全基因组三重测序作为罕见病患者的标准常规检测 - “基因组优先方法”
2022年10月17日 更新者：University Hospital Tuebingen
基因组优先方法项目将招募患者 (n = 450) 及其健康的父母，这些患者的分子病因不明、疑似疾病的遗传原因以及受影响者的健康父母（共 1350 人）。
研究概览
详细说明
在基因组优先方法（单中心、前瞻性、开放标签诊断）项目中，分子未确诊疾病的患者将通过全基因组测序 (WGS)-trio 分析进行诊断分析。 以下问题将引导该项目：
基本的：
• WGS 三重分析在不同临床适应症中的功效
中学：
- 系统地对 WGS 分析进行基准测试，以检测与 WES 和单核苷酸多态性 (SNP) 阵列分析相比的遗传变异，
- 将分析从编码单核苷酸变异 (SNV) 扩展到调节突变、结构变异 (SV) 和低复杂性区域，
- 验证临床基因组三重测序在常规诊断环境中的有效性，
- 分析 42x 覆盖率是否有可能发现嵌合体作为致病机制，
- 进一步开发使用核糖核酸测序 (RNA-seq) 对 Trio-WGS 数据进行综合分析的算法，
- 确定从头改变和新的疾病机制，
- 获得对疾病机制和细胞生物学的基本新见解，
- 将 WGS 与进一步的组学方法相结合，以改进未来罕见病患者的基因诊断，以及
- 与使用单基因、panel、全外显子组测序 (WES) 和染色体微阵列 (CMA)（SNP 阵列、阵列基于比较基因组杂交 (arrayCGH)) 的分析。
此外，受试者的健康父母将被纳入项目以进行亲子（三重奏）分析。
研究类型
介入性
注册 (实际的)
1350
阶段
- 不适用
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习地点
-
-
-
Tübingen、德国、72076
- University Hospital Tübingen
-
-
参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
- 孩子
- 成人
- 年长者
接受健康志愿者
不
有资格学习的性别
全部
描述
纳入标准：
- 该病的分子病因不明
- 怀疑该病的遗传原因
- 受影响人群的健康父母进行三重奏分析 队列 1：IQ < 70，伴有和不伴有畸形、综合征和非综合征 队列 2：视网膜色素变性、色盲、Bardet-Biedl 综合征、Usher 综合征、先天性静止性夜盲症、LCA、黄斑变性、视杆细胞/视锥细胞营养不良、视神经萎缩 第 3 组：罕见的儿童实体癌，如黑色素瘤、胃肠道癌、唾液腺肿瘤和儿童胰腺肿瘤。
排除标准：
队列 1：中毒原因（药物、感染） 队列 2：非遗传性失明患者 队列 3：成人癌症、血癌
- 缺少患者/法定监护人的知情同意
- 父母双方样本缺失
- 以前的 WES 或面板分析-
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
- 主要用途：基础科学
- 分配：非随机化
- 介入模型：并行分配
- 屏蔽：无（打开标签）
武器和干预
参与者组/臂 |
干预/治疗 |
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其他：队列 1：智力障碍
基因：WGS 诊断血液用于基因诊断。
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血液采样、注射临床表征、基于 WGS 的三重测序、NGS 分析和其他组学分析（转录组学、蛋白质组学、代谢组学）、功能细胞生物学研究（例如在成纤维细胞培养中）、RNA-seq。
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其他：队列 2 视网膜疾病
基因：WGS 诊断血液用于基因诊断。
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血液采样、注射临床表征、基于 WGS 的三重测序、NGS 分析和其他组学分析（转录组学、蛋白质组学、代谢组学）、功能细胞生物学研究（例如在成纤维细胞培养中）、RNA-seq。
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其他：队列 3：儿童罕见肿瘤
基因：WGS 诊断血液用于基因诊断。
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血液采样、注射临床表征、基于 WGS 的三重测序、NGS 分析和其他组学分析（转录组学、蛋白质组学、代谢组学）、功能细胞生物学研究（例如在成纤维细胞培养中）、RNA-seq。
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研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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通过全基因组测序 (WGS) 进行的全基因组序列分析
大体时间：第一天
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WGS（下一代测序技术，NGS）的疾病和健康父母的基因组变异数量
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第一天
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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基因组测序
大体时间：第一天
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临床基因组测序验证不明遗传病的遗传原因
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第一天
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从头改变
大体时间：第一天
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登记人群基因组的从头改变数量
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第一天
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合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2019年10月1日
初级完成 (实际的)
2022年10月1日
研究完成 (实际的)
2022年10月1日
研究注册日期
首次提交
2019年5月9日
首先提交符合 QC 标准的
2019年5月16日
首次发布 (实际的)
2019年5月17日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2022年10月18日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2022年10月17日
最后验证
2022年10月1日
更多信息
与本研究相关的术语
其他研究编号
- WG-Trio01
计划个人参与者数据 (IPD)
计划共享个人参与者数据 (IPD)？
不
药物和器械信息、研究文件
研究美国 FDA 监管的药品
不
研究美国 FDA 监管的设备产品
不
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