Stratification de la biopsie liquide du cancer du sein (BALIBISTRA)

Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez les femmes autrichiennes. L'estimation du pronostic et des stratégies de traitement dépend de plus en plus de la stratification des tumeurs en différentes entités ou classes. Actuellement, la stratification de routine clinique des tumeurs est principalement basée sur le récepteur hormonal, le statut HER2 et l'estimation de la prolifération. Cependant, une classification plus robuste et objective des tumeurs peut être obtenue en élucidant d'autres propriétés biologiques, ce qui est également d'une importance croissante, car les nouvelles thérapies anticancéreuses sont basées sur des mécanismes biologiques. Par conséquent, les informations disponibles provenant des analyses moléculaires sont de plus en plus mises en œuvre dans les tests de diagnostic de routine dans le but d'améliorer la stratification pour une sélection optimale du traitement. À ce jour, la taxonomie moléculaire la plus complète du cancer du sein a été réalisée par une classification basée sur la combinaison de l'expression génique et des altérations du nombre de copies somatiques (SCNA), appelées clusters intégratifs. Les biopsies tissulaires sont actuellement l'étalon-or pour atteindre une telle classification. Cependant, ils peuvent souvent être difficiles à obtenir dans le cadre métastatique et sont sujets à un biais d'échantillonnage en raison de l'hétérogénéité intratumorale. Les "biopsies liquides" sont, entre autres analytes, basées sur l'analyse de l'ADN acellulaire (cfDNA) qui contient de l'ADN tumoral circulant (ctDNA), c'est-à-dire Des fragments d'ADN se détachent des cellules normales et tumorales dans le sang, chez les patients atteints de cancer. Le cfDNA peut être obtenu de manière peu invasive avec une prise de sang, permet l'analyse "en temps réel" de l'ADN tumoral de la circulation, et les échantillons de sang peuvent être répétés à tout moment, ce qui est particulièrement important pour surveiller la réponse au traitement. Le groupe de chercheurs possède une vaste expertise dans l'analyse du cfDNA et a développé une pléthore d'approches pour l'analyse du ctDNA. Récemment, les chercheurs ont développé une nouvelle approche, qui concerne les positions des nucléosomes et l'expression des gènes. Les fragments de cfDNA ont été associés à la libération d'ADN à partir de cellules apoptotiques après traitement enzymatique et sont donc principalement constitués d'ADN mononucléosomal. En effectuant le séquençage du génome entier du cfDNA, les chercheurs ont pu démontrer qu'aux sites de début de transcription, l'occupation du nucléosome entraîne différents modèles de couverture de profondeur de lecture dans les gènes exprimés et silencieux. En utilisant l'apprentissage automatique pour la classification des gènes, les chercheurs ont pu classer les gènes dans les cellules libérant leur ADN dans la circulation tel qu'exprimé. L'hypothèse principale du projet est que des clusters de cancer du sein intégratif peuvent être établis directement à partir de sang sans avoir besoin d'une biopsie tissulaire invasive. Par conséquent, les objectifs de l'étude incluent l'affinement de la stratification des patients pour une meilleure sélection des stratégies de traitement. De plus, les chercheurs obtiendront de nouvelles connaissances sur la biologie du cancer du sein métastatique, de sorte que ce projet aura des implications importantes pour les patients, les oncologues cliniques, les pathologistes, les pharmacologues et tous les chercheurs fondamentaux intéressés par le cancer.