Helgenomets triosekvensering som ett standardrutintest hos patienter med sällsynta sjukdomar - "GENOME FIRST APPROACH"

I projektet GENOME FIRST APPROACH (monocentric, prospective, open-label diagnostic) kommer patienter med molekylärt odiagnostiserade sjukdomar att diagnostiskt analyseras genom Whole Genome Sequencing (WGS)-trioanalys. Följande frågor kommer att leda projektet:

Primär:

• Effektivitet av WGS trioanalys vid olika kliniska indikationer

Sekundär:

• Systematiskt benchmarka WGS-analys för att upptäcka genetiska variationer jämfört med WES och singelnukleotidpolymorfism (SNP) arrayanalys,
• Utöka analysen från kodande enkelnukleotidvarianter (SNV) till regulatoriska mutationer, strukturella varianter (SV) och regioner med låg komplexitet,
• Validera effektiviteten av klinisk genomtriosekvensering i en rutindiagnostisk miljö,
• Analysera om 42x täckning har potential att upptäcka mosaicism som sjukdomsframkallande mekanism,
• Vidareutveckla algoritmer för integrativa analyser av Trio-WGS-data med ribonukleinsyrasekvensering (RNA-seq),
• Identifiera de novo förändringar och nya sjukdomsmekanismer,
• Få grundläggande nya insikter om sjukdomsmekanismer och cellbiologi,
• Kombinera WGS med ytterligare Omics-metoder för att förbättra genetisk diagnostik av framtida patienter med sällsynta sjukdomar, och
• Utforska övergripande ekonomiska kostnader och tid för att rapportera avgörande data till patienterna med Trio-WGS-metoden jämfört med traditionella flerstegsdiagnostiska tillvägagångssätt som använder singelgen, panel, helexomsekvensering (WES) och kromosomal mikroarray (CMA) (SNP-array, array) -baserad jämförande genomisk hybridisering (arrayCGH)) analys.

Dessutom kommer friska föräldrar till försökspersonerna att ingå i projektet för att utföra föräldra-barn (trio) analyser.