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Sequenziamento del trio dell'intero genoma come test di routine standard nei pazienti con malattie rare - "IL PRIMO APPROCCIO AL GENOMA"

17 ottobre 2022 aggiornato da: University Hospital Tuebingen
Il progetto GENOME FIRST APPROACH arruolerà i pazienti (n = 450) ei loro genitori sani con causa molecolare non chiara della malattia, sospetta causa genetica della malattia ei genitori sani delle persone colpite per l'analisi del trio (N in totale 1350).

Panoramica dello studio

Stato

Completato

Condizioni

Intervento / Trattamento

Descrizione dettagliata

Nel progetto GENOME FIRST APPROACH (monocentric, prospective, open-label diagnostic), i pazienti con malattie molecolarmente non diagnosticate saranno analizzati diagnosticamente mediante l'analisi del trio dell'intero genoma (WGS). Le seguenti domande guideranno il progetto:

Primario:

• Efficacia dell'analisi del trio WGS in diverse indicazioni cliniche

Secondario:

  • Confrontare sistematicamente l'analisi WGS per rilevare variazioni genetiche rispetto a WES e analisi di array di polimorfismi a singolo nucleotide (SNP),
  • Espandere l'analisi dalla codifica di varianti a singolo nucleotide (SNV) a mutazioni regolatorie, varianti strutturali (SV) e regioni a bassa complessità,
  • Convalidare l'efficacia del sequenziamento clinico del trio del genoma in un contesto diagnostico di routine,
  • Analizzare se la copertura 42x ha il potenziale per scoprire il mosaicismo come meccanismo che causa la malattia,
  • Sviluppare ulteriormente algoritmi per analisi integrative dei dati Trio-WGS con sequenziamento dell'acido ribonucleico (RNA-seq),
  • Identificare alterazioni de novo e nuovi meccanismi patologici,
  • Ottieni nuove conoscenze fondamentali sui meccanismi delle malattie e sulla biologia cellulare,
  • Combina WGS con altri metodi Omics per migliorare la diagnostica genetica dei futuri pazienti affetti da malattie rare e
  • Esplora i costi finanziari complessivi e il tempo necessario per riportare i dati conclusivi ai pazienti dell'approccio Trio-WGS rispetto ai tradizionali approcci diagnostici multifase che utilizzano il sequenziamento di un singolo gene, pannello, intero esoma (WES) e microarray cromosomico (CMA) (array SNP, array analisi di ibridazione genomica comparativa (arrayCGH)).

Inoltre, i genitori sani dei soggetti saranno inclusi nel progetto per eseguire analisi genitore-figlio (trio).

Tipo di studio

Interventistico

Iscrizione (Effettivo)

1350

Fase

  • Non applicabile

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Luoghi di studio

  • Germania
      • Tübingen, Germania, 72076
        • University Hospital Tübingen

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

  • Bambino
  • Adulto
  • Adulto più anziano

Accetta volontari sani

No

Sessi ammissibili allo studio

Tutto

Descrizione

Criterio di inclusione:

  • Causa molecolare non chiara della malattia
  • Sospetta causa genetica della malattia
  • Genitori sani delle persone colpite per l'analisi del trio Coorte 1: QI < 70 con e senza malformazioni, sindromico e non sindromico Coorte 2: retinite pigmentosa, acromatopsia, sindrome di Bardet-Biedl, sindrome di Usher, cecità notturna stazionaria congenita, LCA, degenerazione della macula, distrofie di bastoncelli/cono, atrofia ottica Coorte 3: Tumori solidi pediatrici rari come melanoma, carcinoma del tratto gastrointestinale, tumori della ghiandola salivare e tumori pancreatici nei bambini.

Criteri di esclusione:

Coorte 1: cause tossiche (farmaci, infezioni) Coorte 2: pazienti con forme non genetiche di cecità Coorte 3: tumore dell'adulto, tumore del sangue

  • Mancanza del consenso informato del paziente/tutore legale
  • Campioni mancanti di entrambi i genitori
  • Precedente WES o analisi panel-

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

  • Scopo principale: Scienza basilare
  • Assegnazione: Non randomizzato
  • Modello interventistico: Assegnazione parallela
  • Mascheramento: Nessuno (etichetta aperta)

Armi e interventi

Gruppo di partecipanti / Arm
Intervento / Trattamento
Altro: Coorte 1: disabilità intellettiva
Genetica: WGS Diagnostic Blood prende per la diagnostica genetica.
Genetico: Diagnostica WGS
Prelievo di sangue, caratterizzazione clinica dell'iniezione, sequenziamento del trio basato su WGS, analisi NGS e altre analisi omiche (trascrittomica, proteomica, metabolomica), studi di biologia cellulare funzionale (ad esempio in colture di fibroblasti), RNA-seq.
Altro: Coorte 2 Malattie retiniche
Genetica: WGS Diagnostic Blood prende per la diagnostica genetica.
Genetico: Diagnostica WGS
Prelievo di sangue, caratterizzazione clinica dell'iniezione, sequenziamento del trio basato su WGS, analisi NGS e altre analisi omiche (trascrittomica, proteomica, metabolomica), studi di biologia cellulare funzionale (ad esempio in colture di fibroblasti), RNA-seq.
Altro: Coorte 3: Tumori rari nell'infanzia
Genetica: WGS Diagnostic Blood prende per la diagnostica genetica.
Genetico: Diagnostica WGS
Prelievo di sangue, caratterizzazione clinica dell'iniezione, sequenziamento del trio basato su WGS, analisi NGS e altre analisi omiche (trascrittomica, proteomica, metabolomica), studi di biologia cellulare funzionale (ad esempio in colture di fibroblasti), RNA-seq.

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Analisi della sequenza genomica completa effettuata mediante Whole Genome Sequencing (WGS)
Lasso di tempo: Giorno 1
Numero di varianti genomiche nei genitori malati e sani secondo WGS (una tecnologia di sequenziamento di nuova generazione, NGS)
Giorno 1

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Sequenziamento del genoma
Lasso di tempo: Giorno 1
Verifica delle cause genetiche di malattie genetiche poco chiare mediante sequenziamento clinico del genoma
Giorno 1
Modifiche ex novo
Lasso di tempo: Giorno 1
Numero di alterazioni de novo nel genoma della popolazione arruolata
Giorno 1

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

University Hospital Tuebingen

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

1 ottobre 2019

Completamento primario (Effettivo)

1 ottobre 2022

Completamento dello studio (Effettivo)

1 ottobre 2022

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

9 maggio 2019

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

16 maggio 2019

Primo Inserito (Effettivo)

17 maggio 2019

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)

18 ottobre 2022

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

17 ottobre 2022

Ultimo verificato

1 ottobre 2022

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Parole chiave

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • WG-Trio01

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

No

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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