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Whole Genome Trio Sequencing als Standard-Routine-Test bei Patienten mit seltenen Erkrankungen – „GENOME FIRST APPROACH“

17. Oktober 2022 aktualisiert von: University Hospital Tuebingen
Das GENOME FIRST APPROACH-Projekt wird Patienten (n = 450) und ihre gesunden Eltern mit unklarer molekularer Krankheitsursache, vermuteter genetischer Ursache der Krankheit und die gesunden Eltern der Betroffenen für eine Trio-Analyse (N insgesamt 1350) einschließen.

Studienübersicht

Status

Abgeschlossen

Bedingungen

Intervention / Behandlung

Detaillierte Beschreibung

Im Projekt GENOME FIRST APPROACH (monozentrische, prospektive, offene Diagnostik) werden Patienten mit molekular nicht diagnostizierten Erkrankungen mittels Whole Genome Sequencing (WGS)-Trioanalyse diagnostisch analysiert. Folgende Fragen werden das Projekt leiten:

Primär:

• Wirksamkeit der WGS-Trio-Analyse bei verschiedenen klinischen Indikationen

Sekundär:

  • Systematisches Benchmarking der WGS-Analyse zur Erkennung genetischer Variationen im Vergleich zur WES- und Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-Array-Analyse,
  • Erweitern Sie die Analyse von codierenden Einzelnukleotidvarianten (SNVs) auf regulatorische Mutationen, Strukturvarianten (SVs) und Regionen mit geringer Komplexität.
  • Validierung der Wirksamkeit der klinischen Genom-Trio-Sequenzierung in einer routinemäßigen diagnostischen Umgebung,
  • Analysieren Sie, ob die 42-fache Abdeckung das Potenzial hat, Mosaizismus als krankheitsverursachenden Mechanismus zu entdecken,
  • Weiterentwicklung von Algorithmen für integrative Analysen von Trio-WGS-Daten mit Ribonukleinsäure-Sequenzierung (RNA-seq),
  • Identifizieren Sie De-novo-Veränderungen und neuartige Krankheitsmechanismen,
  • Gewinnen Sie grundlegende neue Einblicke in Krankheitsmechanismen und Zellbiologie,
  • Kombinieren Sie WGS mit weiteren Omics-Methoden, um die genetische Diagnostik zukünftiger Patienten mit seltenen Krankheiten zu verbessern, und
  • Untersuchen Sie die gesamten finanziellen Kosten und die Zeit, um den Patienten des Trio-WGS-Ansatzes schlüssige Daten im Vergleich zu herkömmlichen mehrstufigen diagnostischen Ansätzen mit Einzelgen-, Panel-, Gesamtexom-Sequenzierung (WES) und chromosomalem Mikroarray (CMA) (SNP-Array, Array -basierte vergleichende genomische Hybridisierungsanalyse (arrayCGH)).

Zusätzlich werden gesunde Eltern der Probanden in das Projekt einbezogen, um Eltern-Kind-(Trio-)Analysen durchzuführen.

Studientyp

Interventionell

Einschreibung (Tatsächlich)

1350

Phase

  • Unzutreffend

Kontakte und Standorte

Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.

Studienorte

  • Deutschland
      • Tübingen, Deutschland, 72076
        • University Hospital Tübingen

Teilnahmekriterien

Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.

Zulassungskriterien

Studienberechtigtes Alter

  • Kind
  • Erwachsene
  • Älterer Erwachsener

Akzeptiert gesunde Freiwillige

Nein

Studienberechtigte Geschlechter

Alle

Beschreibung

Einschlusskriterien:

  • Unklare molekulare Ursache der Erkrankung
  • Verdacht auf genetische Ursache der Krankheit
  • Gesunde Eltern der Betroffenen zur Trioanalyse Kohorte 1: IQ < 70 mit und ohne Fehlbildungen, syndromal und nicht-syndromal Kohorte 2: Retinitis pigmentosa, Achromatopsie, Bardet-Biedl-Syndrom, Usher-Syndrom, angeborene stationäre Nachtblindheit, LCA, Makuladegeneration, Stäbchen-/Zapfendystrophien, Optikusatrophie Kohorte 3: Seltene pädiatrische solide Krebserkrankungen wie Melanom, Karzinom des Gastrointestinaltrakts, Speicheldrüsentumoren und Bauchspeicheldrüsentumoren bei Kindern.

Ausschlusskriterien:

Kohorte 1: Toxische Ursachen (Medikamente, Infektionen) Kohorte 2: Patienten mit nicht-genetischen Formen der Erblindung Kohorte 3: Krebs bei Erwachsenen, Blutkrebs

  • Fehlende Einverständniserklärung des Patienten/Erziehungsberechtigten
  • Fehlende Proben beider Elternteile
  • Vorherige WES- oder Panelanalyse-

Studienplan

Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.

Wie ist die Studie aufgebaut?

Designdetails

  • Hauptzweck: Grundlegende Wissenschaft
  • Zuteilung: Nicht randomisiert
  • Interventionsmodell: Parallele Zuordnung
  • Maskierung: Keine (Offenes Etikett)

Waffen und Interventionen

Teilnehmergruppe / Arm
Intervention / Behandlung
Sonstiges: Kohorte 1: Geistige Behinderung
Genetik: WGS Diagnostic Blutentnahme zur genetischen Diagnostik.
Genetisch: WGS-Diagnose
Blutentnahme, klinische Charakterisierung im Schuss, WGS-basierte Trio-Sequenzierung, NGS-Analyse und andere Omics-Analysen (Transcriptomics, Proteomics, Metabolomics), funktionelle zellbiologische Studien (z. B. in Fibroblastenkulturen), RNA-seq.
Sonstiges: Kohorte 2 Netzhauterkrankungen
Genetik: WGS Diagnostic Blutentnahme zur genetischen Diagnostik.
Genetisch: WGS-Diagnose
Blutentnahme, klinische Charakterisierung im Schuss, WGS-basierte Trio-Sequenzierung, NGS-Analyse und andere Omics-Analysen (Transcriptomics, Proteomics, Metabolomics), funktionelle zellbiologische Studien (z. B. in Fibroblastenkulturen), RNA-seq.
Sonstiges: Kohorte 3: Seltene Tumoren im Kindesalter
Genetik: WGS Diagnostic Blutentnahme zur genetischen Diagnostik.
Genetisch: WGS-Diagnose
Blutentnahme, klinische Charakterisierung im Schuss, WGS-basierte Trio-Sequenzierung, NGS-Analyse und andere Omics-Analysen (Transcriptomics, Proteomics, Metabolomics), funktionelle zellbiologische Studien (z. B. in Fibroblastenkulturen), RNA-seq.

Was misst die Studie?

Primäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Vollständige genomische Sequenzanalyse durch Whole Genome Sequencing (WGS)
Zeitfenster: Tag 1
Anzahl der genomischen Varianten bei kranken und gesunden Eltern durch WGS (eine Next-Generation Sequencing Technology, NGS)
Tag 1

Sekundäre Ergebnismessungen

Ergebnis Maßnahme
Maßnahmenbeschreibung
Zeitfenster
Genomsequenzierung
Zeitfenster: Tag 1
Überprüfung der genetischen Ursachen unklarer genetischer Erkrankungen durch klinische Genomsequenzierung
Tag 1
De-novo-Änderungen
Zeitfenster: Tag 1
Anzahl der De-novo-Veränderungen im Genom der eingeschlossenen Population
Tag 1

Mitarbeiter und Ermittler

Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.

Sponsor

University Hospital Tuebingen

Studienaufzeichnungsdaten

Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.

Haupttermine studieren

Studienbeginn (Tatsächlich)

1. Oktober 2019

Primärer Abschluss (Tatsächlich)

1. Oktober 2022

Studienabschluss (Tatsächlich)

1. Oktober 2022

Studienanmeldedaten

Zuerst eingereicht

9. Mai 2019

Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat

16. Mai 2019

Zuerst gepostet (Tatsächlich)

17. Mai 2019

Studienaufzeichnungsaktualisierungen

Letztes Update gepostet (Tatsächlich)

18. Oktober 2022

Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt

17. Oktober 2022

Zuletzt verifiziert

1. Oktober 2022

Mehr Informationen

Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie

Schlüsselwörter

Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen

Andere Studien-ID-Nummern

  • WG-Trio01

Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)

Planen Sie, individuelle Teilnehmerdaten (IPD) zu teilen?

Nein

Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt

Nein

Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt

Nein

Diese Informationen wurden ohne Änderungen direkt von der Website clinicaltrials.gov abgerufen. Wenn Sie Ihre Studiendaten ändern, entfernen oder aktualisieren möchten, wenden Sie sich bitte an register@clinicaltrials.gov. Sobald eine Änderung auf clinicaltrials.gov implementiert wird, wird diese automatisch auch auf unserer Website aktualisiert .

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