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Séquençage du trio du génome entier comme test de routine standard chez les patients atteints de maladies rares - "GENOME FIRST APPROACH"

17 octobre 2022 mis à jour par: University Hospital Tuebingen
Le projet GENOME FIRST APPROACH recrutera des patients (n = 450) et leurs parents sains avec une cause moléculaire incertaine de la maladie, une cause génétique suspectée de la maladie et les parents sains des personnes concernées pour une analyse en trio (N au total 1350).

Aperçu de l'étude

Statut

Complété

Les conditions

Intervention / Traitement

Description détaillée

Dans le projet GENOME FIRST APPROACH (diagnostic monocentrique, prospectif et ouvert), les patients atteints de maladies moléculairement non diagnostiquées seront analysés de manière diagnostique par analyse en trio de séquençage du génome entier (WGS). Les questions suivantes guideront le projet :

Primaire:

• Efficacité de l'analyse du trio WGS dans différentes indications cliniques

Secondaire:

  • Comparez systématiquement l'analyse WGS pour détecter les variations génétiques par rapport à WES et à l'analyse de matrice de polymorphisme nucléotidique unique (SNP),
  • Étendre l'analyse du codage des variants mononucléotidiques (SNV) aux mutations régulatrices, aux variants structurels (SV) et aux régions de faible complexité,
  • Valider l'efficacité du séquençage du trio de génomes cliniques dans un contexte de diagnostic de routine,
  • Analyser si la couverture 42x a le potentiel de découvrir le mosaïcisme en tant que mécanisme causant la maladie,
  • Développer davantage des algorithmes pour les analyses intégratives des données Trio-WGS avec le séquençage de l'acide ribonucléique (ARN-seq),
  • Identifier les altérations de novo et les nouveaux mécanismes pathologiques,
  • Acquérir de nouvelles connaissances fondamentales sur les mécanismes de la maladie et la biologie cellulaire,
  • Combiner WGS avec d'autres méthodes Omics pour améliorer le diagnostic génétique des futurs patients atteints de maladies rares, et
  • Explorer les coûts financiers globaux et le temps nécessaire pour rapporter des données concluantes aux patients de l'approche Trio-WGS par rapport aux approches de diagnostic multi-étapes traditionnelles utilisant un seul gène, un panel, un séquençage de l'exome entier (WES) et un microréseau chromosomique (CMA) (tableau SNP, tableau analyse d'hybridation génomique comparative (arrayCGH)).

De plus, les parents sains des sujets seront inclus dans le projet pour effectuer des analyses parent-enfant (trio).

Type d'étude

Interventionnel

Inscription (Réel)

1350

Phase

  • N'est pas applicable

Contacts et emplacements

Cette section fournit les coordonnées de ceux qui mènent l'étude et des informations sur le lieu où cette étude est menée.

Lieux d'étude

  • Allemagne
      • Tübingen, Allemagne, 72076
        • University Hospital Tübingen

Critères de participation

Les chercheurs recherchent des personnes qui correspondent à une certaine description, appelée critères d'éligibilité. Certains exemples de ces critères sont l'état de santé général d'une personne ou des traitements antérieurs.

Critère d'éligibilité

Âges éligibles pour étudier

  • Enfant
  • Adulte
  • Adulte plus âgé

Accepte les volontaires sains

Non

Sexes éligibles pour l'étude

Tout

La description

Critère d'intégration:

  • Cause moléculaire peu claire de la maladie
  • Cause génétique suspectée de la maladie
  • Parents sains des personnes concernées pour analyse en trio Cohorte 1 : QI < 70 avec et sans malformations, syndromiques et non syndromiques Cohorte 2 : Rétinite pigmentaire, achromatopsie, syndrome de Bardet-Biedl, syndrome d'Usher, cécité nocturne stationnaire congénitale, ACV, dégénérescence maculaire, dystrophies bâtonnets/cônes, atrophie optique Cohorte 3 : cancers solides pédiatriques rares comme le mélanome, le carcinome du tractus gastro-intestinal, les tumeurs des glandes salivaires et les tumeurs pancréatiques chez les enfants.

Critère d'exclusion:

Cohorte 1 : causes toxiques (médicaments, infections) Cohorte 2 : patients atteints de cécité non génétique Cohorte 3 : cancer adulte, cancer du sang

  • Absence de consentement éclairé du patient/tuteur légal
  • Échantillons manquants des deux parents
  • WES précédent ou analyse de panel-

Plan d'étude

Cette section fournit des détails sur le plan d'étude, y compris la façon dont l'étude est conçue et ce que l'étude mesure.

Comment l'étude est-elle conçue ?

Détails de conception

  • Objectif principal: Science basique
  • Répartition: Non randomisé
  • Modèle interventionnel: Affectation parallèle
  • Masquage: Aucun (étiquette ouverte)

Armes et Interventions

Groupe de participants / Bras
Intervention / Traitement
Autre: Cohorte 1 : Déficience intellectuelle
Génétique : Prélèvement sanguin WGS Diagnostic pour le diagnostic génétique.
Génétique: Diagnostic WGS
Prélèvement sanguin, caractérisation clinique des injections, séquençage trio basé sur WGS, analyse NGS et autres analyses omiques (transcriptomique, protéomique, métabolomique), études de biologie cellulaire fonctionnelle (par exemple dans des cultures de fibroblastes), RNA-seq.
Autre: Cohorte 2 Maladies rétiniennes
Génétique : Prélèvement sanguin WGS Diagnostic pour le diagnostic génétique.
Génétique: Diagnostic WGS
Prélèvement sanguin, caractérisation clinique des injections, séquençage trio basé sur WGS, analyse NGS et autres analyses omiques (transcriptomique, protéomique, métabolomique), études de biologie cellulaire fonctionnelle (par exemple dans des cultures de fibroblastes), RNA-seq.
Autre: Cohorte 3 : Tumeurs rares chez l'enfant
Génétique : Prélèvement sanguin WGS Diagnostic pour le diagnostic génétique.
Génétique: Diagnostic WGS
Prélèvement sanguin, caractérisation clinique des injections, séquençage trio basé sur WGS, analyse NGS et autres analyses omiques (transcriptomique, protéomique, métabolomique), études de biologie cellulaire fonctionnelle (par exemple dans des cultures de fibroblastes), RNA-seq.

Que mesure l'étude ?

Principaux critères de jugement

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Analyse complète de la séquence génomique réalisée par séquençage du génome entier (WGS)
Délai: Jour 1
Nombre de variantes génomiques chez les parents malades et en bonne santé par WGS (une technologie de séquençage de nouvelle génération, NGS)
Jour 1

Mesures de résultats secondaires

Mesure des résultats
Description de la mesure
Délai
Séquençage du génome
Délai: Jour 1
Vérification des causes génétiques de maladies génétiques peu claires par séquençage du génome clinique
Jour 1
Modifications de novo
Délai: Jour 1
Nombre d'altérations de novo dans le génome de la population inscrite
Jour 1

Collaborateurs et enquêteurs

C'est ici que vous trouverez les personnes et les organisations impliquées dans cette étude.

Parrainer

University Hospital Tuebingen

Dates d'enregistrement des études

Ces dates suivent la progression des dossiers d'étude et des soumissions de résultats sommaires à ClinicalTrials.gov. Les dossiers d'étude et les résultats rapportés sont examinés par la Bibliothèque nationale de médecine (NLM) pour s'assurer qu'ils répondent à des normes de contrôle de qualité spécifiques avant d'être publiés sur le site Web public.

Dates principales de l'étude

Début de l'étude (Réel)

1 octobre 2019

Achèvement primaire (Réel)

1 octobre 2022

Achèvement de l'étude (Réel)

1 octobre 2022

Dates d'inscription aux études

Première soumission

9 mai 2019

Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité

16 mai 2019

Première publication (Réel)

17 mai 2019

Mises à jour des dossiers d'étude

Dernière mise à jour publiée (Réel)

18 octobre 2022

Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité

17 octobre 2022

Dernière vérification

1 octobre 2022

Plus d'information

Termes liés à cette étude

Mots clés

Termes MeSH pertinents supplémentaires

Autres numéros d'identification d'étude

  • WG-Trio01

Plan pour les données individuelles des participants (IPD)

Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?

Non

Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude

Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine

Non

Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine

Non

Ces informations ont été extraites directement du site Web clinicaltrials.gov sans aucune modification. Si vous avez des demandes de modification, de suppression ou de mise à jour des détails de votre étude, veuillez contacter register@clinicaltrials.gov. Dès qu'un changement est mis en œuvre sur clinicaltrials.gov, il sera également mis à jour automatiquement sur notre site Web .

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