Descifrando el trastorno del espectro autista más allá de la genómica
23 de septiembre de 2022 actualizado por: National Taiwan University Hospital
Descifrando el trastorno del espectro autista más allá de la genómica: aprendizaje de IA para secuenciación del exoma completo, metabolómica y fenotipo
Los investigadores proponen estudiar la etiología molecular del trastorno del espectro autista (TEA) desde una perspectiva genómica, metabolómica y de biología de redes mediante la combinación de datos de expresión génica, variaciones de secuencia y condiciones metabólicas de pacientes con TEA.
En cuanto a la complejidad del TEA, los investigadores consideran tanto las medidas basadas en la ciencia como las basadas en la clínica para garantizar que no se pierda ningún dominio relevante de las relaciones complejas.
Además de la recopilación de factores biológicos, los investigadores también recopilarán imágenes de resonancia magnética clínicas, ambientales, neurocognitivas integrales para integrar los múltiples factores en las características de la matriz.
Finalmente, los investigadores aplicarán el aprendizaje automático para proporcionarnos los aspectos de la ruta subrayada de regreso a la otra distribución de muestra publicada como el conjunto de datos abierto para verificar y ajustar las características a fin de lograr un nivel satisfactorio de confiabilidad y estabilidad de los algoritmos.
Con la tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS), los investigadores secuenciarán la secuenciación completa del exoma (WES) (sistema MiSeq) de aproximadamente 120 probandos con TEA, 40 hermanos no afectados y 40 controles sanos de la población Han taiwanesa para identificar perfiles de transcriptomas asociados con TEA.
Los resultados se utilizarán mediante PCR en tiempo real (qPCR) o secuenciación Sanger convencional para verificar.
Los investigadores utilizarán tanto la cromatografía líquida/espectrometría de masas de tiempo de vuelo (LC-MS) como la cromatografía de gases/espectrometría de masas de cuadrupolo (GC-MS) para una evaluación completa de una amplia gama de metabolitos con más de 820 metabolitos.
Por lo tanto, esta propuesta de 3 años consta de dos partes principales: el análisis de la secuencia del transcriptoma del TEA mediante tecnología NGS y el estudio de la metabolómica del TEA mediante la tecnología LC-MS y GC-MS.
Descripción general del estudio
Estado
Terminado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
Objetivo principal: establecer vías estables y confiables de nivel molecular de neurogénesis y posibles mecanismos de patogénesis para TEA mediante el uso del enfoque de aprendizaje automático de los datos integrados de variables biológicas (datos NGS y metabolómica) y las imágenes integrales clínicas, ambientales, neurocognitivas y de resonancia magnética. datos.
- Para investigar la mayoría de los factores de riesgo candidatos de los múltiples dominios recopilados en este proyecto;
- Aplicar algoritmos basados en redes (incluido el aprendizaje profundo) para abordar el mecanismo patogénico subyacente de los TEA;
- Para verificar aún más el algoritmo de aprendizaje automático basado en los datos recopilados en este proyecto a través de otra base de datos de acceso abierto para la estabilidad y confiabilidad de nuestro algoritmo.
Objetivos secundarios:
Objetivo I: Identificar los biomarcadores de TEA y el mecanismo de la enfermedad utilizando la tecnología NGS.
- Para investigar los perfiles transcriptómicos que ocurren en pacientes con TEA;
- Identificar las variaciones de la secuencia del exoma asociadas con los TEA desde una perspectiva de biología de red;
- Identificar subredes de interacción gen-gen asociadas a TEA; y
- Explorar cómo los resultados de la secuenciación regulan e interactúan con la estructura y función del cerebro, incluso vinculándolos con funciones neuropsicológicas y fenotipos conductuales.
Objetivo II: Caracterizar los metabolitos afectados por TEA.
- Mediante el uso de LC-MS y GC-MS, realizaremos análisis metabolómicos, incluidos análisis dirigidos y no dirigidos;
- Identificar los posibles perfiles y vías metabolómicas relacionadas con fenotipos conductuales, funciones neuropsicológicas, neuroanatomía y funciones cerebrales en pacientes con TEA; y
- Identificar cómo se manipulan las distribuciones de varianza de los metabolitos a través de las expresiones genéticas.
Tipo de estudio
De observación
Inscripción (Actual)
200
Contactos y Ubicaciones
Esta sección proporciona los datos de contacto de quienes realizan el estudio e información sobre dónde se lleva a cabo este estudio.
Ubicaciones de estudio
-
-
-
Taipei, Taiwán
- National Taiwan Univeristy Hospital
-
-
Criterios de participación
Los investigadores buscan personas que se ajusten a una determinada descripción, denominada criterio de elegibilidad. Algunos ejemplos de estos criterios son el estado de salud general de una persona o tratamientos previos.
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
3 años a 20 años (Niño, Adulto)
Acepta Voluntarios Saludables
No
Géneros elegibles para el estudio
Todos
Método de muestreo
Muestra no probabilística
Población de estudio
Este estudio reclutará (1) 120 pacientes con diagnóstico clínico de ASD de acuerdo con los criterios de diagnóstico DSM-5 para el transcriptoma NGS y los perfiles de metabolitos del Centro de Salud Mental Infantil del Hospital Universitario Nacional de Taiwán (NTUH); (2) 40 hermanos no afectados (SIB) de probandos ASD; y (3) 40 controles TD sanos emparejados por edad/género según la distribución por edad y vecindario del grupo ASD después de ser entrevistados por el K-SADS-E-DSM-5 chino.
Descripción
Criterios de inclusión:
- un diagnóstico clínico de TEA definido por el DSM-5 realizado por psiquiatras infantiles certificados por la junta en la primera visita y las siguientes visitas
- las edades van de los 3 a los 20
- al menos un padre biológico
- padres que son ambos taiwaneses
- los sujetos y sus padres biológicos dan su consentimiento para participar en este estudio para realizar evaluaciones fenotípicas completas y extracción de sangre para este estudio.
Criterio de exclusión:
- esquizofrenia
- trastorno esquizoafectivo
- psicosis orgánica.
- Se anotarán los probandos con X frágil, discapacidad intelectual, epilepsia, TDAH y enfermedades autoinmunes.
Plan de estudios
Esta sección proporciona detalles del plan de estudio, incluido cómo está diseñado el estudio y qué mide el estudio.
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
Intervención / Tratamiento |
|---|---|
|
Grupo TEA
120 pacientes con diagnóstico clínico de TEA según los criterios diagnósticos del DSM-5
|
Kiddie Schedule for Affective Disorders & Schizophrenia (K-SADS) para el DSM-5
|
|
Hermanos no afectados de ASD
40 hermanos no afectados de probandos con TEA
|
Kiddie Schedule for Affective Disorders & Schizophrenia (K-SADS) para el DSM-5
|
|
Grupo TD
40 controles TD sanos emparejados por edad/género según la distribución por edad y vecindario del grupo ASD después de ser entrevistados por el K-SADS-E-DSM-5 chino
|
Kiddie Schedule for Affective Disorders & Schizophrenia (K-SADS) para el DSM-5
|
¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
|---|---|---|
|
Perfiles transcriptómicos asociados a TEA
Periodo de tiempo: Base
|
Con la tecnología de secuenciación de próxima generación (NGS), los investigadores secuenciarán la secuenciación completa del exoma (WES) (sistema MiSeq) de aproximadamente 120 probandos con TEA, 40 hermanos no afectados y 40 controles sanos de la población Han taiwanesa para identificar perfiles de transcriptomas asociados con TEA.
|
Base
|
Colaboradores e Investigadores
Aquí es donde encontrará personas y organizaciones involucradas en este estudio.
Patrocinador
Fechas de registro del estudio
Estas fechas rastrean el progreso del registro del estudio y los envíos de resultados resumidos a ClinicalTrials.gov. Los registros del estudio y los resultados informados son revisados por la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) para asegurarse de que cumplan con los estándares de control de calidad específicos antes de publicarlos en el sitio web público.
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
1 de agosto de 2018
Finalización primaria (Actual)
31 de diciembre de 2021
Finalización del estudio (Actual)
31 de diciembre de 2021
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
17 de septiembre de 2018
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
17 de septiembre de 2018
Publicado por primera vez (Actual)
19 de septiembre de 2018
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
26 de septiembre de 2022
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
23 de septiembre de 2022
Última verificación
1 de septiembre de 2022
Más información
Términos relacionados con este estudio
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- 201801044RINC
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
No
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
No
Esta información se obtuvo directamente del sitio web clinicaltrials.gov sin cambios. Si tiene alguna solicitud para cambiar, eliminar o actualizar los detalles de su estudio, comuníquese con register@clinicaltrials.gov. Tan pronto como se implemente un cambio en clinicaltrials.gov, también se actualizará automáticamente en nuestro sitio web. .
Ensayos clínicos sobre Diagnóstico psiquiátrico
-
University Hospital, MontpellierTerminadoMujeres embarazadas con menos de 14 semanas de gestaciónFrancia