A teljes genom hármas szekvenálása, mint szokásos rutin teszt ritka betegségben szenvedő betegeknél - "GENOM FIRST APPROACH"
2022. október 17. frissítette: University Hospital Tuebingen
A GENOME FIRST APPROACH projekt olyan betegeket (n = 450) és egészséges szüleiket von be, akiknek a betegség molekuláris oka nem tisztázott, a betegség genetikai okára feltételezhető, valamint az érintettek egészséges szüleit trió elemzésre (N összesen 1350).
A tanulmány áttekintése
Állapot
Befejezve
Körülmények
Beavatkozás / kezelés
Részletes leírás
A GENOME FIRST APPROACH (monocentrikus, prospektív, nyílt diagnosztikai) projektben a molekulárisan nem diagnosztizált betegségekben szenvedő betegek diagnosztikai elemzése Whole Genome Sequencing (WGS)-trio analízissel történik. A következő kérdések vezetik majd a projektet:
Elsődleges:
• A WGS trio elemzés hatékonysága különböző klinikai indikációkban
Másodlagos:
- Szisztematikusan benchmark WGS analízis a genetikai variációk kimutatására a WES-hez képest, és egy nukleotid polimorfizmus (SNP) array analízis,
- Az elemzés kiterjesztése a kódoló egynukleotidos variánsokról (SNV-k) a szabályozó mutációkra, szerkezeti variánsokra (SV-k) és az alacsony komplexitású régiókra,
- Érvényesítse a klinikai genom trió szekvenálás hatékonyságát rutin diagnosztikai környezetben,
- Elemezze, hogy a 42-szeres lefedettség képes-e felfedezni a mozaikságot, mint betegséget okozó mechanizmust,
- Algoritmusok továbbfejlesztése a Trio-WGS adatok integráló elemzéséhez ribonukleinsav-szekvenálás (RNS-seq) segítségével,
- A de novo elváltozások és új betegségmechanizmusok azonosítása,
- Szerezzen alapvető új betekintést a betegségek mechanizmusaiba és a sejtbiológiába,
- Kombinálja a WGS-t további Omics módszerekkel, hogy javítsa a jövőbeli ritka betegségekben szenvedő betegek genetikai diagnosztikáját
- Fedezze fel az átfogó pénzügyi költségeket és időt a meggyőző adatok jelentésére a Trio-WGS-módszert használó betegek számára, összehasonlítva az egygénes, paneles, teljes exóm szekvenálást (WES) és kromoszómális mikromátrixot (CMA) használó hagyományos többlépcsős diagnosztikai megközelítésekkel (SNP array, array). -alapú összehasonlító genomiális hibridizáció (arrayCGH)) elemzés.
Emellett az alanyok egészséges szüleit is bevonják a projektbe, hogy szülő-gyermek (trió) elemzéseket végezzenek.
Tanulmány típusa
Beavatkozó
Beiratkozás (Tényleges)
1350
Fázis
- Nem alkalmazható
Kapcsolatok és helyek
Ez a rész a vizsgálatot végzők elérhetőségeit, valamint a vizsgálat lefolytatásának helyére vonatkozó információkat tartalmazza.
Tanulmányi helyek
-
-
-
Tübingen, Németország, 72076
- University Hospital Tübingen
-
-
Részvételi kritériumok
A kutatók olyan embereket keresnek, akik megfelelnek egy bizonyos leírásnak, az úgynevezett jogosultsági kritériumoknak. Néhány példa ezekre a kritériumokra a személy általános egészségi állapota vagy a korábbi kezelések.
Jogosultsági kritériumok
Tanulmányozható életkorok
- Gyermek
- Felnőtt
- Idősebb felnőtt
Egészséges önkénteseket fogad
Nem
Tanulmányozható nemek
Összes
Leírás
Bevételi kritériumok:
- A betegség molekuláris oka nem tisztázott
- A betegség feltételezett genetikai oka
- Az érintettek egészséges szülei a trió elemzésére 1. kohorsz: IQ < 70 malformációval és anélkül, szindrómás és nem szindrómás 2. kohorsz: Retinitis pigmentosa, achromatopsia, Bardet-Biedl szindróma, Usher-szindróma, veleszületett stacioner éjszakai vakság, LCA, makula degeneráció, rúd/kúp disztrófiák, opticus atrófia 3. kohorsz: Ritka gyermekkori szolid rákok, például melanoma, gyomor-bél traktus karcinóma, nyálmirigy daganatok és hasnyálmirigy daganatok gyermekeknél.
Kizárási kritériumok:
1. kohorsz: Toxikus okok (gyógyszerek, fertőzések) 2. kohorsz: a vakság nem genetikai formáiban szenvedő betegek 3. kohorsz: felnőttkori rák, vérrák
- Hiányzik a beteg/törvényes gyám tájékozott beleegyezése
- Mindkét szülő mintája hiányzik
- Korábbi WES vagy panel elemzés-
Tanulási terv
Ez a rész a vizsgálati terv részleteit tartalmazza, beleértve a vizsgálat megtervezését és a vizsgálat mérését.
Hogyan készül a tanulmány?
Tervezési részletek
- Elsődleges cél: Alapvető tudomány
- Kiosztás: Nem véletlenszerű
- Beavatkozó modell: Párhuzamos hozzárendelés
- Maszkolás: Nincs (Open Label)
Fegyverek és beavatkozások
Résztvevő csoport / kar |
Beavatkozás / kezelés |
|---|---|
|
Egyéb: 1. kohorsz: Értelmi fogyatékosság
Genetikai: WGS diagnosztikai Vérvétel genetikai diagnosztikához.
|
Vérvétel, lövés klinikai jellemzés, WGS-alapú trio szekvenálás, NGS analízis és egyéb omika analízis (transzkriptomika, proteomika, metabolomika), funkcionális sejtbiológiai vizsgálatok (például fibroblaszt tenyészetekben), RNS-seq.
|
|
Egyéb: 2. kohorsz Retina betegségek
Genetikai: WGS diagnosztikai Vérvétel genetikai diagnosztikához.
|
Vérvétel, lövés klinikai jellemzés, WGS-alapú trio szekvenálás, NGS analízis és egyéb omika analízis (transzkriptomika, proteomika, metabolomika), funkcionális sejtbiológiai vizsgálatok (például fibroblaszt tenyészetekben), RNS-seq.
|
|
Egyéb: 3. kohorsz: Ritka daganatok gyermekkorban
Genetikai: WGS diagnosztikai Vérvétel genetikai diagnosztikához.
|
Vérvétel, lövés klinikai jellemzés, WGS-alapú trio szekvenálás, NGS analízis és egyéb omika analízis (transzkriptomika, proteomika, metabolomika), funkcionális sejtbiológiai vizsgálatok (például fibroblaszt tenyészetekben), RNS-seq.
|
Mit mér a tanulmány?
Elsődleges eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
|---|---|---|
|
Teljes genomi szekvencia analízis, amelyet a Whole Genome Sequencing (WGS) végez
Időkeret: 1. nap
|
A betegség és az egészségi állapotú szülők genomiális változatainak száma WGS (új generációs szekvenálási technológia, NGS) szerint
|
1. nap
|
Másodlagos eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
|---|---|---|
|
Genom szekvenálás
Időkeret: 1. nap
|
A tisztázatlan genetikai betegségek genetikai okainak igazolása klinikai genom szekvenálással
|
1. nap
|
|
De novo változtatások
Időkeret: 1. nap
|
A beiratkozott populáció genomjában bekövetkezett de novo elváltozások száma
|
1. nap
|
Együttműködők és nyomozók
Itt találhatja meg a tanulmányban érintett személyeket és szervezeteket.
Szponzor
Tanulmányi rekorddátumok
Ezek a dátumok nyomon követik a ClinicalTrials.gov webhelyre benyújtott vizsgálati rekordok és összefoglaló eredmények benyújtásának folyamatát. A vizsgálati feljegyzéseket és a jelentett eredményeket a Nemzeti Orvostudományi Könyvtár (NLM) felülvizsgálja, hogy megbizonyosodjon arról, hogy megfelelnek-e az adott minőség-ellenőrzési szabványoknak, mielőtt közzéteszik őket a nyilvános weboldalon.
Tanulmány főbb dátumok
Tanulmány kezdete (Tényleges)
2019. október 1.
Elsődleges befejezés (Tényleges)
2022. október 1.
A tanulmány befejezése (Tényleges)
2022. október 1.
Tanulmányi regisztráció dátumai
Először benyújtva
2019. május 9.
Először nyújtották be, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
2019. május 16.
Első közzététel (Tényleges)
2019. május 17.
Tanulmányi rekordok frissítései
Utolsó frissítés közzétéve (Tényleges)
2022. október 18.
Az utolsó frissítés elküldve, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
2022. október 17.
Utolsó ellenőrzés
2022. október 1.
Több információ
A tanulmányhoz kapcsolódó kifejezések
Kulcsszavak
További vonatkozó MeSH feltételek
Egyéb vizsgálati azonosító számok
- WG-Trio01
Terv az egyéni résztvevői adatokhoz (IPD)
Tervezi megosztani az egyéni résztvevői adatokat (IPD)?
Nem
Gyógyszer- és eszközinformációk, tanulmányi dokumentumok
Egy amerikai FDA által szabályozott gyógyszerkészítményt tanulmányoz
Nem
Egy amerikai FDA által szabályozott eszközterméket tanulmányoz
Nem
Ezt az információt közvetlenül a clinicaltrials.gov webhelyről szereztük be, változtatás nélkül. Ha bármilyen kérése van vizsgálati adatainak módosítására, eltávolítására vagy frissítésére, kérjük, írjon a következő címre: register@clinicaltrials.gov. Amint a változás bevezetésre kerül a clinicaltrials.gov oldalon, ez a webhelyünkön is automatikusan frissül. .