

19. September 2018

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Tatsächlich)

26. September 2022

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

23. September 2022

Zuletzt verifiziert

1. September 2022

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt

Nein

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt

Nein

Diese Informationen wurden ohne Änderungen direkt von der Website clinicaltrials.gov abgerufen. Wenn Sie Ihre Studiendaten ändern, entfernen oder aktualisieren möchten, wenden Sie sich bitte an register@clinicaltrials.gov. Sobald eine Änderung auf clinicaltrials.gov implementiert wird, wird diese automatisch auch auf unserer Website aktualisiert .

Klinische Studien zur Autismus-Spektrum-Störung

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