Déchiffrer le trouble du spectre autistique au-delà de la génomique
23 septembre 2022 mis à jour par: National Taiwan University Hospital
Déchiffrer le trouble du spectre autistique au-delà de la génomique : apprentissage de l'IA pour le séquençage de l'exome entier, la métabolomique et le phénotype
Les chercheurs proposent d'étudier l'étiologie moléculaire des troubles du spectre autistique (TSA) du point de vue de la génomique, de la métabolomique et de la biologie des réseaux en combinant les données d'expression des gènes, les variations de séquence et les conditions métaboliques des patients atteints de TSA.
En raison de la complexité des TSA, les enquêteurs considèrent à la fois des mesures scientifiques et cliniques pour s'assurer qu'aucun domaine pertinent des relations complexes ne manque.
En plus de la collecte de facteurs biologiques, les chercheurs recueilleront également les images IRM cliniques, environnementales, neurocognitives complètes pour intégrer les multiples facteurs dans les caractéristiques de la matrice.
Enfin, les enquêteurs appliqueront l'apprentissage automatique pour nous fournir les aspects de la voie de soulignement dans l'autre distribution d'échantillons publiée en tant qu'ensemble de données ouvert pour vérifier et ajuster les fonctionnalités afin d'atteindre un niveau satisfaisant de fiabilité et de stabilité des algorithmes.
Avec la technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS), les chercheurs séquenceront l'ensemble du séquençage de l'exome (WES) (système MiSeq) d'environ 120 proposants ASD, 40 frères et sœurs non affectés et 40 témoins sains de la population Han taïwanaise pour identifier les profils de transcriptome associés aux TSA.
Les résultats seront vérifiés par PCR en temps réel (qPCR) ou par séquençage Sanger conventionnel.
Les chercheurs utiliseront à la fois la chromatographie liquide/spectrométrie de masse à temps de vol (LC-MS) et la chromatographie en phase gazeuse/spectrométrie de masse quadripolaire (GC-MS) pour une évaluation complète d'un large éventail de métabolites avec plus de 820 métabolites.
Par conséquent, cette proposition de 3 ans comprend deux parties principales - l'analyse de la séquence du transcriptome ASD par la technologie NGS et l'étude métabolomique de l'ASD via la technologie LC-MS et GC-MS.
Aperçu de l'étude
Statut
Complété
Les conditions
Intervention / Traitement
Description détaillée
Objectif principal : Établir des voies stables et fiables au niveau moléculaire de la neurogenèse et des mécanismes potentiels de pathogenèse pour les TSA en utilisant l'approche d'apprentissage automatique des données intégrées des variables biologiques (données NGS et métabolomique) et des images cliniques, environnementales, neurocognitives et IRM complètes données.
- Étudier la majorité des facteurs de risque candidats dans les multiples domaines recueillis dans ce projet ;
- Appliquer des algorithmes basés sur le réseau (y compris l'apprentissage en profondeur) pour aborder le mécanisme de pathogenèse sous-jacent des TSA ;
- Pour vérifier davantage l'algorithme d'apprentissage automatique basé sur les données collectées dans ce projet via d'autres bases de données en libre accès pour la stabilité et la fiabilité de notre algorithme.
Objectifs secondaires :
Objectif I : Identifier les biomarqueurs du TSA et le mécanisme de la maladie à l'aide de la technologie NGS.
- Étudier les profils de transcriptome survenant chez les patients atteints de TSA ;
- Identifier les variations de séquence d'exome associées aux TSA du point de vue de la biologie du réseau ;
- Identifier les sous-réseaux d'interaction gène-gène associés aux TSA ; et
- Explorer comment les résultats du séquençage régulent et interagissent avec la structure et la fonction cérébrales, même en lien avec les fonctions neuropsychologiques et les phénotypes comportementaux.
Objectif II : Caractériser les métabolites affectés par les TSA.
- En utilisant LC-MS et GC-MS, nous effectuerons des analyses métabolomiques, y compris des analyses ciblées et non ciblées ;
- Identifier les profils métabolomiques potentiels et les voies liées aux phénotypes comportementaux, aux fonctions neuropsychologiques, à la neuroanatomie et aux fonctions cérébrales chez les patients atteints de TSA ; et
- Identifier comment les distributions de variance des métabolites sont manipulées à travers les expressions génétiques.
Type d'étude
Observationnel
Inscription (Réel)
200
Contacts et emplacements
Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.
Lieux d'étude
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Taipei, Taïwan
- National Taiwan Univeristy Hospital
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Critères de participation
Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
3 ans à 20 ans (Enfant, Adulte)
Accepte les volontaires sains
Non
Sexes éligibles pour l'étude
Tout
Méthode d'échantillonnage
Échantillon non probabiliste
Population étudiée
Cette étude recrutera (1) 120 patients présentant un diagnostic clinique de TSA selon les critères de diagnostic du DSM-5 pour le transcriptome NGS et les profils de métabolites du Centre de santé mentale pour enfants du National Taiwan University Hospital (NTUH) ; (2) 40 frères et sœurs non affectés (SIB) de proposants TSA ; et (3) 40 témoins TD en bonne santé appariés selon l'âge et le sexe en fonction de l'âge et de la distribution du quartier du groupe TSA après avoir été interrogés par le K-SADS-E-DSM-5 chinois.
La description
Critère d'intégration:
- un diagnostic clinique de TSA défini par le DSM-5 posé par des pédopsychiatres certifiés par le conseil lors de la première visite et des visites suivantes
- les âges vont de 3 à 20 ans
- au moins un parent biologique
- parents tous deux taïwanais
- les sujets et leurs parents biologiques consentent à participer à cette étude pour des évaluations phénotypiques complètes et un prélèvement sanguin pour cette étude.
Critère d'exclusion:
- schizophrénie
- trouble schizo-affectif
- psychose organique.
- Les proposants atteints de l'X fragile, de déficience intellectuelle, d'épilepsie, de TDAH et de maladies auto-immunes seront notés.
Plan d'étude
Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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Groupe TSA
120 patients avec un diagnostic clinique de TSA selon les critères diagnostiques du DSM-5
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Programme Kiddie pour les troubles affectifs et la schizophrénie (K-SADS) pour le DSM-5
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Frères et sœurs non affectés de TSA
40 frères et sœurs non affectés de proposants TSA
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Programme Kiddie pour les troubles affectifs et la schizophrénie (K-SADS) pour le DSM-5
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Groupe TD
40 témoins TD en bonne santé appariés selon l'âge et le sexe en fonction de l'âge et de la répartition du quartier du groupe TSA après avoir été interrogés par le K-SADS-E-DSM-5 chinois
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Programme Kiddie pour les troubles affectifs et la schizophrénie (K-SADS) pour le DSM-5
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Profils de transcriptome associés aux TSA
Délai: Ligne de base
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Avec la technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS), les chercheurs séquenceront l'ensemble du séquençage de l'exome (WES) (système MiSeq) d'environ 120 proposants ASD, 40 frères et sœurs non affectés et 40 témoins sains de la population Han taïwanaise pour identifier les profils de transcriptome associés aux TSA.
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Ligne de base
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Collaborateurs et enquêteurs
C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.
Parrainer
Dates d'enregistrement des études
Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
1 août 2018
Achèvement primaire (Réel)
31 décembre 2021
Achèvement de l'étude (Réel)
31 décembre 2021
Dates d'inscription aux études
Première soumission
17 septembre 2018
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
17 septembre 2018
Première publication (Réel)
19 septembre 2018
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
26 septembre 2022
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
23 septembre 2022
Dernière vérification
1 septembre 2022
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- 201801044RINC
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Non
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
Non
Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .