Estratificação de biópsia líquida de câncer de mama (BALIBISTRA)

O câncer de mama é o câncer mais comum em mulheres austríacas. A estimativa do prognóstico e das estratégias de tratamento depende cada vez mais da estratificação dos tumores em diferentes entidades ou classes. Atualmente, a estratificação de rotina clínica de tumores é baseada principalmente no receptor de hormônio, status de HER2 e estimativa de proliferação. No entanto, uma classificação mais robusta e objetiva dos tumores pode ser alcançada pela elucidação de outras propriedades biológicas, o que também é de importância crescente, pois as novas terapias anticancerígenas são baseadas em mecanismos biológicos. Consequentemente, as informações disponíveis das análises moleculares estão sendo cada vez mais implementadas em ensaios de diagnóstico de rotina com o objetivo de melhorar a estratificação para a seleção do tratamento ideal. Até o momento, a mais extensa taxonomia de base molecular do câncer de mama foi alcançada por uma classificação baseada na combinação de expressão gênica e alterações no número de cópias somáticas (SCNAs), conhecidas como clusters integrativos. As biópsias de tecido são o padrão-ouro atual para atingir tal classificação. No entanto, muitas vezes podem ser difíceis de obter no cenário metastático e estão sujeitos a viés de amostragem devido à heterogeneidade intratumoral. As "biópsias líquidas" são, entre outros analitos, baseadas na análise de DNA livre de células (cfDNA) que contém DNA tumoral circulante (ctDNA), ou seja, Fragmentos de DNA derramados de células normais e tumorais para o sangue, em pacientes com câncer. O cfDNA pode ser obtido minimamente invasivo com uma coleta de sangue, permite a análise em "tempo real" do DNA do tumor da circulação e as amostras de sangue podem ser repetidas a qualquer momento, o que é especialmente importante para monitorar a resposta à terapia. O grupo do investigador tem ampla experiência na análise de cfDNA e desenvolveu uma infinidade de abordagens para análise de ctDNA. Recentemente, os pesquisadores desenvolveram uma nova abordagem, que se relaciona com as posições dos nucleossomos e a expressão gênica. Os fragmentos de cfDNA foram associados à liberação de DNA de células apoptóticas após o processamento enzimático e, portanto, consistem principalmente em DNA mononucleossomal. Ao realizar o sequenciamento do genoma completo do cfDNA, os investigadores puderam demonstrar que nos locais de início da transcrição, a ocupação do nucleossomo resulta em diferentes padrões de cobertura de profundidade de leitura em genes expressos e silenciosos. Ao empregar o aprendizado de máquina para classificação de genes, os pesquisadores foram capazes de classificar genes em células liberando seu DNA na circulação conforme expresso. A principal hipótese do projeto é que clusters integrativos de câncer de mama podem ser estabelecidos diretamente do sangue sem a necessidade de uma biópsia invasiva de tecido. Portanto, os objetivos do estudo incluem refinar a estratificação de pacientes para uma melhor seleção de estratégias de tratamento. Além disso, os investigadores obterão novos insights sobre a biologia do câncer de mama metastático, de modo que este projeto terá implicações importantes para pacientes, oncologistas clínicos, patologistas, farmacologistas e todos os pesquisadores básicos interessados ​​em câncer.