Эта страница была переведена автоматически, точность перевода не гарантируется. Пожалуйста, обратитесь к английской версии для исходного текста.

Расшифровка расстройств аутистического спектра вне геномики

23 сентября 2022 г. обновлено: National Taiwan University Hospital

Расшифровка расстройства аутистического спектра за пределами геномики: обучение ИИ для секвенирования всего экзома, метаболомики и фенотипа

Исследователи предлагают изучить молекулярную этиологию расстройств аутистического спектра (РАС) с точки зрения генома, метаболомики и сетевой биологии, объединив данные об экспрессии генов, вариациях последовательностей и условиях метаболизма у пациентов с РАС. Что касается сложности РАС, исследователи рассматривают как научные, так и клинические измерения, чтобы не упустить ни одной соответствующей области сложных отношений. В дополнение к сбору биологических факторов исследователи также соберут всесторонние клинические, экологические, нейрокогнитивные изображения, МРТ-изображения, чтобы интегрировать несколько факторов в матричные функции. Наконец, исследователи будут применять машинное обучение, чтобы предоставить нам аспекты подчеркнутого пути обратно в другое выборочное распределение, опубликованное в виде открытого набора данных, для проверки и корректировки функций для достижения удовлетворительного уровня надежности и стабильности алгоритмов. С помощью технологии секвенирования следующего поколения (NGS) исследователи секвенируют полное экзомное секвенирование (WES) (система MiSeq) примерно 120 пробандов с РАС, 40 здоровых братьев и сестер и 40 здоровых контрольных представителей тайваньской ханьской популяции, чтобы идентифицировать профили транскриптома, связанные с РАС. Результаты будут проверены с использованием ПЦР в реальном времени (КПЦР) или обычного секвенирования по Сэнгеру. Исследователи будут использовать как жидкостную хроматографию/времяпролетную масс-спектрометрию (ЖХ-МС), так и газовую хроматографию/квадрупольную масс-спектрометрию (ГХ-МС) для полной оценки широкого спектра метаболитов с более чем 820 метаболитами. Таким образом, это трехлетнее предложение состоит из двух основных частей: анализа последовательности транскриптома РАС с помощью технологии NGS и изучения метаболомики РАС с помощью технологий ЖХ-МС и ГХ-МС.

Обзор исследования

Статус

Завершенный

Условия

Вмешательство/лечение

Подробное описание

Основная цель: установить стабильные и надежные пути нейрогенеза на молекулярном уровне и потенциальные механизмы патогенеза РАС с использованием подхода машинного обучения на основе интегрированных данных биологических переменных (данные NGS и метаболомика) и комплексных клинических, экологических, нейрокогнитивных и МРТ-изображений. данные.

  1. Исследовать большинство потенциальных факторов риска из нескольких доменов, собранных в этом проекте;
  2. Применять сетевые алгоритмы (включая глубокое обучение), чтобы приблизиться к основному механизму патогенеза РАС;
  3. Для дальнейшей проверки алгоритма машинного обучения на основе данных, собранных в этом проекте, через другую базу данных с открытым доступом для стабильности и надежности нашего алгоритма.

Второстепенные цели:

Цель I: определить биомаркеры РАС и механизм заболевания с использованием технологии NGS.

  1. Исследовать профили транскриптома у пациентов с РАС;
  2. Выявить вариации последовательности экзома, связанные с РАС, с точки зрения сетевой биологии;
  3. Выявить подсети межгенных взаимодействий, связанных с РАС; и
  4. Чтобы изучить, как результаты секвенирования, регулировать и взаимодействовать со структурой и функцией мозга, даже связывая нейропсихологические функции и поведенческие фенотипы.

Цель II: охарактеризовать метаболиты, затронутые РАС.

  1. Используя ЖХ-МС и ГХ-МС, мы проведем метаболомный анализ, включая целевой и нецелевой анализ;
  2. Определить потенциальные метаболомические профили и пути, связанные с поведенческими фенотипами, нейропсихологическими функциями, нейроанатомией и функциями мозга у пациентов с РАС; и
  3. Чтобы определить, как распределения дисперсии метаболитов манипулируются с помощью генетических выражений.

Тип исследования

Наблюдательный

Регистрация (Действительный)

200

Контакты и местонахождение

В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.

Места учебы

  • Тайвань
      • Taipei, Тайвань
        • National Taiwan Univeristy Hospital

Критерии участия

Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.

Критерии приемлемости

Возраст, подходящий для обучения

От 3 года до 20 лет (Ребенок, Взрослый)

Принимает здоровых добровольцев

Нет

Полы, имеющие право на обучение

Все

Метод выборки

Невероятностная выборка

Исследуемая популяция

В этом исследовании примут участие (1) 120 пациентов с клиническим диагнозом РАС в соответствии с диагностическими критериями DSM-5 для транскриптома NGS и профилей метаболитов из Детского центра психического здоровья в больнице Национального Тайваньского университета (NTUH); (2) 40 здоровых братьев и сестер (SIB) пробандов с РАС; и (3) 40 здоровых контрольных групп TD соответствующего возраста и пола в соответствии с возрастом и районным распределением группы РАС после интервью с китайским K-SADS-E-DSM-5.

Описание

Критерии включения:

  • клинический диагноз РАС, определенный DSM-5, поставленный сертифицированными детскими психиатрами при первом посещении и последующих посещениях
  • возраст от 3 до 20
  • хотя бы один биологический родитель
  • родители, оба тайваньцы
  • субъекты и их биологические родители дают согласие на участие в этом исследовании для полной оценки фенотипа и забора крови для этого исследования.

Критерий исключения:

  • шизофрения
  • шизоаффективное расстройство
  • органический психоз.
  • Будут отмечены пробанды с ломкой X, умственной отсталостью, эпилепсией, СДВГ и аутоиммунными заболеваниями.

Учебный план

В этом разделе представлена ​​подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.

Как устроено исследование?

Детали дизайна

Когорты и вмешательства

Группа / когорта
Вмешательство/лечение
Группа АСД
120 пациентов с клиническим диагнозом РАС согласно диагностическим критериям DSM-5.
Другой: Психиатрический диагноз
Детский график аффективных расстройств и шизофрении (K-SADS) для DSM-5
Незатронутые братья и сестры с РАС
40 здоровых братьев и сестер пробандов с РАС
Другой: Психиатрический диагноз
Детский график аффективных расстройств и шизофрении (K-SADS) для DSM-5
ТД группа
40 здоровых лиц, соответствующих возрасту/полу, контролировали TD в соответствии с возрастом и районным распределением группы РАС после интервью с китайским K-SADS-E-DSM-5.
Другой: Психиатрический диагноз
Детский график аффективных расстройств и шизофрении (K-SADS) для DSM-5

Что измеряет исследование?

Первичные показатели результатов

Мера результата
Мера Описание
Временное ограничение
Профили транскриптома, связанные с РАС
Временное ограничение: Базовый уровень
С помощью технологии секвенирования следующего поколения (NGS) исследователи секвенируют полное экзомное секвенирование (WES) (система MiSeq) примерно 120 пробандов с РАС, 40 здоровых братьев и сестер и 40 здоровых контрольных представителей тайваньской ханьской популяции, чтобы идентифицировать профили транскриптома, связанные с РАС.
Базовый уровень

Соавторы и исследователи

Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.

Спонсор

National Taiwan University Hospital

Даты записи исследования

Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.

Изучение основных дат

Начало исследования (Действительный)

1 августа 2018 г.

Первичное завершение (Действительный)

31 декабря 2021 г.

Завершение исследования (Действительный)

31 декабря 2021 г.

Даты регистрации исследования

Первый отправленный

17 сентября 2018 г.

Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества

17 сентября 2018 г.

Первый опубликованный (Действительный)

19 сентября 2018 г.

Обновления учебных записей

Последнее опубликованное обновление (Действительный)

26 сентября 2022 г.

Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества

23 сентября 2022 г.

Последняя проверка

1 сентября 2022 г.

Дополнительная информация

Термины, связанные с этим исследованием

Дополнительные соответствующие термины MeSH

Другие идентификационные номера исследования

  • 201801044RINC

Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы

Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.

Нет

Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.

Нет

Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .

Подписаться