乳腺癌液体活检分层 (BALIBISTRA)
2022年10月7日 更新者：Medical University of Graz
乳腺癌是奥地利女性中最常见的癌症。
预后和治疗策略的估计越来越依赖于将肿瘤分层为不同的实体或类别。
目前，肿瘤的临床常规分层主要基于激素受体、HER2状态和增殖评估。
然而，通过阐明进一步的生物学特性可以实现更稳健和客观的肿瘤分类，这也具有越来越重要的意义，因为新的抗癌疗法是基于生物学机制的。
因此，来自分子分析的可用信息越来越多地用于常规诊断分析，目的是改进分层以优化治疗选择。
迄今为止，最广泛的基于分子的乳腺癌分类学已经通过基于结合基因表达和体细胞拷贝数改变（SCNA）的分类实现，称为整合簇。
组织活检是目前实现此类分类的黄金标准。
然而，它们通常很难在转移环境中获得，并且由于肿瘤内的异质性而受到抽样偏差的影响。
除其他分析物外，“液体活检”基于对含有循环肿瘤 DNA (ctDNA) 的无细胞 DNA (cfDNA) 的分析，即
在癌症患者中，DNA 片段从正常细胞和肿瘤细胞脱落到血液中。
cfDNA 可以通过抽血微创获得，允许对循环中的肿瘤 DNA 进行“实时”分析，并且可以在任何时间点重复血液样本，这对于监测对治疗的反应尤为重要。
研究小组在 cfDNA 分析方面拥有广泛的专业知识，并开发了多种 ctDNA 分析方法。
最近，研究人员开发了一种与核小体位置和基因表达相关的新方法。
cfDNA 片段与酶促处理后凋亡细胞释放 DNA 有关，因此主要由单核小体 DNA 组成。
通过对 cfDNA 进行全基因组测序，研究人员可以证明在转录起始位点，核小体占据导致表达基因和沉默基因的不同读取深度覆盖模式。
通过使用机器学习进行基因分类，研究人员能够对细胞中的基因进行分类，这些基因将其 DNA 释放到循环中。
该项目的主要假设是，可以直接从血液中建立综合乳腺癌集群，而无需进行侵入性组织活检。
因此，该研究的目标包括完善患者分层以改进治疗策略的选择。
此外，研究人员将获得对转移性乳腺癌生物学的新见解，因此该项目将对患者、临床肿瘤学家、病理学家、药理学家以及所有对癌症感兴趣的基础研究人员产生重要影响。
研究概览
详细说明
研究人员从 144 名具有详细临床数据的临床注释患者中收集了 340 份血浆样本。 所有血浆样本均已通过 plasma-Seq 进行分析，plasma-Seq 是一种从序列读取深度测量拷贝数的方法，用于对体细胞拷贝数改变 (SCNA) 的首次评估。 由于该项目代表一项可行性研究，研究人员希望评估可以确定顺式作用改变的范围，即通过我们小组先前发表的核小体位置图建立相应的基因表达变化。 结果将通过 SCNA-seq 和 RNA-seq 对相应原发肿瘤的分析得到证实。
从 340 个血浆样本中，研究人员选择了 59 个作为 luminal（即 luminal）的代表。 那些在 17q23、11q13/q14、8p12、8q 和 16p 和 1q 有增益的； n = 25），基础（即 8q、10p、12p 的增益和由于高度基因组不稳定性而发生的各种扩增； n = 25）和 ERBB2/HER2（即 17q 高水平扩增，以 HER2 基因为中心并包括在内； n=9). 这些样本将以高覆盖率 (70x) 进行测序，以便可以从获得的序列中提取突变和核小体位置。
研究类型
观察性的
注册 (预期的)
59
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习地点
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Graz、奥地利、8010
- Medical University of Graz
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参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
18年 至 99年 (成人、年长者)
接受健康志愿者
不
有资格学习的性别
女性
取样方法
概率样本
研究人群
该研究包括经证实的乳腺癌组织学诊断和适当临床数据的女性。
参与者是在格拉茨医科大学医院招募的。
描述
纳入标准：
乳腺癌的组织学诊断、原发肿瘤组织的可用性和具有高 ctDNA 含量的血浆 DNA。
排除标准：
患者拒绝参与。
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
|---|---|---|
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作为概念验证评估仅基于详细的血浆 DNA 分析对患者进行分层的能力
大体时间：三年
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记录每位患者的临床病理特征，包括之前和之后的治疗。
对于每个患者，进行了标准的管腔、基础、ERBB2/HER2 分类并且可用。
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三年
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合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
调查人员
- 首席研究员：Michael R Speicher, MD、Medical University of Graz
出版物和有用的链接
负责输入研究信息的人员自愿提供这些出版物。这些可能与研究有关。
一般刊物
- Heitzer E, Haque IS, Roberts CES, Speicher MR. Current and future perspectives of liquid biopsies in genomics-driven oncology. Nat Rev Genet. 2019 Feb;20(2):71-88. doi: 10.1038/s41576-018-0071-5.
- Ulz P, Belic J, Graf R, Auer M, Lafer I, Fischereder K, Webersinke G, Pummer K, Augustin H, Pichler M, Hoefler G, Bauernhofer T, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Whole-genome plasma sequencing reveals focal amplifications as a driving force in metastatic prostate cancer. Nat Commun. 2016 Jun 22;7:12008. doi: 10.1038/ncomms12008.
- Ulz P, Heitzer E, Speicher MR. Co-occurrence of MYC amplification and TP53 mutations in human cancer. Nat Genet. 2016 Feb;48(2):104-6. doi: 10.1038/ng.3468. No abstract available.
- Ulz P, Thallinger GG, Auer M, Graf R, Kashofer K, Jahn SW, Abete L, Pristauz G, Petru E, Geigl JB, Heitzer E, Speicher MR. Inferring expressed genes by whole-genome sequencing of plasma DNA. Nat Genet. 2016 Oct;48(10):1273-8. doi: 10.1038/ng.3648. Epub 2016 Aug 29.
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2018年10月1日
初级完成 (预期的)
2023年10月1日
研究完成 (预期的)
2023年10月1日
研究注册日期
首次提交
2019年6月18日
首先提交符合 QC 标准的
2019年6月18日
首次发布 (实际的)
2019年6月20日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2022年10月10日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2022年10月7日
最后验证
2022年10月1日
更多信息
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