Decifrando o transtorno do espectro autista além da genômica
23 de setembro de 2022 atualizado por: National Taiwan University Hospital
Decifrando o transtorno do espectro autista além da genômica: aprendizado de IA para sequenciamento completo de exomas, metabolômica e fenótipo
Os pesquisadores se propõem a estudar a etiologia molecular do transtorno do espectro do autismo (TEA) de uma perspectiva genômica, metabolômica e de biologia de rede, combinando dados de expressão gênica, variações de sequência e condições metabólicas de pacientes com TEA.
Como a complexidade do ASD, os investigadores consideram tanto as medidas baseadas na ciência quanto as baseadas na clínica para garantir que não haja perda de nenhum domínio relevante das relações complexas.
Além da coleta de fatores biológicos, os investigadores também coletarão imagens abrangentes de ressonância magnética clínica, ambiental e neurocognitiva para integrar os múltiplos fatores nas características da matriz.
Por fim, os investigadores aplicarão o aprendizado de máquina para nos fornecer os aspectos do caminho sublinhado de volta à outra distribuição de amostra publicada como o conjunto de dados aberto para verificar e ajustar os recursos a fim de atingir um nível satisfatório de confiabilidade e estabilidade dos algoritmos.
Com a tecnologia Next Generation Sequencing (NGS), os investigadores sequenciarão todo o sequenciamento do exoma (WES) (MiSeq System) de aproximadamente 120 probandos ASD, 40 irmãos não afetados e 40 controles saudáveis da população Han taiwanesa para identificar perfis de transcriptoma associados ao ASD.
Os resultados serão verificados usando PCR em tempo real (qPCR) ou sequenciamento Sanger convencional.
Os investigadores usarão cromatografia líquida/espectrometria de massa por tempo de voo (LC-MS) e cromatografia gasosa/espectrometria de massa quadrupolo (GC-MS) para uma avaliação completa de uma ampla gama de metabólitos com mais de 820 metabólitos.
Portanto, esta proposta de 3 anos consiste em duas partes principais - a análise da sequência do transcriptoma do ASD pela tecnologia NGS e o estudo metabolômico do ASD via tecnologia LC-MS e GC-MS.
Visão geral do estudo
Status
Concluído
Condições
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
Objetivo principal: estabelecer vias de nível molecular de neurogênese estáveis e confiáveis e mecanismos de patogênese potenciais para TEA usando a abordagem de aprendizado de máquina dos dados integrados de variáveis biológicas (dados NGS e metabolômica) e as imagens clínicas, ambientais, neurocognitivas e de ressonância magnética abrangentes dados.
- Investigar a maioria dos fatores de risco candidatos dos vários domínios coletados neste projeto;
- Aplicar algoritmos baseados em rede (incluindo aprendizado profundo) para abordar o mecanismo subjacente da patogênese do TEA;
- Para verificar ainda mais o algoritmo de aprendizado de máquina com base nos dados coletados neste projeto por meio de outro banco de dados de acesso aberto para estabilidade e confiabilidade de nosso algoritmo.
Objetivos Secundários:
Objetivo I: Identificar os biomarcadores do TEA e o mecanismo da doença usando a tecnologia NGS.
- Investigar os perfis do transcriptoma que ocorrem em pacientes com TEA;
- Identificar variações de sequência de exoma associadas a ASD a partir de uma perspectiva de biologia de rede;
- Identificar sub-redes de interação gene-gene associadas ao TEA; e
- Explorar como o sequenciamento resulta, regula e interage com a estrutura e função do cérebro, mesmo vinculando-se a funções neuropsicológicas e fenótipos comportamentais.
Objetivo II: Caracterizar os metabólitos afetados pelo TEA.
- Usando LC-MS e GC-MS, realizaremos análises metabolômicas, incluindo análises direcionadas e não direcionadas;
- Identificar os potenciais perfis e vias metabolômicas relacionadas a fenótipos comportamentais, funções neuropsicológicas, neuroanatomia e funções cerebrais em pacientes com TEA; e
- Identificar como as distribuições de variância dos metabólitos são manipuladas através das expressões genéticas.
Tipo de estudo
Observacional
Inscrição (Real)
200
Contactos e Locais
Esta seção fornece os detalhes de contato para aqueles que conduzem o estudo e informações sobre onde este estudo está sendo realizado.
Locais de estudo
-
-
-
Taipei, Taiwan
- National Taiwan Univeristy Hospital
-
-
Critérios de participação
Os pesquisadores procuram pessoas que se encaixem em uma determinada descrição, chamada de critérios de elegibilidade. Alguns exemplos desses critérios são a condição geral de saúde de uma pessoa ou tratamentos anteriores.
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
3 anos a 20 anos (Filho, Adulto)
Aceita Voluntários Saudáveis
Não
Gêneros Elegíveis para o Estudo
Tudo
Método de amostragem
Amostra Não Probabilística
População do estudo
Este estudo recrutará (1) 120 pacientes com diagnóstico clínico de TEA de acordo com os critérios diagnósticos do DSM-5 para o transcriptoma NGS e os perfis de metabólitos do Centro de Saúde Mental Infantil do Hospital Universitário Nacional de Taiwan (NTUH); (2) 40 irmãos não afetados (SIB) de probandos com TEA; e (3) 40 controles TD saudáveis pareados por idade/gênero de acordo com a distribuição de idade e vizinhança do grupo ASD após entrevista pelo chinês K-SADS-E-DSM-5.
Descrição
Critério de inclusão:
- um diagnóstico clínico de TEA definido pelo DSM-5 feito por psiquiatras infantis certificados na primeira visita e nas visitas seguintes
- as idades variam de 3 a 20
- pelo menos um dos pais biológicos
- pais que são taiwaneses
- os indivíduos e seus pais biológicos consentem em participar deste estudo para avaliações completas de fenótipo e coleta de sangue para este estudo.
Critério de exclusão:
- esquizofrenia
- transtorno esquizoafetivo
- psicose orgânica.
- Probandos com X frágil, deficiência intelectual, epilepsia, TDAH e doenças autoimunes serão anotados.
Plano de estudo
Esta seção fornece detalhes do plano de estudo, incluindo como o estudo é projetado e o que o estudo está medindo.
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
|---|---|
|
Grupo TEA
120 pacientes com diagnóstico clínico de TEA de acordo com os critérios diagnósticos do DSM-5
|
Programa infantil para transtornos afetivos e esquizofrenia (K-SADS) para DSM-5
|
|
Irmãos não afetados de TEA
40 irmãos não afetados de probandos com TEA
|
Programa infantil para transtornos afetivos e esquizofrenia (K-SADS) para DSM-5
|
|
Grupo TD
40 controles TD saudáveis pareados por idade/gênero de acordo com a distribuição de idade e bairro do grupo ASD após entrevista pelo chinês K-SADS-E-DSM-5
|
Programa infantil para transtornos afetivos e esquizofrenia (K-SADS) para DSM-5
|
O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
|
Perfis de transcriptoma associados a ASD
Prazo: Linha de base
|
Com a tecnologia Next Generation Sequencing (NGS), os investigadores sequenciarão todo o sequenciamento do exoma (WES) (MiSeq System) de aproximadamente 120 probandos ASD, 40 irmãos não afetados e 40 controles saudáveis da população Han taiwanesa para identificar perfis de transcriptoma associados ao ASD.
|
Linha de base
|
Colaboradores e Investigadores
É aqui que você encontrará pessoas e organizações envolvidas com este estudo.
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Datas de registro do estudo
Essas datas acompanham o progresso do registro do estudo e os envios de resumo dos resultados para ClinicalTrials.gov. Os registros do estudo e os resultados relatados são revisados pela National Library of Medicine (NLM) para garantir que atendam aos padrões específicos de controle de qualidade antes de serem publicados no site público.
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
1 de agosto de 2018
Conclusão Primária (Real)
31 de dezembro de 2021
Conclusão do estudo (Real)
31 de dezembro de 2021
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
17 de setembro de 2018
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
17 de setembro de 2018
Primeira postagem (Real)
19 de setembro de 2018
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
26 de setembro de 2022
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
23 de setembro de 2022
Última verificação
1 de setembro de 2022
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- 201801044RINC
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Não
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
Não
Essas informações foram obtidas diretamente do site clinicaltrials.gov sem nenhuma alteração. Se você tiver alguma solicitação para alterar, remover ou atualizar os detalhes do seu estudo, entre em contato com register@clinicaltrials.gov. Assim que uma alteração for implementada em clinicaltrials.gov, ela também será atualizada automaticamente em nosso site .
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